求助关于AutoDock蛋白中非键原子加电荷的问题

crush · 发表于 Post on 2021-12-26 18:58:31

请问各位老师，我的蛋白质中有一个CL原子，我在对接的时候把蛋白加氢、选为受体，弹出提示说CL原子没有电荷。然后我打开蛋白受体的pdbqt文件，找到了不含电荷的CL，

请问老师，我该如何给这个元素添加电荷呢？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-12-26 21:56:55

你对接为啥不把盐删了

crush · 发表于 Post on 2021-12-27 09:25:03

喵星大佬发表于 2021-12-26 21:56
你对接为啥不把盐删了

你好，感谢您的回复

！如果这个CL原子参与反应，该如何添加电荷呢？我想问的是这一类的问题，这个CL也可能是别的金属原子，比如Ni原子。我在官网上找到说是手动在pdbqt文件中添加电荷，但是没说怎么添加

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-12-27 10:49:11

crush 发表于 2021-12-27 09:25
你好，感谢您的回复！如果这个CL原子参与反应，该如何添加电荷呢？我想问的是这一类的问题，这个CL ...

你都找到电荷在哪里了直接写-1不就好了

火热的羊 · 发表于 Post on 2025-2-14 21:50:21

crush 发表于 2021-12-27 09:25
你好，感谢您的回复！如果这个CL原子参与反应，该如何添加电荷呢？我想问的是这一类的问题，这个CL ...

请问您最后解决了吗，应该怎么添加呀

student0618 · 发表于 Post on 2025-2-15 17:13:30

火热的羊发表于 2025-2-14 21:50
请问您最后解决了吗，应该怎么添加呀

Just open the pdbqt file with a text editor (e.g. notepad) and modify the charge column.

火热的羊 · 发表于 Post on 2025-2-16 20:22:02

student0618 发表于 2025-2-15 17:13
Just open the pdbqt file with a text editor (e.g. notepad) and modify the charge column.

请问应该如何确定添加的值是多少呢

student0618 · 发表于 Post on 2025-2-17 22:53:17

火热的羊发表于 2025-2-16 20:22
请问应该如何确定添加的值是多少呢

usually the missing charge is on the ions, e.g. Zn, Fe, Cl... that we may use their charge directly. e.g. 2 for Fe2+, 3 for Fe3+...

火热的羊 · 发表于 Post on 2025-2-18 17:21:01

student0618 发表于 2025-2-17 22:53
usually the missing charge is on the ions, e.g. Zn, Fe, Cl... that we may use their charge directl ...

谢谢

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