为什么我用dmol3优化晶面模型后再复制分子过去上层原子会消失

y1p1p1

卡开发发 发表于 2021-11-6 20:55
切面的时候thickness=1.5试试，但是不建议这样，最好按整数来。

如果是一般的第一原理计算或者力场模 ...

师兄确实是用了1.5的，我之前为了匹配他的切割晶面的高度，厚度应该是变成了1.51，forcite和asorption这两个模块我没找到相应的视频和文献，运行动力学模拟只是一个分子的吸附模拟。我先去试下1.5层厚度有没有作用

y1p1p1

卡开发发 发表于 2021-11-6 20:55
切面的时候thickness=1.5试试，但是不建议这样，最好按整数来。

如果是一般的第一原理计算或者力场模 ...

好像不行呀，我发现我这已经是1.5层了

卡开发发

y1p1p1 发表于 2021-11-6 21:03
好像不行呀，我发现我这已经是1.5层了

哦，我弄错了，你是111的面，你得取到3.

y1p1p1

卡开发发 发表于 2021-11-6 21:22
哦，我弄错了，你是111的面，你得取到3.

好的，我试一下，我是做了111，110，100三个晶面，好像thickness太厚会切出别的原子来的

y1p1p1

卡开发发 发表于 2021-11-6 21:22
哦，我弄错了，你是111的面，你得取到3.

大佬，还得请教您一下，我之前用dmol3优化晶胞的时候总能量和结合能偏差好像有点大，我的Pd111晶面总能量是157938.450Ha，结合能7.323Ha，师兄的分别是157934.994 Ha和3.866Ha，怎么做可以更精确一点呢。还有就是电荷分布和Fukui函数是怎么计算的，我分析之后在结果文献里看不太懂。我的111晶面里电荷分布用mulliken算的不是0就是0.0001，这要怎么计算呢

卡开发发

y1p1p1 发表于 2021-11-7 09:27
大佬，还得请教您一下，我之前用dmol3优化晶胞的时候总能量和结合能偏差好像有点大，我的Pd111晶面总能量 ...

1、你指的结合能是什么？程序里面的结合能可能不是你想的那样，可能只是你的体系能量去扣除自由原子能量，这个能量是个广延量，随着晶格的超晶格扩展会成倍扩展。
2、周期体系没办法很轻易加减电荷，Fukui函数按照传统定义的方式去计算可能行不通。

y1p1p1

卡开发发 发表于 2021-11-6 20:55
切面的时候thickness=1.5试试，但是不建议这样，最好按整数来。

如果是一般的第一原理计算或者力场模 ...

谢谢大佬，还想请教您一下晶面的电荷分布用mulliken布居数是怎么计算的，我在输出文件看到Pd111晶面电荷分布是这样的，0.0003那个，之前还有过0.0000的，和其他晶面的电荷分布相比不太对劲，是不是哪里出了问题，第一层和第二层原子的电荷分布是怎么分别计算的呢，还想请教下Fukui函数是怎么计算的

卡开发发

y1p1p1 发表于 2021-11-8 09:31
谢谢大佬，还想请教您一下晶面的电荷分布用mulliken布居数是怎么计算的，我在输出文件看到Pd111晶面电荷 ...

目前来说，DMol3当中的（简缩）Fukui函数只针对分子体系（也就是没有周期边界下）有意义。

y1p1p1

卡开发发 发表于 2021-11-8 11:20
目前来说，DMol3当中的（简缩）Fukui函数只针对分子体系（也就是没有周期边界下）有意义。

好的，谢谢大佬

y1p1p1

卡开发发 发表于 2021-11-8 11:20
目前来说，DMol3当中的（简缩）Fukui函数只针对分子体系（也就是没有周期边界下）有意义。

我要是用mulliken分析晶面每一层的电荷分布，是要把这些都加起来吗

卡开发发

y1p1p1 发表于 2021-11-8 15:14
我要是用mulliken分析晶面每一层的电荷分布，是要把这些都加起来吗

对。

y1p1p1

卡开发发 发表于 2021-11-8 15:33
对。

好的，谢谢大佬