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本人想采用sob老师的RESP2方法拟合一个异戊二烯化的FMN的RESP电荷用于后续的QMMMMD计算，在构象优化的过程中遇到一系列问题，想请教一下论坛的各位前辈。
最初，本人用单个异戊二烯化的FMN分子（prFMN），直接按照RESP2拟合电荷的文章给出的组合进行优化，但并不收敛，在加了SCF=novaracc之后，可以收敛了，但结构并不符合预期（附件中有输入文件和输出）。
随后在论坛提问过后，本人将与prFMN结合的锰离子和残基都考虑到了优化的结构内，但此时利用文章内给出的组合(基组为TZVP)，SCF一直不收敛，在尝试了PPT内解决SCF不收敛的几乎所有方法后，仍然不收敛，因此，本人采用了小基组（6-31G**）进行优化，但在跑过最初的几个大循环后，仍然出现了不收敛的问题，在尝试过各种方法后也不奏效。
于是，本人利用gaussview的clean工具进行了初步处理，将处理后的结构再进行优化，但在进行了几十个大循环后出现了L103错误，并且结构发生了严重的偏离。（附件中有输入文件和输出）。
本人猜想是否是因为初始结构不合理，因此想请教各位前辈指导一下我这个体系结构是否合理，输入文件中的电荷以及自旋多重度是否合理，以及应该采用怎样的组合进行优化。
初始体系如下图，prfmn异戊二烯环的氮带一个正电荷，碳环上的羟基带一个负电，侧链的磷酸带两个负电，谷氨酸带一个负电，天冬酰胺不带电，组氨酸不带电，锰离子两个正电荷，水不带电，中间形成了配位键因此我给整个体系赋予了一个负电，自旋多重度是默认值，在这个体系中，参与催化的部分是上面的环结构，侧链和这几个残基都不参与催化。
在附件中有我给出了输入文件和log文件，图片分别为单个prfmn,带残基的体系，以及参考文章中给出的prfmn的结构式。
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发表于 Post on 2021-12-7 20:55:47
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楼主 Author