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[Sobtop] 使用sobtop转化mol2文件为top文件时LJ参数错误的问题

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本人初接触GROMACS,尝试使用sob老师的sobtop将从mercury中取出的5×5×5超晶胞的mol2文件转化为top文件。使用功能6手动设置所有的原子类型后(载入mol2文件后显示所有的原子都没有原子类型,都是我手动设置的,如C→c,Cl→cl)点击0进入下一步,但是此时弹出错误提示Error:Unable to find LJ parameter for atom     5H  with type h         !,请问这是什么原因?这个“atom 5H是什么?”我使用功能-1将所有原子类型导出里面也没有叫5H的原子,原始的mol2文件里也没有5H原子。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-15 01:14:13 | 只看该作者 Only view this author
另外想请问一下,如果设置的超晶胞太大sobtop是会承受不住而闪退吗?我设置的10×10×10晶胞的mol2文件导入之后sobtop直接闪退了

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发表于 Post on 2022-4-15 04:08:35 | 只看该作者 Only view this author
UTM 发表于 2022-4-15 01:14
另外想请问一下,如果设置的超晶胞太大sobtop是会承受不住而闪退吗?我设置的10×10×10晶胞的mol2文件导入 ...

拿具体文件说事
不上传文件没法说。而且没有具体输入的命令也没法说
可能mol2文件本身就不合理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-4-15 04:10:01 | 只看该作者 Only view this author
分清楚原子类型和原子名。5H是你的mol2文件里的原子名
本来sobtop默认的LJ_param.dat里就没有叫h的原子类型,你怎么能手动把氢都定义成h原子类型。搞清楚基本原理。
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