求助：跑AIMD时小分子与表面相距越来越远如何解决？

scprosper

丁越 发表于 2022-4-25 08:52
我之前也碰到了这个问题，我是在CP2K_INPUT/FORCE_EVEL/EXTERNAL_POTENTIAL中添加球形限制势想来解决这个 ...

老师您好，我也想采用这种添加外部势的方式给盒子的上壁添加一个LJ势的排斥项，从而防止盒子里面的氢原子跑出去，输入文件该部分如下
&EXTERNAL_POTENTIAL
    ATOMS_LIST 118..225 #H
    FUNCTION   4*e*((s/(Z-25.4688))^12) #LJ势的12阶排斥项
    PARAMETERS e s
    VALUES     0.001908 2.5711
    UNITS  eV angstrom
&END EXTERNAL_POTENTIAL
程序能正常开始运行，但是跑到第13步左右就死机不动，看轨迹文件第2个离子步就有一些氢原子飞到天上去了，out文件里面有warning如下：
*** WARNING in external_potential_methods.F:124 :: ASSERTION (cond)  ***
*** failed at line    125                    Error (0.294764E-06) in ***
*** computing numerical derivatives larger then(0.100000E-11) .      ***
请问您知道这个是什么原因导致的吗？如何解决呢？

丁越

scprosper 发表于 2023-3-25 18:41
老师您好，我也想采用这种添加外部势的方式给盒子的上壁添加一个LJ势的排斥项，从而防止盒子里面的氢原子 ...

如果没有优化结构就跑动力学，那么先优化了再跑。
这种限制势能没啥特殊目的一般不要加，你可以试试降低模拟温度防止H原子跑飞（但我不清楚你模拟的啥）

ustbhh@126.com

丁越 发表于 2022-4-25 08:52
我之前也碰到了这个问题，我是在CP2K_INPUT/FORCE_EVEL/EXTERNAL_POTENTIAL中添加球形限制势想来解决这个 ...

请问xTB是什么？ 我想加一个正方体势限制原子运动，可以实现吗

丁越

ustbhh@126.com 发表于 2023-5-11 14:34
请问xTB是什么？ 我想加一个正方体势限制原子运动，可以实现吗

半经验的理论方法。
我不清楚你这样限制是要模拟啥

朱陈

丁越 发表于 2022-4-25 08:52
我之前也碰到了这个问题，我是在CP2K_INPUT/FORCE_EVEL/EXTERNAL_POTENTIAL中添加球形限制势想来解决这个 ...

丁老师，我也遇到了类似的问题，请问您哪一个方法更好呢？

丁越

朱陈 发表于 2025-12-30 17:00
丁老师，我也遇到了类似的问题，请问您哪一个方法更好呢？

把模拟的温度降低，然后升温速率一定要慢一点。

朱陈

丁越 发表于 2025-12-30 19:24
把模拟的温度降低，然后升温速率一定要慢一点。

谢谢您的回复，我是在400 K下跑MTD的，要是不加限制势的话采样空间太大了。我也试过加wall，但是有个CV是配位数，不好加。还试过设置第三个CV限制分子运动，填高斯峰的时候宽度设置0，但是跑了一段时间发现设置第三个CV的两个原子会一起运动。所以现在用您说的这个方法了，我还有个疑问是如果给分子中的一个原子限制，是不是也可以限制分子的运动呀。

丁越

朱陈 发表于 2025-12-31 09:33
谢谢您的回复，我是在400 K下跑MTD的，要是不加限制势的话采样空间太大了。我也试过加wall，但是有个CV是 ...

要是限制采样的空间大小的话就不是添加球形限制势的事儿了，当然在实际模拟中也不要用这种限制势能，会导致模拟失真。推荐用PLUMED进行MTD模拟，可以通过UPPER_WALLS或者LOWER_WALLS关键词限制CVs的范围。

朱陈

丁越 发表于 2025-12-31 09:45
要是限制采样的空间大小的话就不是添加球形限制势的事儿了，当然在实际模拟中也不要用这种限制势能，会导 ...

老师，请问这个和cp2k里wall_plus和wall_minus是一回事吗？还是plumed的更好用

丁越

朱陈 发表于 2025-12-31 10:15
老师，请问这个和cp2k里wall_plus和wall_minus是一回事吗？还是plumed的更好用

是。

CP2K定义一个MTD输入文件太繁琐了，而且CVs的支持的类型、后处理分析的模块都远没有PLUMED丰富和好用，所以我一直用的都是PLUMED。

朱陈

丁越 发表于 2025-12-31 16:09
是。

CP2K定义一个MTD输入文件太繁琐了，而且CVs的支持的类型、后处理分析的模块都远没有PLUMED丰富和 ...

好嘞，谢谢您，我也去研究一下。您觉得我之前设置第三个CV限制分子运动，填高斯峰的时候宽度设置0，是不是不合理，我是从cp2k论坛里的学的。

丁越

朱陈 发表于 2026-1-4 20:30
好嘞，谢谢您，我也去研究一下。您觉得我之前设置第三个CV限制分子运动，填高斯峰的时候宽度设置0，是不 ...

没有意义，限制CVs范围就按之前说的直接设置wall就行了。

朱陈

丁越 发表于 2026-1-4 20:46
没有意义，限制CVs范围就按之前说的直接设置wall就行了。

好嘞，谢谢您