[GROMACS] 求助：利用Gromacs模拟DNA链在不同pH下的状态

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芮啦

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发表于 Post on 2021-12-15 09:53:11 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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各位老师好，我想利用Gromacs模拟1条包含16个碱基的DNA链在不同pH下的状态，之前了解到在Gromacs中只能通过不同的质子化状态来模拟不同的pH环境，
查阅文献得知H++和PROPKA可以预测不同pH条件下蛋白质的质子化状态，

我想请教一下有什么程序或软件能够预测DNA在不同pH下的质子化状态吗，在此过程中能考虑到G四链体上可得失质子位点会形成氢键的问题吗，麻烦各位老师指点一下

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