求助使用Multiwfn计算分子的长宽高,让分子的坐标轴与Multiwfn/VMD的坐标轴保持一致

lixiaoxiao

使用Multiwfn计算分子的长宽高,让分子的坐标轴与Multiwfn/VMD的坐标轴保持一致,这个功能实现了吗？

sobereva

看不懂你在问什么
“分子的坐标轴”莫名其妙

lixiaoxiao

sobereva 发表于 2021-11-21 18:35
看不懂你在问什么
“分子的坐标轴”莫名其妙

不好意思，老师，我可能没描述清楚，使用Multiwfn计算分子的长宽高,需要把分子摆正，手动在可视化程序里旋转不准确，自动化的程序现在实现了吗？

lixiaoxiao

您好老师：
     冒昧地打扰您，我是一名研一新生，刚开始接触计算化学。最近用有几个问题困扰着学生，希望能得到您的解答。

第一个问题：计算分子长宽高的第一步，是先把分子“摆正”，让分子最长的轴冲着某个笛卡尔轴。启动Multiwfn后，载入此分子的fchk文件，输完命令后，程序是否会自动把体系平移和旋转，从而就把分子摆正了，是不是就不用手动调节了？

第二个问题：计算分子长宽高时，启动Multiwfn后，载入此分子的fchk文件，然后依次输入：

100     //主功能100
21   //输出各种描述体系结构的信息
size  //计算分子尺寸

会出现以下信息：

Farthest distance:   21(H )--45(H ):10.250 Angstrom
vdW radius of   21(H ): 1.200 Angstrom
vdW radius of   45(H ): 1.200 Angstrom
Diameter of the system:    12.650 Angstrom
Radius of the system:     6.325 Angstrom
Length of the three sides:  12.650   7.513  7.619 Angstrom

我想请教一下，最后一行Length of the three sides:12.650 7.513 7.619 Angstrom：这三个数据是不是对应着以下可视化图形中蓝色长方体的长宽高（如果图片加载不出来，麻烦老师点开附件）。谢谢老师！

file:///C:/Users/LI'XIA~1/AppData/Local/Temp/ksohtml/wpsA3C.tmp.jpg

sobereva

lixiaoxiao 发表于 2021-11-22 10:08
不好意思，老师，我可能没描述清楚，使用Multiwfn计算分子的长宽高,需要把分子摆正，手动在可视化程序 ...

博文里写得很明确了
使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴
http://sobereva.com/426（http://bbs.keinsci.com/thread-10226-1-1.html）

此时程序自动把体系平移和旋转，各个主轴都分别冲着各个笛卡尔轴了

sobereva

lixiaoxiao 发表于 2021-11-22 16:16
您好老师：
     冒昧地打扰您，我是一名研一新生，刚开始接触计算化学。最近用有几个问题困扰着学生，希 ...

是

仔细看置顶的新社员必读贴再发帖
file:///C:/Users/LI'XIA~1/AppData/Local/Temp/ksohtml/wpsA3C.tmp.jpg这种你电脑上的本机路径别人能看到就怪了，除非是技术高强黑客。怎么贴图新人必读贴都写明了。

lixiaoxiao

sobereva 发表于 2021-11-22 16:29
是

仔细看置顶的新社员必读贴再发帖

谢谢老师的答复！
以上问题我会注意的，再次感谢老师！