计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 4919|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:gromacs-2019正式模拟时报错

[复制链接 Copy URL]

82

帖子

0

威望

1197

eV
积分
1279

Level 4 (黑子)

我在服务器上利用gromacs做体系能量最小化以及nvt平衡时,均运行正常,然后再进行正式nvt模拟时却一直出现如下的报错

gmx的安装我是按照sob老师发在论坛里的方法安装的,这是我提交任务的脚本文件

我附上报错的out文件、.mdp文件、log文件,想请问大家这个问题怎么解决呀。

out.out

5.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

md.mdp

1.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

md.log

15.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-2-27 16:58:51 | 只看该作者 Only view this author
模拟崩溃了
一般是拓扑文件有问题,仔细反复检查,并且仔细看grompp时屏幕上的提示
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

82

帖子

0

威望

1197

eV
积分
1279

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-27 21:14:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-27 16:58
模拟崩溃了
一般是拓扑文件有问题,仔细反复检查,并且仔细看grompp时屏幕上的提示

老师,我发现我把nose-hoover热浴下的 tc-grps 改成一个控温组之后,模拟就能正常运行了,请问这是什么原因呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2022-2-28 13:50:23 | 只看该作者 Only view this author
Rosefinch 发表于 2022-2-27 21:14
老师,我发现我把nose-hoover热浴下的 tc-grps 改成一个控温组之后,模拟就能正常运行了,请问这是什么原 ...

没法判断。连你跑的是什么体系都不知道
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

82

帖子

0

威望

1197

eV
积分
1279

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-1 21:33:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-28 13:50
没法判断。连你跑的是什么体系都不知道

不好意思老师,我做的是2维石墨表面有机小分子自组装的模拟,两层石墨烯总共8400个原子,石墨表面有机分子8个总共1144个原子。之前把石墨基底部分和组装的有机分子部分分成了两个控温组,用nose-hoover就会出现报错,但是随着调大 tau_t 参数的值,报错会出现的更晚一些(它会先跑几步再报错)。现在我只设置整个系统为一个控温组,模拟1ns就能完成模拟,但是不清楚为什么会这样。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2022-3-2 02:52:42 | 只看该作者 Only view this author
Rosefinch 发表于 2022-3-1 21:33
不好意思老师,我做的是2维石墨表面有机小分子自组装的模拟,两层石墨烯总共8400个原子,石墨表面有机分 ...

可能tau_t本身用的就不合理。另外也可能体系还没平衡,Nose-Hoover热浴不要用在体系还没平衡的状态。若无特殊情况,建议始终用V-rescale热浴。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

82

帖子

0

威望

1197

eV
积分
1279

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-2 08:55:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-2 02:52
可能tau_t本身用的就不合理。另外也可能体系还没平衡,Nose-Hoover热浴不要用在体系还没平衡的状态。若无 ...

好的 谢谢sob老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 19:59 , Processed in 0.193070 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list