B(OH)3分子立场参数问题

zhufayan · 发表于 Post on 2022-1-24 22:24:02

老师们好，最近我采用acpype计算得到的硼酸分子B(OH)3的力场参数和文献中查到的GAFF力场参数的bond, angle, Dihedral项中的参数的数目对不上（请参见附件），请问这个应该怎么解决呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-26 01:55:22

本身体系就不一样。你的体系里不带碳，文献里表格里用的那个体系是带碳的。只需要用你需要的就完了

zhufayan · 发表于 Post on 2022-1-26 16:58:58

谢谢卢老师,回答言简意赅！！！

zhufayan · 发表于 Post on 2022-2-21 15:28:46

还是有关B(OH)3立场参数的问题，根据卢老师的建议，我采用acpype计算得到的硼酸分子B(OH)3的力场参数，然后采用文献中给出的相关参数对acpype计算给出的参数值进行替换后进行了MD能量最小化计算，但计算时B(OH)3分子发生解离。我现在把文献和B(OH)3的itp文件上传，请老师帮我检查一下，非常感谢。

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-25 22:40:24

zhufayan 发表于 2022-2-21 15:28
还是有关B(OH)3立场参数的问题，根据卢老师的建议，我采用acpype计算得到的硼酸分子B(OH)3的力场参数，然后 ...

直接用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop/）产生就完了，100%不会解离
用的时候让B基于UFF原子类型

zhufayan · 发表于 Post on 2022-3-3 14:44:04

sobereva 发表于 2022-2-25 22:40
直接用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop/）产生就完了，100%不会解离
用的时候让B基于UFF原子类 ...

谢谢卢老师。膜拜大神！！！

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[GROMACS] B(OH)3分子立场参数问题