模拟氮、氧掺杂石墨烯时，能量极小化报错

喵星大佬

a9471163 发表于 2021-12-22 10:26
嗯嗯，sob老师刚回复了，说都用resp2就行，我开始算了，这个体系用opls-aa效果很好，配个resp2，初步用op ...

opls有1000多个原子类型想必是有环氧相关的

a9471163

喵星大佬 发表于 2021-12-22 12:42
opls有1000多个原子类型想必是有环氧相关的

大佬您好，我计算RESP2（0.5）作为分子动力学模拟的原子电荷，遇到一个问题即最终的RESP2（0.5）不是整数，在gromacs里加抗衡离子无法中和掉所有电荷，具体描述在帖子http://bbs.keinsci.com/thread-27106-1-1.html#pid183643。想请教一下有解决办法吗，非常感谢

a9471163

喵星大佬 发表于 2021-12-22 12:42
opls有1000多个原子类型想必是有环氧相关的

老师您好，想请教一下这种情况您遇到过么，cgenff力场不报错可能量极小化做不了http://bbs.keinsci.com/thread-27132-1-1.html
另外cgenff力场和MMFF力场相比于GAFF而言，参数更多么，能不能很好的描述GO上的环氧基团呢

a9471163

喵星大佬 发表于 2021-12-22 12:42
opls有1000多个原子类型想必是有环氧相关的

大佬，实在是麻烦您了，我的氧化石墨烯在cgenff力场下终于是可以模拟了，多亏了您的帮助，可我还差一个有机小分子（双酚A）的模拟在相同力场下跑不起来，报错归纳到帖子http://bbs.keinsci.com/thread-27141-1-1.html#pid183898里面了，您看能否支支招呢，感谢~

a9471163

喵星大佬 发表于 2021-12-22 12:42
opls有1000多个原子类型想必是有环氧相关的

大佬您好，能顺利模拟结束离不开您的帮助，祝您元旦快乐，在数据处理时有1个疑惑，您能否支支招，谢谢您咯~http://bbs.keinsci.com/thread-27222-1-1.html

a9471163

喵星大佬 发表于 2021-12-20 07:38
仔细检查你的成键项参数，尤其是涉及环氧的

扭曲到这个程度不可能是静电作用计算的问题，一定是成键参数 ...

老师您好，祝您春节快乐，虎年吉祥，您之前让我认识到oplsaa力场是适合模拟生物炭的，非常感谢您，您之前推断说：扭曲到这个程度不可能是静电作用计算的问题，这个判断总体上也是非常准确的，不过我今天有了新发现。在一个多孔生物炭模拟中（这个模型比之前的更复杂些因为分子的表面缺陷有很多），我发现仅当力场参数合理但原子电荷不合适时，同样模拟报错，并且官能团出现扭曲，所以这个“扭曲到这个程度”也有一部分原因确实是静电作用不合理造成的，新帖在http://bbs.keinsci.com/thread-27631-1-1.html#pid187255，感谢大佬观看和探讨~

zhujiabao

a9471163 发表于 2021-12-20 15:22
老师，有重大进展了，我刚才问了同学（因为是跟他合作做这个文章的），他实验那边数据搞错了，本来是氧质 ...

老师您好，想跟您请教一下“他之前一直以为是摩尔比占30%，这大大高估了实验方面所得材料的O含量，事实上这种高O比例的材料可能根本就不存在”。氧化石墨或者氧化石墨烯中，我理解这个氧碳比是正常范围之内的，为什么您会认为这是不存在的呢？我最近也碰到类似的问题了，实在费解