请教关于使用Gromacs模拟lysozyme变性过程

飒飒萨达 · 发表于 Post on 2022-2-23 16:32:49

老师们大家好，最近在自学gromacs,然后想做一个8M尿素溶液下lysozyme denaturation的过程，看了很多这方面的文献，发现模拟的过程比如直接在这个环境中高温，这样很快就能坚持到变形的过程，或者还有在PH=2.0的条件下模拟的，但是老师，我目前做好了8M尿素的环境，也把lysozyme放进去跑了跑，但因为没做过这个方面的，不知道他们文献中gromacs是怎么操作弄的PH=2.0的条件下模拟来做的？
还有一个问题就是实验上采用的是buffer来做的变性过程，具体实用的环境是（8M urea, Tris-HCl pH=8.0, 50 mM, DTT 32 mM, 1mM EDTA, pH=8.0),如果我想通过gromacs模拟这个过程的话尽可能和实验环境贴近，想知道接下来怎么操作呢，已经构建好了8M urea lysozyme 的盒子了，提前谢谢老师了！

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-23 18:25:14

恰当设置质子化态。诸如PROPKA可以给你特定pH下各个残基的质子化态，相应地设定
或者用AMBER、NAMD等支持constant pH的方法在特定pH下模拟

浓度很低因而在模拟盒子里出现不了几个的物质直接无视，浓度相对大一些的加入盒子

飒飒萨达 · 发表于 Post on 2022-2-24 09:49:53

sobereva 发表于 2022-2-23 18:25
恰当设置质子化态。诸如PROPKA可以给你特定pH下各个残基的质子化态，相应地设定
或者用AMBER、NAMD等支持c ...

感谢老师解答，明白了

牧生 · 发表于 Post on 2022-2-24 10:56:40

sobereva 发表于 2022-2-23 18:25
恰当设置质子化态。诸如PROPKA可以给你特定pH下各个残基的质子化态，相应地设定
或者用AMBER、NAMD等支持c ...

我就有个疑问了，如果我要模拟的溶液酸浓度较高，如甜菜碱表面活性剂在20%的HCl水溶液中增稠行为，此时早都超过pH描述的0~14的范围，即使amber也无法设定一个不存在的pH值，似乎仅有的办法是向溶液中加入大量水合氢离子。

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-24 11:32:19

牧生发表于 2022-2-24 10:56
我就有个疑问了，如果我要模拟的溶液酸浓度较高，如甜菜碱表面活性剂在20%的HCl水溶液中增稠行为，此时 ...

这种情况是需要如此

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