求助：xTB是否适用于动力学模拟小分子的界面倾向性

lijing522 · 发表于 Post on 2021-11-20 14:53:45

我现在想模拟一个小分子在溶液中的表面倾向，也就是把一个小分子放在水滴（800个水分子组成）质心，然后做经典动力学模拟，最后小分子慢慢跑到水滴界面，说明该小分子更倾向于待在水滴表面。类似于下面图片(a)文献中的做法，文献用的是lammps做的，可是我不会lammps。请问用xTB可以模拟这个过程吗？谢谢大家了

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-20 15:22:45

xtb跑这个效率太低
虽然用里面的GFN-FF或许也能跑得动，但这力场目前很少有人用，到时候被质疑也说不定
这种问题拿GROMACS跑是绝对的首选。北京科音有GROMACS的培训，很快就能顺利上手http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-11-20 15:59:28

sobereva 发表于 2021-11-20 15:22
xtb跑这个效率太低
虽然用里面的GFN-FF或许也能跑得动，但这力场目前很少有人用，到时候被质疑也说不定
...

GFN-FF的周期性版本现在有程序支持？

tjuptz · 发表于 Post on 2021-11-20 17:27:39

gromacs在本论坛和社长的博客有很多教程，其他站点也有很多；lammps在知乎有很多教程；靠这些从零入门一个月应该能够了

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-21 06:03:56

喵星大佬发表于 2021-11-20 15:59
GFN-FF的周期性版本现在有程序支持？

他说的是一个水滴，当孤立体系算即可

最近GFN-FF也被扩展到了周期性体系上：https://doi.org/10.1021/acs.jctc.1c00832。估计之后的GULP里能直接使用

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