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[GROMACS] 如何分析轨迹中金属离子和蛋白作用

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各位老师,如何分析轨迹中可能和金属离子发生相互作用的氨基酸残基呢?
谢谢

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发表于 Post on 2021-11-11 13:04:33 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2021-11-11 16:41:36 | 只看该作者 Only view this author
用gmx pairdist可以分析金属离子和特定的组(比如特定残基)最近距离随时间的变化,由此可分析接触情况。也可以用gmx mindist计算二者间在模拟过程中的最近距离。其它基于结构的分析可以结合实际情况,自己写VMD tcl脚本分析。

也建议用下文的图形化分析方法
使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用
http://sobereva.com/591http://bbs.keinsci.com/thread-21826-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2021-11-11 21:23:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-11 16:41
用gmx pairdist可以分析金属离子和特定的组(比如特定残基)最近距离随时间的变化,由此可分析接触情况。也 ...

请问下卢老师如何判断金属离子和生物大分子的最佳结合位点呢,比如DNA G-quadruplex和K离子的配位

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发表于 Post on 2021-11-12 00:14:04 | 只看该作者 Only view this author
HZW 发表于 2021-11-11 21:23
请问下卢老师如何判断金属离子和生物大分子的最佳结合位点呢,比如DNA G-quadruplex和K离子的配位

你可以加很多KCl,跑长时间动力学,统计一下钾离子空间分布,看哪里最多
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-11-12 12:52:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-12 00:14
你可以加很多KCl,跑长时间动力学,统计一下钾离子空间分布,看哪里最多

好的,谢谢卢老师,我试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-12 17:51:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-11 16:41
用gmx pairdist可以分析金属离子和特定的组(比如特定残基)最近距离随时间的变化,由此可分析接触情况。也 ...

精彩 谢谢

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