求助：关于POPC磷脂分子头基NC3分子在xy平面内取径向分布函数的问题

LiJiatong · 发表于 Post on 2022-4-16 10:01:52

粗粒化POPC磷脂双分子层在npt系综下跑完MD之后，计算了单层POPC磷脂分子头基NC3分子的径向分布函数，图中黑线为POPC磷脂分子头基NC3分子在xy平面上的径向分布函数，红线为POPC磷脂分子头基NC3分子的径向分布函数。1、为什么黑线没有同红线一样，在r较小时g(r)等于零？
2、是由于POPC磷脂分子头基NC3分子在xy平面上的投影有重叠吗？
可以麻烦熟悉的老师解答下吗？感谢！！！

注：rdf命令
黑色曲线(xy平面)：gmx_mpi rdf -s md.tpr -f md.xtc -o mdrdf_L.xvg -n index.ndx -xy -b 19000000 -e 20000000 -ref Lhead -sel Lhead
红色曲线：gmx_mpi rdf -s md.tpr -f md.xtc -o mdrdf_L.xvg -n index.ndx -b 19000000 -e 20000000 -ref Lhead -sel Lhead

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-17 03:41:19

“是由于POPC磷脂分子头基NC3分子在xy平面上的投影有重叠吗？”
只有这个解释说得通

LiJiatong · 发表于 Post on 2022-4-18 09:32:13

sobereva 发表于 2022-4-17 03:41
“是由于POPC磷脂分子头基NC3分子在xy平面上的投影有重叠吗？”
只有这个解释说得通

谢谢老师

LiJiatong · 发表于 Post on 2022-4-24 11:15:41

sobereva 发表于 2022-4-17 03:41
“是由于POPC磷脂分子头基NC3分子在xy平面上的投影有重叠吗？”
只有这个解释说得通

老师您好，我想要了解平衡后磷脂双分子层的结构，于是分别计算了单层膜内平行于z轴方向上磷脂分子质心的径向分布函数以及磷脂分子头基第二个珠子PO4的径向分布函数。
1、磷脂分子质心的径向分布函数的峰值为什么会这么低？此时还可以用磷脂分子质心的径向分布函数来描述膜内磷脂分子的分布吗？
2、可以用PO4分子的径向分布函数来描述磷脂分子的分布情况吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-25 01:38:58

LiJiatong 发表于 2022-4-24 11:15
老师您好，我想要了解平衡后磷脂双分子层的结构，于是分别计算了单层膜内平行于z轴方向上磷脂分子质心的 ...

直接画z方向PO4的密度曲线多直观。rdf不仅抽象，也不直接体现PO4的实际空间分布区域

LiJiatong · 发表于 Post on 2022-4-26 10:16:06

sobereva 发表于 2022-4-25 01:38
直接画z方向PO4的密度曲线多直观。rdf不仅抽象，也不直接体现PO4的实际空间分布区域

谢谢老师

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[GROMACS] 求助：关于POPC磷脂分子头基NC3分子在xy平面内取径向分布函数的问题

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