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[CASTEP/Dmol3/MS] 【原创】分享一个基于DMol3计算电子密度差的Matlab程序(未经授权,禁止转载)

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本帖最后由 wsz 于 2022-4-8 02:52 编辑

程序(见附件)及示例文件:「ElectronDensityDifference4DMol3」https://www.aliyundrive.com/s/KbmTSqbBiWm

程序使用的电子密度差的计算公式:


(注:DMol3软件计算的电子密度文件名一般为‘***_density.grd’,以下简称‘grd文件’

程序有两个输出文件(单位均为‘e-^Å-3’):
***_deformation_density.grd:DMol3格式文件,可以在Analysis中导入查看
***.CHGCAR:VASP的CHGCAR格式文件,可以用VESTA查看

示例文件为一个N掺杂石墨烯,使用两种格式的文件得到的效果图如下(iso=0.03):
   

程序使用方法介绍:
ElectronDensityDifference4DMol3.m是主函数,需要五个参数:
调用格式:ElectronDensityDifference4DMol3(density_AB, density_A, density_B, POSCAR, output_filename)

参数说明:
density_AB, density_A, density_B分别为体系的总电子密度,及各部分的电子密度(不需要后缀名)
POSCAR:由于grd文件不包括结构信息,需要一个结构文件,VASP的POSCAR格式,可以使用VESTA等软件转换
output_filename:输出文件的文件名(缺省值:'ElectronDensityDifference'
示例文件可以直接在命令行执行以下命令:ElectronDensityDifference4DMol3('CN_density', 'C_density', 'N_density', 'POSCAR', 'CN')


注意程序运行时需要调用以下三个子函数:
import_grd.m:读取grd文件
export_grd.m:导出grd文件
export_CHGCAR.m:导出VASP的CHGCAR格式的文件
另有一个Main.m文件,执行该文件除了给出上述两个输出文件外,还可给出电子密度差的切面图,效果图如下,程序的默认值为c方向的1/2处(可以根据自己感兴趣的位置修改程序)。

export_CHGCAR.m

471 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 35

export_grd.m

568 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 30

import_grd.m

868 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 33

Main.m

1.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 33

ElectronDensityDifference4DMol3.m

688 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 37

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发表于 Post on 2022-4-8 15:45:47 | 只看该作者 Only view this author
顺带一提,Multiwfn也可以直接载入grd文件,之后可以用主功能13的子功能11对当前载入的和另一个grd文件做各种数学运算(20多种,求差包括在内),算完的格点数据可以直接在主功能13里用选项-2观看等值面,也可以导出成cub文件用其它程序绘制。

另外,Multiwfn的settings.ini里的iuserfunc设为-1(线性插值)或-3(B-spline插值)后,在启动并载入一个grd文件后,可以用主功能3和主功能4分别在特定路径上和特定平面上绘制曲线图和各种形式的平面图,数值对应载入的格点数据插值出的数值。
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发表于 Post on 2023-9-7 08:35:38 | 只看该作者 Only view this author
老师,你的这篇文章中介绍的方法帮了我的大忙,请问这个程序发表到文章中了吗?我想引用一下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-7 10:33:59 | 只看该作者 Only view this author
kaikai 发表于 2023-9-7 08:35
老师,你的这篇文章中介绍的方法帮了我的大忙,请问这个程序发表到文章中了吗?我想引用一下。

没有专门发表,可以直接用哈。

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发表于 Post on 2023-9-7 13:39:02 | 只看该作者 Only view this author
wsz 发表于 2023-9-7 10:33
没有专门发表,可以直接用哈。

多谢老师

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发表于 Post on 2023-9-10 14:10:08 | 只看该作者 Only view this author
对于CASTEP的差分电荷,我的做法是纯手工: 下载三个计算结果文件(.check文件 在remote review中有)→c2x转化check文件为.xsf文件(http://www.c2x.org.uk/)→VESTA打开处理  即可得到VESTA画风的差分电荷图   每次操作都略显繁琐但是又无可奈何

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发表于 Post on 2023-11-27 19:39:52 | 只看该作者 Only view this author
老师您好 非常感谢您的分享 不过是否可以提供一下详细的操作流程?对Matlab实在是操作不起来

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-30 12:56:14 | 只看该作者 Only view this author
sdc5070163 发表于 2023-11-27 19:39
老师您好 非常感谢您的分享 不过是否可以提供一下详细的操作流程?对Matlab实在是操作不起来

把这几个脚本和相关文件放到同一个目录,修改Main文件import_grd对应的文件名(4~6行),直接run就行。

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发表于 Post on 2023-12-6 13:58:24 | 只看该作者 Only view this author
wsz 发表于 2023-11-30 12:56
把这几个脚本和相关文件放到同一个目录,修改Main文件import_grd对应的文件名(4~6行),直接run就行。

感谢老师

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发表于 Post on 2024-3-21 15:52:49 | 只看该作者 Only view this author
老师,Dmol3我看是不能计算部分的差分点密度,请问您是怎么得到三个文件,

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-21 16:33:50 | 只看该作者 Only view this author
丁真xxx 发表于 2024-3-21 15:52
老师,Dmol3我看是不能计算部分的差分点密度,请问您是怎么得到三个文件,

分别自洽得到

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发表于 Post on 2024-3-28 16:23:23 | 只看该作者 Only view this author
老师,您的代码帮了大忙了,请问如何致谢或引用您的工作?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-28 17:52:04 | 只看该作者 Only view this author
polymer_ck 发表于 2024-3-28 16:23
老师,您的代码帮了大忙了,请问如何致谢或引用您的工作?

不需要引用,可以直接用哈

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