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[Amber] 求助:amber里的LJ参数与gromacs中的转化

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如题,如何将amber力场中的LJ势转化为gromacs中top文件中的LJ势。我查看了这两个手册,但是对于σ是如何转换的我还是没看懂。和acpype给出的结果差一个2倍关系。

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发表于 Post on 2022-3-16 03:19:38 | 只看该作者 Only view this author
Sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)里的子程序,用来把AMBER力场文件里读的epsilon和r0转化为GROMACS里用AMBER/GAFF力场时用的epsilon和sigma参数,注释写得很清楚

!--------- Convert LJ parameters (epsilon in kcal/mol, r0 in Angstrom) to GROMACS convention (epsilon in kJ/mol, sigma in nm)
subroutine LJ_convert(eps,r0,gmx_eps,gmx_sig)
real*8 eps,r0,gmx_eps,gmx_sig
gmx_eps=eps*4.184D0 !kcal/mol -> kJ/mol
gmx_sig=r0/2**(1D0/6D0)/10 !r0 -> sigma (Angstrom), then to nm
end subroutine

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-25 11:16:05 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师

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发表于 Post on 2023-10-11 15:42:40 | 只看该作者 Only view this author
兄弟,我用了sob老师的公示,还是存在一个两倍的关系,我还是不太懂sigma的转换关系,你懂了嘛?为什么会存在这个两倍的关系呢?

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发表于 Post on 2024-10-28 16:43:22 | 只看该作者 Only view this author
angervlf 发表于 2023-10-11 15:42
兄弟,我用了sob老师的公示,还是存在一个两倍的关系,我还是不太懂sigma的转换关系,你懂了嘛?为什么会存 ...

要乘2,https://blog.sciencenet.cn/home. ... =blog&id=718384

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