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[GROMACS] 含有小分子的聚合物在完成一次弛豫后在进行nvt报错

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各位前辈,我对含有小分子的聚合物进行能量最小化,在进行弛豫后想在进行NVT后求均方位移曲线,但是这次NVT没有成功,报错如下图,想请教一下造成这种现象的原因是什么,怎么解决?

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发表于 Post on 2022-3-2 03:07:17 | 只看该作者 Only view this author



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-2 08:37:01 | 只看该作者 Only view this author

老师,我还是不太清楚,我已经进行了NVT和NPT(这是不是说明初始结构和拓扑文件是合理的),再次进行NVT显示了LINCS报错还可能是初始结构或者拓扑文件的原因吗

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发表于 Post on 2022-3-2 22:04:21 | 只看该作者 Only view this author
风起于夏 发表于 2022-3-2 08:37
老师,我还是不太清楚,我已经进行了NVT和NPT(这是不是说明初始结构和拓扑文件是合理的),再次进行NVT显 ...

我不知道你具体怎么跑的
继续进行NVT的时候要通过之前的cpt文件延续最后的坐标和速度
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-3 09:24:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-2 22:04
我不知道你具体怎么跑的
继续进行NVT的时候要通过之前的cpt文件延续最后的坐标和速度

好的老师

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