模拟两相萃取过程中对整个盒子进行升温的问题

Rui · 发表于 Post on 2021-11-9 17:35:49

请问老师模拟两相萃取过程中，对整个盒子进行升温处理预平衡，使用附件中的文件先进行eq升温，然后md模拟可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-10 02:22:29

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“萃取过程升温”改了，以后务必注意

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-10 02:39:47

rcoulomb、rvdw设那么大不知道你有什么特殊的意图，主流力场没有用这么大的，设这么大的还增加很多耗时。
步长可以用2fs，跑同样时间长度能节约一半的时间

萃取是个非平衡过程，一般不分为两步去搞（预平衡+产生相通常是对于平衡体系而言的），直接跑一次MD就完了，也没必要用退火设置慢慢升温，否则升温到目标温度之前说不定都萃取完了

Rui · 发表于 Post on 2021-11-11 22:26:57

老师，不好意思，以后注意。

Rui · 发表于 Post on 2021-11-15 10:05:10

本帖最后由 Rui 于 2021-11-15 11:42 编辑

sobereva 发表于 2021-11-10 02:39
rcoulomb、rvdw设那么大不知道你有什么特殊的意图，主流力场没有用这么大的，设这么大的还增加很多耗时。
...

老师，在文献中看到这样模拟萃取过程，我的体系是金属离子的萃取过程，可以按照这个流程模拟吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-16 01:04:00

Rui 发表于 2021-11-15 10:05
老师，在文献中看到这样模拟萃取过程，我的体系是金属离子的萃取过程，可以按照这个流程模拟吗？

不行。这是跑本身就是平衡状态的体系的流程
你若这样做，预平衡期间萃取就已经开始了。
所以非平衡过程没法区分预平衡和产生相两个阶段，我前面已经明确说了

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