计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2974|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] poly-DOL itp文件出错

[复制链接 Copy URL]

6

帖子

0

威望

77

eV
积分
83

Level 2 能力者

我跑一个DOL的聚合物,普通的3聚体,运行GROMACS时一直报错。
LINCS 错误 和1,4 iteraction错误,这是因为ITP文件的问题吗?
itp就是用acpype流程做的。电荷是RESP计算流程。

; P-DOL-3_GMX.itp created by acpype (Rev: 0) on Wed Mar 30 14:15:12 2022


[ moleculetype ]
;name            nrexcl
DOLL         3

[ atoms ]
;   nr  type  resi  res  atom  cgnr     charge      mass       ; qtot   bond_type
     1   os     1   DOLL    O1    1     -0.5037216914     16.00000 ; qtot 0.000
     2   c3     1   DOLL    C2    2      0.3467519111     12.01000 ; qtot 0.000
     3   c3     1   DOLL    C3    3      0.5281158707     12.01000 ; qtot 0.000
     4   c3     1   DOLL    C4    4      0.3138993718     12.01000 ; qtot 0.000
     5   h1     1   DOLL    H5    5     -0.0356438714      1.00800 ; qtot 0.000
     6   h1     1   DOLL    H6    6     -0.0356438714      1.00800 ; qtot 0.000
     7   os     1   DOLL    O7    7     -0.5110421515     16.00000 ; qtot 0.000
     8   h2     1   DOLL    H8    8     -0.0275471375      1.00800 ; qtot 0.000
     9   h2     1   DOLL    H9    9     -0.0275471375      1.00800 ; qtot 0.000
    10   os     1   DOLL   O10   10     -0.5307631873     16.00000 ; qtot 0.000
    11   h1     1   DOLL   H11   11     -0.0288938497      1.00800 ; qtot 0.000
    12   h1     1   DOLL   H12   12     -0.0288938497      1.00800 ; qtot 0.000
    13   c3     1   DOLL   C13   13      0.3268408859     12.01000 ; qtot 0.000
    14   c3     1   DOLL   C14   14      0.4961192000     12.01000 ; qtot 0.000
    15   c3     1   DOLL   C15   15      0.3225392209     12.01000 ; qtot 0.000
    16   h1     1   DOLL   H16   16     -0.0293566663      1.00800 ; qtot 0.000
    17   h1     1   DOLL   H17   17     -0.0293566663      1.00800 ; qtot 0.000
    18   h2     1   DOLL   H18   18      0.0038690318      1.00800 ; qtot 0.000
    19   h2     1   DOLL   H19   19      0.0038690318      1.00800 ; qtot 0.000
    20   oh     1   DOLL   O20   20     -0.6635411081     16.00000 ; qtot 0.000
    21   os     1   DOLL   O21   21     -0.4973224689     16.00000 ; qtot 0.000
    22   h1     1   DOLL   H22   22     -0.0247333349      1.00800 ; qtot 0.000
    23   h1     1   DOLL   H23   23     -0.0247333349      1.00800 ; qtot 0.000
    24   ho     1   DOLL   H24   24      0.4277698241      1.00800 ; qtot 0.000
    25   c3     1   DOLL   C25   25      0.5373151717     12.01000 ; qtot 0.000
    26   os     1   DOLL   O26   26     -0.5191483496     16.00000 ; qtot 0.000
    27   h2     1   DOLL   H27   27     -0.0382506553      1.00800 ; qtot 0.000
    28   h2     1   DOLL   H28   28     -0.0382506553      1.00800 ; qtot 0.000
    29   c3     1   DOLL   C29   29      0.3073477423     12.01000 ; qtot 0.000
    30   c3     1   DOLL   C30   30      0.3687759513     12.01000 ; qtot 0.000
    31   h1     1   DOLL   H31   31     -0.0077210762      1.00800 ; qtot 0.000
    32   h1     1   DOLL   H32   32     -0.0077210762      1.00800 ; qtot 0.000
    33   oh     1   DOLL   O33   33     -0.7424633892     16.00000 ; qtot 0.000
    34   h1     1   DOLL   H34   34     -0.0314734142      1.00800 ; qtot 0.000
    35   h1     1   DOLL   H35   35     -0.0314734142      1.00800 ; qtot 0.000
    36   ho     1   DOLL   H36   36      0.4320291432      1.00800 ; qtot 0.000

[ bonds ]
;   ai     aj funct   r             k
     1      2   1    1.4316e-01    2.5824e+05 ;     O1 - C2   
     1      3   1    1.4316e-01    2.5824e+05 ;     O1 - C3   
     2      4   1    1.5375e-01    2.5179e+05 ;     C2 - C4   
     2      5   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;     C2 - H5   
     2      6   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;     C2 - H6   
     3      7   1    1.4316e-01    2.5824e+05 ;     C3 - O7   
     3      8   1    1.0961e-01    2.7757e+05 ;     C3 - H8   
     3      9   1    1.0961e-01    2.7757e+05 ;     C3 - H9   
     4     10   1    1.4316e-01    2.5824e+05 ;     C4 - O10   
     4     11   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;     C4 - H11   
     4     12   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;     C4 - H12   
     7     13   1    1.4316e-01    2.5824e+05 ;     O7 - C13   
    10     14   1    1.4316e-01    2.5824e+05 ;    O10 - C14   
    13     15   1    1.5375e-01    2.5179e+05 ;    C13 - C15   
    13     16   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;    C13 - H16   
    13     17   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;    C13 - H17   
    14     18   1    1.0961e-01    2.7757e+05 ;    C14 - H18   
    14     19   1    1.0961e-01    2.7757e+05 ;    C14 - H19   
    14     20   1    1.4233e-01    2.6501e+05 ;    C14 - O20   
    15     21   1    1.4316e-01    2.5824e+05 ;    C15 - O21   
    15     22   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;    C15 - H22   
    15     23   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;    C15 - H23   
    20     24   1    9.7300e-02    3.1079e+05 ;    O20 - H24   
    21     25   1    1.4316e-01    2.5824e+05 ;    O21 - C25   
    25     26   1    1.4316e-01    2.5824e+05 ;    C25 - O26   
    25     27   1    1.0961e-01    2.7757e+05 ;    C25 - H27   
    25     28   1    1.0961e-01    2.7757e+05 ;    C25 - H28   
    26     29   1    1.4316e-01    2.5824e+05 ;    O26 - C29   
    29     30   1    1.5375e-01    2.5179e+05 ;    C29 - C30   
    29     31   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;    C29 - H31   
    29     32   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;    C29 - H32   
    30     33   1    1.4233e-01    2.6501e+05 ;    C30 - O33   
    30     34   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;    C30 - H34   
    30     35   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;    C30 - H35   
    33     36   1    9.7300e-02    3.1079e+05 ;    O33 - H36   

[ pairs ]
;   ai     aj    funct
     1     10      1 ;     O1 - O10   
     1     11      1 ;     O1 - H11   
     1     12      1 ;     O1 - H12   
     1     13      1 ;     O1 - C13   
     2      7      1 ;     C2 - O7   
     2      8      1 ;     C2 - H8   
     2      9      1 ;     C2 - H9   
     2     14      1 ;     C2 - C14   
     3      4      1 ;     C3 - C4   
     3      5      1 ;     C3 - H5   
     3      6      1 ;     C3 - H6   
     3     15      1 ;     C3 - C15   
     3     16      1 ;     C3 - H16   
     3     17      1 ;     C3 - H17   
     4     18      1 ;     C4 - H18   
     4     19      1 ;     C4 - H19   
     4     20      1 ;     C4 - O20   
     5     10      1 ;     H5 - O10   
     5     11      1 ;     H5 - H11   
     5     12      1 ;     H5 - H12   
     6     10      1 ;     H6 - O10   
     6     11      1 ;     H6 - H11   
     6     12      1 ;     H6 - H12   
     7     21      1 ;     O7 - O21   
     7     22      1 ;     O7 - H22   
     7     23      1 ;     O7 - H23   
     8     13      1 ;     H8 - C13   
     9     13      1 ;     H9 - C13   
    10     24      1 ;    O10 - H24   
    11     14      1 ;    H11 - C14   
    12     14      1 ;    H12 - C14   
    13     25      1 ;    C13 - C25   
    15     26      1 ;    C15 - O26   
    15     27      1 ;    C15 - H27   
    15     28      1 ;    C15 - H28   
    16     21      1 ;    H16 - O21   
    16     22      1 ;    H16 - H22   
    16     23      1 ;    H16 - H23   
    17     21      1 ;    H17 - O21   
    17     22      1 ;    H17 - H22   
    17     23      1 ;    H17 - H23   
    18     24      1 ;    H18 - H24   
    19     24      1 ;    H19 - H24   
    21     29      1 ;    O21 - C29   
    22     25      1 ;    H22 - C25   
    23     25      1 ;    H23 - C25   
    25     30      1 ;    C25 - C30   
    25     31      1 ;    C25 - H31   
    25     32      1 ;    C25 - H32   
    26     33      1 ;    O26 - O33   
    26     34      1 ;    O26 - H34   
    26     35      1 ;    O26 - H35   
    27     29      1 ;    H27 - C29   
    28     29      1 ;    H28 - C29   
    29     36      1 ;    C29 - H36   
    31     33      1 ;    H31 - O33   
    31     34      1 ;    H31 - H34   
    31     35      1 ;    H31 - H35   
    32     33      1 ;    H32 - O33   
    32     34      1 ;    H32 - H34   
    32     35      1 ;    H32 - H35   
    34     36      1 ;    H34 - H36   
    35     36      1 ;    H35 - H36   

[ angles ]
;   ai     aj     ak    funct   theta         cth
     1      2      4      1    1.0797e+02    5.6902e+02 ;     O1 - C2     - C4   
     1      2      5      1    1.0978e+02    4.2509e+02 ;     O1 - C2     - H5   
     1      2      6      1    1.0978e+02    4.2509e+02 ;     O1 - C2     - H6   
     1      3      7      1    1.0829e+02    6.0835e+02 ;     O1 - C3     - O7   
     1      3      8      1    1.0958e+02    4.2593e+02 ;     O1 - C3     - H8   
     1      3      9      1    1.0958e+02    4.2593e+02 ;     O1 - C3     - H9   
     2      1      3      1    1.1248e+02    5.2467e+02 ;     C2 - O1     - C3   
     2      4     10      1    1.0797e+02    5.6902e+02 ;     C2 - C4     - O10   
     2      4     11      1    1.0956e+02    3.8828e+02 ;     C2 - C4     - H11   
     2      4     12      1    1.0956e+02    3.8828e+02 ;     C2 - C4     - H12   
     3      7     13      1    1.1248e+02    5.2467e+02 ;     C3 - O7     - C13   
     4      2      5      1    1.0956e+02    3.8828e+02 ;     C4 - C2     - H5   
     4      2      6      1    1.0956e+02    3.8828e+02 ;     C4 - C2     - H6   
     4     10     14      1    1.1248e+02    5.2467e+02 ;     C4 - O10    - C14   
     5      2      6      1    1.0846e+02    3.2803e+02 ;     H5 - C2     - H6   
     7      3      8      1    1.0958e+02    4.2593e+02 ;     O7 - C3     - H8   
     7      3      9      1    1.0958e+02    4.2593e+02 ;     O7 - C3     - H9   
     7     13     15      1    1.0797e+02    5.6902e+02 ;     O7 - C13    - C15   
     7     13     16      1    1.0978e+02    4.2509e+02 ;     O7 - C13    - H16   
     7     13     17      1    1.0978e+02    4.2509e+02 ;     O7 - C13    - H17   
     8      3      9      1    1.1020e+02    3.2635e+02 ;     H8 - C3     - H9   
    10      4     11      1    1.0978e+02    4.2509e+02 ;    O10 - C4     - H11   
    10      4     12      1    1.0978e+02    4.2509e+02 ;    O10 - C4     - H12   
    10     14     18      1    1.0958e+02    4.2593e+02 ;    O10 - C14    - H18   
    10     14     19      1    1.0958e+02    4.2593e+02 ;    O10 - C14    - H19   
    10     14     20      1    1.0938e+02    6.0752e+02 ;    O10 - C14    - O20   
    11      4     12      1    1.0846e+02    3.2803e+02 ;    H11 - C4     - H12   
    13     15     21      1    1.0797e+02    5.6902e+02 ;    C13 - C15    - O21   
    13     15     22      1    1.0956e+02    3.8828e+02 ;    C13 - C15    - H22   
    13     15     23      1    1.0956e+02    3.8828e+02 ;    C13 - C15    - H23   
    14     20     24      1    1.0726e+02    3.9664e+02 ;    C14 - O20    - H24   
    15     13     16      1    1.0956e+02    3.8828e+02 ;    C15 - C13    - H16   
    15     13     17      1    1.0956e+02    3.8828e+02 ;    C15 - C13    - H17   
    15     21     25      1    1.1248e+02    5.2467e+02 ;    C15 - O21    - C25   
    16     13     17      1    1.0846e+02    3.2803e+02 ;    H16 - C13    - H17   
    18     14     19      1    1.1020e+02    3.2635e+02 ;    H18 - C14    - H19   
    18     14     20      1    1.0943e+02    4.2760e+02 ;    H18 - C14    - O20   
    19     14     20      1    1.0943e+02    4.2760e+02 ;    H19 - C14    - O20   
    21     15     22      1    1.0978e+02    4.2509e+02 ;    O21 - C15    - H22   
    21     15     23      1    1.0978e+02    4.2509e+02 ;    O21 - C15    - H23   
    21     25     26      1    1.0829e+02    6.0835e+02 ;    O21 - C25    - O26   
    21     25     27      1    1.0958e+02    4.2593e+02 ;    O21 - C25    - H27   
    21     25     28      1    1.0958e+02    4.2593e+02 ;    O21 - C25    - H28   
    22     15     23      1    1.0846e+02    3.2803e+02 ;    H22 - C15    - H23   
    25     26     29      1    1.1248e+02    5.2467e+02 ;    C25 - O26    - C29   
    26     25     27      1    1.0958e+02    4.2593e+02 ;    O26 - C25    - H27   
    26     25     28      1    1.0958e+02    4.2593e+02 ;    O26 - C25    - H28   
    26     29     30      1    1.0797e+02    5.6902e+02 ;    O26 - C29    - C30   
    26     29     31      1    1.0978e+02    4.2509e+02 ;    O26 - C29    - H31   
    26     29     32      1    1.0978e+02    4.2509e+02 ;    O26 - C29    - H32   
    27     25     28      1    1.1020e+02    3.2635e+02 ;    H27 - C25    - H28   
    29     30     33      1    1.1019e+02    5.6484e+02 ;    C29 - C30    - O33   
    29     30     34      1    1.0956e+02    3.8828e+02 ;    C29 - C30    - H34   
    29     30     35      1    1.0956e+02    3.8828e+02 ;    C29 - C30    - H35   
    30     29     31      1    1.0956e+02    3.8828e+02 ;    C30 - C29    - H31   
    30     29     32      1    1.0956e+02    3.8828e+02 ;    C30 - C29    - H32   
    30     33     36      1    1.0726e+02    3.9664e+02 ;    C30 - O33    - H36   
    31     29     32      1    1.0846e+02    3.2803e+02 ;    H31 - C29    - H32   
    33     30     34      1    1.1026e+02    4.2593e+02 ;    O33 - C30    - H34   
    33     30     35      1    1.1026e+02    4.2593e+02 ;    O33 - C30    - H35   
    34     30     35      1    1.0846e+02    3.2803e+02 ;    H34 - C30    - H35   

[ dihedrals ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
     1      2      4     10      9     0.00   0.60250   3 ;     O1-    C2-    C4-   O10
     1      2      4     10      9     0.00   4.91620   2 ;     O1-    C2-    C4-   O10
     1      2      4     11      9     0.00   0.00000   0 ;     O1-    C2-    C4-   H11
     1      2      4     11      9     0.00   1.04600   1 ;     O1-    C2-    C4-   H11
     1      2      4     12      9     0.00   0.00000   0 ;     O1-    C2-    C4-   H12
     1      2      4     12      9     0.00   1.04600   1 ;     O1-    C2-    C4-   H12
     1      3      7     13      9     0.00   0.41840   3 ;     O1-    C3-    O7-   C13
     1      3      7     13      9   180.00   3.55640   2 ;     O1-    C3-    O7-   C13
     1      3      7     13      9   180.00   5.64840   1 ;     O1-    C3-    O7-   C13
     2      1      3      7      9     0.00   0.41840   3 ;     C2-    O1-    C3-    O7
     2      1      3      7      9   180.00   3.55640   2 ;     C2-    O1-    C3-    O7
     2      1      3      7      9   180.00   5.64840   1 ;     C2-    O1-    C3-    O7
     2      1      3      8      9     0.00   1.60387   3 ;     C2-    O1-    C3-    H8
     2      1      3      9      9     0.00   1.60387   3 ;     C2-    O1-    C3-    H9
     2      4     10     14      9     0.00   1.60247   3 ;     C2-    C4-   O10-   C14
     2      4     10     14      9   180.00   0.41840   2 ;     C2-    C4-   O10-   C14
     3      1      2      4      9     0.00   1.60247   3 ;     C3-    O1-    C2-    C4
     3      1      2      4      9   180.00   0.41840   2 ;     C3-    O1-    C2-    C4
     3      1      2      5      9     0.00   1.60387   3 ;     C3-    O1-    C2-    H5
     3      1      2      6      9     0.00   1.60387   3 ;     C3-    O1-    C2-    H6
     3      7     13     15      9     0.00   1.60247   3 ;     C3-    O7-   C13-   C15
     3      7     13     15      9   180.00   0.41840   2 ;     C3-    O7-   C13-   C15
     3      7     13     16      9     0.00   1.60387   3 ;     C3-    O7-   C13-   H16
     3      7     13     17      9     0.00   1.60387   3 ;     C3-    O7-   C13-   H17
     4     10     14     18      9     0.00   1.60387   3 ;     C4-   O10-   C14-   H18
     4     10     14     19      9     0.00   1.60387   3 ;     C4-   O10-   C14-   H19
     4     10     14     20      9     0.00   1.60387   3 ;     C4-   O10-   C14-   O20
     5      2      4     10      9     0.00   0.00000   0 ;     H5-    C2-    C4-   O10
     5      2      4     10      9     0.00   1.04600   1 ;     H5-    C2-    C4-   O10
     5      2      4     11      9     0.00   0.65084   3 ;     H5-    C2-    C4-   H11
     5      2      4     12      9     0.00   0.65084   3 ;     H5-    C2-    C4-   H12
     6      2      4     10      9     0.00   0.00000   0 ;     H6-    C2-    C4-   O10
     6      2      4     10      9     0.00   1.04600   1 ;     H6-    C2-    C4-   O10
     6      2      4     11      9     0.00   0.65084   3 ;     H6-    C2-    C4-   H11
     6      2      4     12      9     0.00   0.65084   3 ;     H6-    C2-    C4-   H12
     7     13     15     21      9     0.00   0.60250   3 ;     O7-   C13-   C15-   O21
     7     13     15     21      9     0.00   4.91620   2 ;     O7-   C13-   C15-   O21
     7     13     15     22      9     0.00   0.00000   0 ;     O7-   C13-   C15-   H22
     7     13     15     22      9     0.00   1.04600   1 ;     O7-   C13-   C15-   H22
     7     13     15     23      9     0.00   0.00000   0 ;     O7-   C13-   C15-   H23
     7     13     15     23      9     0.00   1.04600   1 ;     O7-   C13-   C15-   H23
     8      3      7     13      9     0.00   1.60387   3 ;     H8-    C3-    O7-   C13
     9      3      7     13      9     0.00   1.60387   3 ;     H9-    C3-    O7-   C13
    10     14     20     24      9     0.00   0.69733   3 ;    O10-   C14-   O20-   H24
    11      4     10     14      9     0.00   1.60387   3 ;    H11-    C4-   O10-   C14
    12      4     10     14      9     0.00   1.60387   3 ;    H12-    C4-   O10-   C14
    13     15     21     25      9     0.00   1.60247   3 ;    C13-   C15-   O21-   C25
    13     15     21     25      9   180.00   0.41840   2 ;    C13-   C15-   O21-   C25
    15     21     25     26      9     0.00   0.41840   3 ;    C15-   O21-   C25-   O26
    15     21     25     26      9   180.00   3.55640   2 ;    C15-   O21-   C25-   O26
    15     21     25     26      9   180.00   5.64840   1 ;    C15-   O21-   C25-   O26
    15     21     25     27      9     0.00   1.60387   3 ;    C15-   O21-   C25-   H27
    15     21     25     28      9     0.00   1.60387   3 ;    C15-   O21-   C25-   H28
    16     13     15     21      9     0.00   0.00000   0 ;    H16-   C13-   C15-   O21
    16     13     15     21      9     0.00   1.04600   1 ;    H16-   C13-   C15-   O21
    16     13     15     22      9     0.00   0.65084   3 ;    H16-   C13-   C15-   H22
    16     13     15     23      9     0.00   0.65084   3 ;    H16-   C13-   C15-   H23
    17     13     15     21      9     0.00   0.00000   0 ;    H17-   C13-   C15-   O21
    17     13     15     21      9     0.00   1.04600   1 ;    H17-   C13-   C15-   O21
    17     13     15     22      9     0.00   0.65084   3 ;    H17-   C13-   C15-   H22
    17     13     15     23      9     0.00   0.65084   3 ;    H17-   C13-   C15-   H23
    18     14     20     24      9     0.00   0.69733   3 ;    H18-   C14-   O20-   H24
    19     14     20     24      9     0.00   0.69733   3 ;    H19-   C14-   O20-   H24
    21     25     26     29      9     0.00   0.41840   3 ;    O21-   C25-   O26-   C29
    21     25     26     29      9   180.00   3.55640   2 ;    O21-   C25-   O26-   C29
    21     25     26     29      9   180.00   5.64840   1 ;    O21-   C25-   O26-   C29
    22     15     21     25      9     0.00   1.60387   3 ;    H22-   C15-   O21-   C25
    23     15     21     25      9     0.00   1.60387   3 ;    H23-   C15-   O21-   C25
    25     26     29     30      9     0.00   1.60247   3 ;    C25-   O26-   C29-   C30
    25     26     29     30      9   180.00   0.41840   2 ;    C25-   O26-   C29-   C30
    25     26     29     31      9     0.00   1.60387   3 ;    C25-   O26-   C29-   H31
    25     26     29     32      9     0.00   1.60387   3 ;    C25-   O26-   C29-   H32
    26     29     30     33      9     0.00   0.60250   3 ;    O26-   C29-   C30-   O33
    26     29     30     33      9     0.00   4.91620   2 ;    O26-   C29-   C30-   O33
    26     29     30     34      9     0.00   0.00000   0 ;    O26-   C29-   C30-   H34
    26     29     30     34      9     0.00   1.04600   1 ;    O26-   C29-   C30-   H34
    26     29     30     35      9     0.00   0.00000   0 ;    O26-   C29-   C30-   H35
    26     29     30     35      9     0.00   1.04600   1 ;    O26-   C29-   C30-   H35
    27     25     26     29      9     0.00   1.60387   3 ;    H27-   C25-   O26-   C29
    28     25     26     29      9     0.00   1.60387   3 ;    H28-   C25-   O26-   C29
    29     30     33     36      9     0.00   0.66944   3 ;    C29-   C30-   O33-   H36
    29     30     33     36      9     0.00   1.04600   1 ;    C29-   C30-   O33-   H36
    31     29     30     33      9     0.00   0.00000   0 ;    H31-   C29-   C30-   O33
    31     29     30     33      9     0.00   1.04600   1 ;    H31-   C29-   C30-   O33
    31     29     30     34      9     0.00   0.65084   3 ;    H31-   C29-   C30-   H34
    31     29     30     35      9     0.00   0.65084   3 ;    H31-   C29-   C30-   H35
    32     29     30     33      9     0.00   0.00000   0 ;    H32-   C29-   C30-   O33
    32     29     30     33      9     0.00   1.04600   1 ;    H32-   C29-   C30-   O33
    32     29     30     34      9     0.00   0.65084   3 ;    H32-   C29-   C30-   H34
    32     29     30     35      9     0.00   0.65084   3 ;    H32-   C29-   C30-   H35
    34     30     33     36      9     0.00   0.69733   3 ;    H34-   C30-   O33-   H36
    35     30     33     36      9     0.00   0.69733   3 ;    H35-   C30-   O33-   H36

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-4-2 22:34:13 | 只看该作者 Only view this author
用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生拓扑文件,参考网站里的聚合物的itp构建教程
如果弄出来有类似问题,去看网页里的FAQ8
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 02:54 , Processed in 0.148366 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list