cp2k做AIMD前预平衡或者结构优化是否为必需？

ljh123

sobereva 发表于 2022-2-6 12:31
我不清楚你说的摆放位置具体是怎么个选择法
不知道你是要找过渡态还是优化吸附构型什么的

sob老师请问一下，如果我是想考察一下体系中的化学反应，那是应该在预平衡（平衡相）后，在产生相里考察和收集数据吗

sobereva

ljh123 发表于 2024-11-12 21:20
sob老师请问一下，如果我是想考察一下体系中的化学反应，那是应该在预平衡（平衡相）后，在产生相里考察 ...

这种问题一般不分为平衡相和产生相。直接跑MD就完了。本来就是个反应过程中浓度/不同类型分子数目不断变化的过程

ljh123

sobereva 发表于 2024-11-13 02:28
这种问题一般不分为平衡相和产生相。直接跑MD就完了。本来就是个反应过程中浓度/不同类型分子数目不断变 ...

我的盒子是用packmol构建的，所以在跑MD的时候，前面一段时间的温度等参数都很不平衡，例如我设置的温度是室温，但运行的前几百帧温度会到好几百，那这段时间应该是无效的数据吧？我的理解是，是不是应该先跑到体系各个参数稳定后，到达自己设定的值，再看体系内会不会有化学反应的特征呢？
此外还有第二个问题，就是我的反应物自旋多重度是2，但是反应过程中，可能会产生自旋多重度为3或者4的产物，而我输入文件里的初始自旋多重度是设置为2的，那AIMD过程中，这个自旋多重度CP2K会自动判断并更改吗？因为我担心整个AIMD过程中会把自旋多重度固定在2，导致不会产生产物

sobereva

ljh123 发表于 2024-11-13 15:39
我的盒子是用packmol构建的，所以在跑MD的时候，前面一段时间的温度等参数都很不平衡，例如我设置的温度 ...

1 如果你不关心整个反应过程（从第一次发生反应就开始计入）可以先做预平衡，只统计基本平衡后的情况。否则只能从头开始统计

2 通常波函数自动会收敛相应情况，体现片段该带的单电子情况。可以每隔一定步数产生一次molden文件，用Multiwfn计算片段的自旋布居进行检验

相关信息：
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651（http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html）
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353（http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html）