【已自行解决】关于利用sobtop产生SiO2拓扑不成功的问题

不是兔纸不是猫 · 发表于 Post on 2022-4-17 16:24:35

本帖最后由不是兔纸不是猫于 2022-4-18 19:35 编辑

老师同学大家好，我想要根据社长sobtop手册中SiO2的范例产生SiO2表面带离子化硅羟基这么个模型，参考文献跟社长给出的一样，Chem. Mater., 26, 2647 (2014)但是没有成功，总是说有多个原子没有atom type currently,感觉自己这三个文件写的可能不大对，因为表面离子化后的Si和O电荷与未离子化的不一样，打算先产生top后再手动改，所用的pdb也是从CM那篇文献中下载，已附在下边，希望大家指点一二，根据老师的步骤运行到指认类型就不对了，所有文件已上传
1 //产生拓扑文件
5 //根据assign_AT.dat里的规则指认原子类型。之后从屏幕上的信息可见所有原子都被正确指认了原子类型

不是兔纸不是猫 · 发表于 Post on 2022-4-17 16:26:37

原文中的参数如下

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-18 02:20:38

直接把当前涉及的dat文件、输入文件都压缩后上传，把输入sobtop的所有命令全都贴出来，便于别人重复你的情况

不是兔纸不是猫 · 发表于 Post on 2022-4-18 13:57:25

sobereva 发表于 2022-4-18 02:20
直接把当前涉及的dat文件、输入文件都压缩后上传，把输入sobtop的所有命令全都贴出来，便于别人重复你的情 ...

好的老师，所有文件已上传

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-19 00:57:31

不是兔纸不是猫发表于 2022-4-18 13:57
好的老师，所有文件已上传

我看你把帖子标题写上了【已自行解决】，已经解决了？

Jus · 发表于 Post on 2024-1-24 09:36:49

本帖最后由 Jus 于 2024-1-24 10:09 编辑

两种氧元素得输出成键情况才能区分

云非侠 · 发表于 Post on 2024-9-18 20:14:46

此贴中的Si_bulk  2.329    0.093中的2.329是按照一般意义的σ参数计算出来的，在sobtop的二氧化硅例子中，sob老师说明了Chem. Mater., 26, 2647 (2014)文献里公式1的形式是错的，LJ_param.dat里定义的(r0)/2项是此文里给的σ的一半，因此正确的参数应该是：
Si_bulk       2.075  0.093 ;Si in bulk SiO2
O_bulk       1.735  0.054 ;O in bulk SiO2
O_silanol    1.735  0.122
H_silanol    0.5425  0.015
Na             1.585 0.094

mtlin · 发表于 Post on 2024-9-26 15:06:48

我遇到的情况了一样的情况，请问是如何解决的呢？

mtlin · 发表于 Post on 2024-9-26 15:07:52

mtlin 发表于 2024-9-26 15:06
我遇到的情况了一样的情况，请问是如何解决的呢？

aljj · 发表于 Post on 2025-9-29 19:18:08

请问是如何解决的呢

UPL_JUN · 发表于 Post on 2025-12-19 15:53:21

给自己做个标记：这个问题主要是得区分体相的氧（-0.55）和表面的氧（电离-0.9，未电离-0.675）[原文图3中描述得很详细]，因此在assign_AT.dat中需要通过成键信息描述出三种类型的氧原子，这个很简单。主要问题是描述Si原子的电荷，因为所有Si都成4键，没有办法很好区分电荷，可以在sobtop生成itp后尝试通过脚本区分哪些Si和电离氧相连，直接修改电荷。

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