求助：添加完非标准残基后模拟时amber力场的问题

YangC · 发表于 Post on 2022-3-31 20:16:28

大家好，我按照sob老师指导的方法像Amber99sb-LIDN立场添加了一个小分子端基，添加的NFMC.rtp。之后用gview构建了一个Fmc-Gly测试一下非标准残基加的成不成功(已优化)，用的是amber99sb-lidn的力场，在用pdb2gmx生成拓扑文件时，发现会出现下面的warning和Fatal error。看之前sob老师回复其他相似问题的帖子(http://bbs.keinsci.com/thread-16666-1-1.html)，我没有在pdb文件中发现NFMC残疾里有C，rtp中也没有C。也尝试过把自己编的rtp里的dihedrals删掉，在做pdb2gmx，也还是这样的报错。下面的附件分别是我添加的非标准氨基酸的rtp、力场下的标准rtp和测试用的pdb结构，请各位老师帮忙解答一下，提前谢谢大家！
WARNING: Duplicate line found in or between hackblock and rtp entries
Fatal error: Residue 2 named NFMC of a molecule in the input file was mapped to an entry in the topology database, but the atom C used in that entry is not found in the input file. Perhaps your atom and/or residue naming needs to be fixed.

NFMC.rtp (6.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

amber99sb-li--aminoacids.rtp (85.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

fmcGly.pdb (3.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-3-31 21:25:29

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-3-31 21:26 编辑

rtp文件中有这样一行C27 +N29，这个C27就是C，可能是这里设置出错了，C27和下一个残基中的N相连，所以把+N29改成+N应该可以解决这个问题，具体情况可以参考rtp中的其他N端残基。

YangC · 发表于 Post on 2022-4-1 10:01:46

Frozen-Penguin 发表于 2022-3-31 21:25
rtp文件中有这样一行C27 +N29，这个C27就是C，可能是这里设置出错了，C27和下一个残基中的N相连，所以把+N2 ...

谢谢，我修改了rtp里的N，发现还是报这个warning和Fatal error。是因为我pdb的问题嘛？

YangC · 发表于 Post on 2022-4-1 14:53:07

Frozen-Penguin 发表于 2022-3-31 21:25
rtp文件中有这样一行C27 +N29，这个C27就是C，可能是这里设置出错了，C27和下一个残基中的N相连，所以把+N2 ...

我重新整理了一下问题解决啦！太感谢了！

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2024-4-29 09:52:36

YangC 发表于 2022-4-1 14:53
我重新整理了一下问题解决啦！太感谢了！

您好，请问您是怎么解决的呀？我遇到了跟您类似的问题，与多肽相连的非标准残基没什么问题，但是跟这个非标准残基相连的那个氨基酸总是被判定为N端导致最后参数多加了2个H。
我想请教您一下这个该怎么解决呀？

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