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[综合交流] 求助:有没有一些网站可以快速找到构建小分子的虚拟点所带电荷?

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各位老师,我对小分子的构建不太会处理,之前一直认为构建氢分子,就只需要建好两个氢原子,再连接就好了,但是在gromacs中进行弛豫它的密度就会无限增大,后来了解到了虚拟位点,才解决了这一问题。但是在找虚拟点应该赋予多少电荷,氢原子有多重的文献花了很长时间。现在想请教各位老师有没有一种网站能够快速的解决这个问题。顺便想请教一下MS中构建小分子也能用这种方法吗?又如何使用呢?

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发表于 Post on 2022-5-6 13:25:56 | 只看该作者 Only view this author
Multiwfn做拟合静电势电荷计算的时候可以加上不在原子电荷上的拟合中心,通过此做法可以确定比较合适的虚拟点的电荷值(但虚拟点的位置设在哪有任意性,可以做测试来决定最佳的),参看下文
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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