求助：跑AIMD时小分子与表面相距越来越远如何解决？

scprosper

丁越 发表于 2022-4-25 08:52
我之前也碰到了这个问题，我是在CP2K_INPUT/FORCE_EVEL/EXTERNAL_POTENTIAL中添加球形限制势想来解决这个 ...

老师您好，我也想采用这种添加外部势的方式给盒子的上壁添加一个LJ势的排斥项，从而防止盒子里面的氢原子跑出去，输入文件该部分如下
&EXTERNAL_POTENTIAL
    ATOMS_LIST 118..225 #H
    FUNCTION   4*e*((s/(Z-25.4688))^12) #LJ势的12阶排斥项
    PARAMETERS e s
    VALUES     0.001908 2.5711
    UNITS  eV angstrom
&END EXTERNAL_POTENTIAL
程序能正常开始运行，但是跑到第13步左右就死机不动，看轨迹文件第2个离子步就有一些氢原子飞到天上去了，out文件里面有warning如下：
*** WARNING in external_potential_methods.F:124 :: ASSERTION (cond)  ***
*** failed at line    125                    Error (0.294764E-06) in ***
*** computing numerical derivatives larger then(0.100000E-11) .      ***
请问您知道这个是什么原因导致的吗？如何解决呢？

丁越

scprosper 发表于 2023-3-25 18:41
老师您好，我也想采用这种添加外部势的方式给盒子的上壁添加一个LJ势的排斥项，从而防止盒子里面的氢原子 ...

如果没有优化结构就跑动力学，那么先优化了再跑。
这种限制势能没啥特殊目的一般不要加，你可以试试降低模拟温度防止H原子跑飞（但我不清楚你模拟的啥）

ustbhh@126.com

丁越 发表于 2022-4-25 08:52
我之前也碰到了这个问题，我是在CP2K_INPUT/FORCE_EVEL/EXTERNAL_POTENTIAL中添加球形限制势想来解决这个 ...

请问xTB是什么？ 我想加一个正方体势限制原子运动，可以实现吗

丁越

ustbhh@126.com 发表于 2023-5-11 14:34
请问xTB是什么？ 我想加一个正方体势限制原子运动，可以实现吗

半经验的理论方法。
我不清楚你这样限制是要模拟啥