计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: wwp
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] cp2k做AIMD前预平衡或者结构优化是否为必需?

[复制链接 Copy URL]

266

帖子

0

威望

935

eV
积分
1201

Level 4 (黑子)

16#
发表于 Post on 2024-11-12 21:20:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-6 12:31
我不清楚你说的摆放位置具体是怎么个选择法
不知道你是要找过渡态还是优化吸附构型什么的

sob老师请问一下,如果我是想考察一下体系中的化学反应,那是应该在预平衡(平衡相)后,在产生相里考察和收集数据吗

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120117

管理员

公社社长

17#
发表于 Post on 2024-11-13 02:28:46 | 只看该作者 Only view this author
ljh123 发表于 2024-11-12 21:20
sob老师请问一下,如果我是想考察一下体系中的化学反应,那是应该在预平衡(平衡相)后,在产生相里考察 ...

这种问题一般不分为平衡相和产生相。直接跑MD就完了。本来就是个反应过程中浓度/不同类型分子数目不断变化的过程
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

266

帖子

0

威望

935

eV
积分
1201

Level 4 (黑子)

18#
发表于 Post on 2024-11-13 15:39:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-13 02:28
这种问题一般不分为平衡相和产生相。直接跑MD就完了。本来就是个反应过程中浓度/不同类型分子数目不断变 ...

我的盒子是用packmol构建的,所以在跑MD的时候,前面一段时间的温度等参数都很不平衡,例如我设置的温度是室温,但运行的前几百帧温度会到好几百,那这段时间应该是无效的数据吧?我的理解是,是不是应该先跑到体系各个参数稳定后,到达自己设定的值,再看体系内会不会有化学反应的特征呢?
此外还有第二个问题,就是我的反应物自旋多重度是2,但是反应过程中,可能会产生自旋多重度为3或者4的产物,而我输入文件里的初始自旋多重度是设置为2的,那AIMD过程中,这个自旋多重度CP2K会自动判断并更改吗?因为我担心整个AIMD过程中会把自旋多重度固定在2,导致不会产生产物

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120117

管理员

公社社长

19#
发表于 Post on 2024-11-13 23:43:51 | 只看该作者 Only view this author
ljh123 发表于 2024-11-13 15:39
我的盒子是用packmol构建的,所以在跑MD的时候,前面一段时间的温度等参数都很不平衡,例如我设置的温度 ...

1 如果你不关心整个反应过程(从第一次发生反应就开始计入)可以先做预平衡,只统计基本平衡后的情况。否则只能从头开始统计

2 通常波函数自动会收敛相应情况,体现片段该带的单电子情况。可以每隔一定步数产生一次molden文件,用Multiwfn计算片段的自旋布居进行检验

相关信息:
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

236

帖子

0

威望

1227

eV
积分
1463

Level 4 (黑子)

实验组内的DFT计算、第一性原理、MD模拟爱好者

20#
发表于 Post on 2025-5-14 15:29:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-6 02:44
是否需要结构优化看模型的合理性
如果本身就没有严重不合理接触、过强的斥力,比如直接用较准确的晶体结构 ...

老师,产生相用纯泛函PBE跑,为了提高效率,预平衡阶段可以使用半经验GFN-xTB方法吗。方法一变,不知道是否能称得上是连续。
目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120117

管理员

公社社长

21#
发表于 Post on 2025-5-14 20:06:59 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2025-5-14 15:29
老师,产生相用纯泛函PBE跑,为了提高效率,预平衡阶段可以使用半经验GFN-xTB方法吗。方法一变,不知道是 ...

可以,但这么做产生相的前一部分还是不平衡的,需要在分析统计时忽略掉
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

236

帖子

0

威望

1227

eV
积分
1463

Level 4 (黑子)

实验组内的DFT计算、第一性原理、MD模拟爱好者

22#
发表于 Post on 2025-5-14 20:27:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-14 20:06
可以,但这么做产生相的前一部分还是不平衡的,需要在分析统计时忽略掉

好嘞,感谢老师
目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 20:56 , Processed in 0.170298 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list