关于统计分子两两之间的质心距离脚本

yangjunfang · 发表于 Post on 2022-1-13 10:16:08

本帖最后由 yangjunfang 于 2022-1-13 16:01 编辑

各位大佬好，我想统计分析一下图中聚集体的邻近分子两两之间的质心距离，应该怎么处理呀？请问有什么脚本可以参考吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-13 14:23:16

稍微改一下就行
在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本
http://sobereva.com/410

yangjunfang · 发表于 Post on 2022-1-13 16:00:00

本帖最后由 yangjunfang 于 2022-1-13 16:09 编辑

sobereva 发表于 2022-1-13 14:23
稍微改一下就行
在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本
http://sobereva.com/410

老师，是需要加上输出距离的命令行吗如图？按图中脚本进行统计之后出现了“measure center: bad weight sum, would cause divide by zero”这样的问题，请问脚本应该怎么修改呀

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-13 16:05:08

yangjunfang 发表于 2022-1-13 16:00
老师，是需要加上输出距离的命令行吗？再有就是模拟完之后是有水分子的，我不想统计水分子之间的质心距离 ...

是
选择语句排除掉水

yangjunfang · 发表于 Post on 2022-1-13 16:12:57

sobereva 发表于 2022-1-13 16:05
是
选择语句排除掉水

好的老师，水的问题我解决了，还是那个脚本的问题加上输出质心距离的语句之后出现了measure center: bad weight sum, would cause divide by zero的问题，麻烦您看一下应该怎么改呀

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-13 17:00:15

yangjunfang 发表于 2022-1-13 16:12
好的老师，水的问题我解决了，还是那个脚本的问题加上输出质心距离的语句之后出现了measure center: bad ...

加上puts语句来调试
比如可能选区什么都没选中

yangjunfang · 发表于 Post on 2022-1-13 18:57:27

sobereva 发表于 2022-1-13 17:00
加上puts语句来调试
比如可能选区什么都没选中

老师，您能帮忙看一下这个脚本中哪里有问题吗，我加了puts语句进行了调试，但是还是出现同样的问题

王采岑 · 发表于 Post on 2022-10-12 22:28:42

yangjunfang 发表于 2022-1-13 18:57
老师，您能帮忙看一下这个脚本中哪里有问题吗，我加了puts语句进行了调试，但是还是出现同样的问题

我也碰到同样的问题
仔细看脚本，set sel [atomselect top "resid $ires"]这里，残基是从1号开始的，我的残基是从0号开始的，报同样的错，改了脚本已经解决。

llh · 发表于 Post on 2023-4-24 11:39:22

如果只算两个指定的分子之间的质心距离该怎么改呢？小白不会使用vmd脚本

yangjunfang · 发表于 Post on 2023-5-17 11:58:33

llh 发表于 2023-4-24 11:39
如果只算两个指定的分子之间的质心距离该怎么改呢？小白不会使用vmd脚本

可以用gromacs中distance命令直接计算

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-7-9 20:04:59

yangjunfang 发表于 2022-1-13 18:57
老师，您能帮忙看一下这个脚本中哪里有问题吗，我加了puts语句进行了调试，但是还是出现同样的问题

请教一下，这个脚本是统计任意分子之间的距离吗，我体系有3种分子只想统计其中一种分子任意两个分子之间的最小距离要怎么修改呀

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