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[GROMACS] .mdp文件deform剪切盒子变形问题

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威望

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我想用.mdp文件中的deform 命令实现沿x方向的剪切,但是模拟结束后盒子变形了,盒子里面的分子没有动。有大佬知道是什么原因吗?
利用VMD查看了盒子分子的轨迹也是没有实现剪切效果。

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Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2022-4-17 11:11:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-4-17 23:37 编辑

好像较新版本的gromacs模拟输出gro文件时会根据周期性边界条件进行处理,把所有分子放进长方体盒子里(但是不会修改盒子信息)。这些分子可能已经移动了,但是因为做了处理,所以看起来还是长方体。在VMD里面用pbc wrap命令,可以把体系都放进原来的盒子里(可能会出现一些跨越盒子的键)。

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3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-17 23:14:50 | 只看该作者 Only view this author
Frozen-Penguin 发表于 2022-4-17 11:11
好像较新版本的gromacs模拟输出gro文件时会根据周期性边界条件进行处理,把所有分子放进长方体盒子里(但是 ...

多谢指点,问题已解决

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威望

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4#
发表于 Post on 6 day ago | 只看该作者 Only view this author
你好   请问你的应力是怎么选择的

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