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[Gaussian/gview] 计算IRC后,与初猜结构不符合,应该如何处理呢?

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初猜Ag与靛蓝中的N成键
在计算过渡态后,只有一个虚频。IRC计算后,Ag距离N越来越远,与O的距离更接近。在gview中也没有成键

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发表于 Post on 2022-3-2 16:44:33 | 只看该作者 Only view this author
语义不明
先把过渡态的结构,以及虚频的振动矢量图贴出来

如果过渡态对应于Ag位置的迁移,这再正常不过
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-2 17:43:57 | 只看该作者 Only view this author
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# opt=(calcfc,ts,noeigen) b3lyp scrf=(smd,solvent=water)
geom=connectivity def2svp

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发表于 Post on 2022-3-2 18:57:54 | 只看该作者 Only view this author
long1999 发表于 2022-3-2 10:43
关键词
# opt=(calcfc,ts,noeigen) b3lyp scrf=(smd,solvent=water)
geom=connectivity def2svp

你的初猜指的是过渡态的初猜、反应物的初猜还是产物的初猜?
IRC的最终结构应该趋近于反应物和产物之一,并且肯定不趋近于过渡态,你检查一下你的体系是不是这样的,如果是,那就是正常现象,不需要任何处理
Zikuan Wang
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BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-3 10:22:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-2 18:57
你的初猜指的是过渡态的初猜、反应物的初猜还是产物的初猜?
IRC的最终结构应该趋近于反应物和产物之一 ...

是对于产物的初猜
如果是写在文章里的,使用b3lyp,还需要加DFT-D3色散校正吗?

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发表于 Post on 2022-3-3 16:50:39 | 只看该作者 Only view this author
long1999 发表于 2022-3-3 03:22
是对于产物的初猜
如果是写在文章里的,使用b3lyp,还需要加DFT-D3色散校正吗?

和产物的初猜不符合也是正常的,关键在于和产物的优化收敛的结构是否符合,只要这个符合就行。
B3LYP永远要加D3,即使不是写在文章里的也要加。只有两个例外:(1)极其小的分子,比如水分子这么大的分子;(2)研究的过程不涉及结构变化,比如算垂直激发能。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-3-3 21:47:29 | 只看该作者 Only view this author
long1999 发表于 2022-3-3 10:22
是对于产物的初猜
如果是写在文章里的,使用b3lyp,还需要加DFT-D3色散校正吗?

按照sob老师的说法
如果缺乏化学直觉和理论知识,不知道什么时候加DFT-D3校正是必须的,索性能加的时候都加,反正通常没害处,还往往能顺便改进热力学数据计算精度

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-5 13:44:42 | 只看该作者 Only view this author
Elatesan 发表于 2022-3-3 21:47
按照sob老师的说法

谢谢您了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-5 13:45:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-3 16:50
和产物的初猜不符合也是正常的,关键在于和产物的优化收敛的结构是否符合,只要这个符合就行。
B3LYP永 ...

谢谢wzkchem5老师

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