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[VMD] 利用VMD生成psf文件

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楼主
  我想问一下对于自己搭建的构型(石墨烯+碳纳米管),如果想用VMD生成psf文件可行吗??如果可以应该如何操作,恳请各位VMD高手进行解答。(我想利用VMD生成构型的.top文件,使用gromacs模拟)谢谢!

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发表于 Post on 2014-11-18 14:50:21 | 只看该作者 Only view this author
VMD不是干这个的,这种体系要用x2top生成top文件,参见
amber与gromacs读入碳纳米管的方法
http://sobereva.com/39
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-11-18 18:00:14 | 只看该作者 Only view this author
好的Sob老师,那请问VMD的top和Gromacs的top有什么区别???谢谢

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发表于 Post on 2014-11-19 03:28:22 | 只看该作者 Only view this author
VMD本来就不能生成gromacs的top文件。VMD生成输入文件是给NAMD用的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-11-19 07:33:40 | 只看该作者 Only view this author
了解了,谢谢Sob老师,他们的top文件的格式不同.VMD利用的好像是CHARMM力场的形式

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发表于 Post on 2015-10-29 05:35:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-11-19 03:28
VMD本来就不能生成gromacs的top文件。VMD生成输入文件是给NAMD用的

VMD能生成CHARMM的top文件吗?具体如何进行?

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