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[综合交流] 研究低共融溶剂体系的氢键网络可选择的计算方法 MD?AIMD?

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楼主
最近在做低共熔溶剂(两种组分以氢键网格为主要结构形成的低温熔盐,类离子液体)的研究,用经典MD去讨论了金属离子溶剂壳,在看了sob老师的弱相互作用力的例子,我在思考加入一种可以跟原组分也可以形成氢键作用的组分,是否区域的氢键网格分布排列会发生变化,可以可视化氢键网格结构吗,并且讨论这种结构变化吗?如果可以,orca的AIMD?还是经典MD也可以。

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发表于 Post on 2021-12-22 01:14:20 | 只看该作者 Only view this author
得说明体系具体特征,否则没法判断是否有合适的参数、体系用AIMD能否跑得动
跑完了轨迹,结构想怎么分析怎么分析
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 11:01:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 madhatter 于 2021-12-22 21:18 编辑
sobereva 发表于 2021-12-22 01:14
得说明体系具体特征,否则没法判断是否有合适的参数、体系用AIMD能否跑得动
跑完了轨迹,结构想怎么分析怎 ...

谢谢sob老师回复。看过相关体系用aimd计算但是原子量降低了很多算的体系原子径向分布,应该可以算动,就是纠结这种方法结合实验结论的可信性。

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发表于 Post on 2021-12-22 12:02:13 | 只看该作者 Only view this author
madhatter 发表于 2021-12-22 11:01
谢谢sob老师回复,例如氯化胆碱和尿素,胆碱的氢与尿素的氧形成氢键,熔点降低形成共熔体,假设通过md可 ...

普通力场就可以算,诸如GAFF
可以这么讨论
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 15:28:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-22 12:02
普通力场就可以算,诸如GAFF
可以这么讨论

谢谢sob老师,我搞一搞

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