谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-9-14 17:01:52

yangzaia 发表于 2022-9-14 10:14
请问sob老师，我的蛋白质体系用gromacs跑了50ns，想用RMSD来判断体系是否平衡，在37ns左右开始波动比较稳定 ...

是不是可以看看37ns前后构象之间的区别

yangzaia · 发表于 Post on 2022-9-23 14:52:31

sobereva 发表于 2022-9-14 16:10
没图没法说
通常怎么判断在当前帖子里已经说得没法更具体了

E:\1.jpg老师，这是我的体系，我现在是结合轨迹动画看37ns后的趋势是否稳定来判断的

yangzaia · 发表于 Post on 2022-9-23 14:54:53

大头攒毛发表于 2022-9-14 17:01
是不是可以看看37ns前后构象之间的区别

我现在是结合轨迹动画看的，谢谢你的回复

yangzaia · 发表于 Post on 2022-9-23 15:01:23

sobereva 发表于 2022-9-14 16:10
没图没法说
通常怎么判断在当前帖子里已经说得没法更具体了

老师，这是我的体系RMSD，我理解的是图中37ns后基本稳定了，但是我不知道如何判断50ns的模拟时间是否足够

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-24 00:57:53

yangzaia 发表于 2022-9-23 15:01
老师，这是我的体系RMSD，我理解的是图中37ns后基本稳定了，但是我不知道如何判断50ns的模拟时间是否足够 ...

得结合具体问题
如果这是个生物分子，再跑个20ns，红线还是平稳的话就可以断定稳定了

yangzaia · 发表于 Post on 2022-9-24 20:16:02

sobereva 发表于 2022-9-24 00:57
得结合具体问题
如果这是个生物分子，再跑个20ns，红线还是平稳的话就可以断定稳定了

是生物大分子，纤维素酶，谢谢sob老师

luzujia · 发表于 Post on 2022-10-19 00:04:51

社长，如果用的是xtb做动力学，各种属性怎么输出啊。我现在只知道轨迹文件里输出有能量，利用vmd可以统计氢键和RMSD等，其它的属性如密度之类的怎么看

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-19 01:09:11

luzujia 发表于 2022-10-19 00:04
社长，如果用的是xtb做动力学，各种属性怎么输出啊。我现在只知道轨迹文件里输出有能量，利用vmd可以统计氢 ...

xtb本来就不适合做周期性体系的动力学模拟，不是周期性体系也就没有密度一说。GFN1-xTB级别做周期性体系动力学模拟推荐用CP2K

luzujia · 发表于 Post on 2022-10-19 09:45:22

sobereva 发表于 2022-10-19 01:09
xtb本来就不适合做周期性体系的动力学模拟，不是周期性体系也就没有密度一说。GFN1-xTB级别做周期性体系 ...

好的，谢谢社长。借楼再问一个问题，就是xtb在做动力学的时候，设定了初始体系的单电子数，后来体系发生了分解形成自由基，此时单电子数会增加，与开始设置的不符，这种情况是不是没法太较真啊。

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-19 23:57:10

luzujia 发表于 2022-10-19 09:45
好的，谢谢社长。借楼再问一个问题，就是xtb在做动力学的时候，设定了初始体系的单电子数，后来体系发生 ...

xtb程序里的GFN-xTB默认做的是限制性的有限温度计算，你说的情况未必不能描述。比如两个离得很远的甲基自由基，GFN-xTB的这种计算直接能得到两个占据数几乎为1的轨道，都不用设对称破缺初猜。

ldx022 · 发表于 Post on 2023-8-27 16:34:27

请问社长如果用了增强采样的话，怎么来判断是否平衡了呢？

qikongwanli · 发表于 Post on 2024-6-16 01:32:52

本帖最后由 qikongwanli 于 2024-6-16 01:36 编辑

社长老师好，我是新手，能帮忙看下我的结果吗，这种还要继续延长模拟时间吗，谢谢。

我模拟的是蛋白质和小分子配体化合物的结合，我看轨迹图，模拟的后期，配体的位置逐渐原理初始的结合位点。

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-16 05:32:44

qikongwanli 发表于 2024-6-16 01:32
社长老师好，我是新手，能帮忙看下我的结果吗，这种还要继续延长模拟时间吗，谢谢。

我模拟的是蛋白质和 ...

既然肉眼都看出来逐渐远离了，当然没平衡

raku · 发表于 Post on 2024-11-12 11:10:14

牛啊来学习了，刚接触MD时间不长，发现论坛真是好工具

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[综合交流] 谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡