求助：gromacs蛋白配体轨迹处理失败导致RMSD计算错误。

aeroblues

各位老师好！小弟做的是蛋白质配体的模拟，模拟结束后计算配体的RMSD值。问题如下，在最终处理轨迹时用以下代码处理，以消除周期性边界条件。
gmx trjconv -f md_0_50.xtc -s md_0_50.gro -pbc atom -b 0 -e 50000 -o a.xtc
gmx trjconv -f a.xtc -s md_0_50.gro -pbc mol -b 0 -e 50000 -o am.xtc
gmx trjconv -f am.xtc -s md_0_50.gro -pbc nojump -b 0 -e 50000 -o amn.xtc
但是处理完以后，我用VMD查看轨迹，发现依然有问题，图片如下。
如果用这个轨迹计算RMSD值，波动就十分大。
小弟了解到上述代码中-s 后面是一个参考结构，所以我就把 -s 改为了npt.gro，这样就不会出现下面的情况了。但是这样的话是不是不对？因为附件太大，所以我这里上传VMD下的md_0_50.gro。和npt.gro。分别为图2图3

Frozen-Penguin

处理周期性边界条件用的参考构象应该不应该有周期性边界条件的问题，所以应该选模拟开始的结构作为参考，而不是模拟结束的结构

aeroblues

Frozen-Penguin 发表于 2022-5-6 11:35
处理周期性边界条件用的参考构象应该不应该有周期性边界条件的问题，所以应该选模拟开始的结构作为参考，而 ...

老师好，我了解到最后生成的那个md_0_50.gro文件代表MD最后一帧构象。在这个最后构象中小分子依然在配体周围，但是，如果我用-s npt.gro作为参考处理轨迹，生成轨迹后，我发现最后一帧和上述md_0_50.gro并不符合。小分子配体以及离开了蛋白质。

Frozen-Penguin

aeroblues 发表于 2022-5-6 11:47
老师好，我了解到最后生成的那个md_0_50.gro文件代表MD最后一帧构象。在这个最后构象中小分子依然在配体 ...

只用trjconv -pbc nojump应该就行了，处理周期性边界条件只需要一步。-pbc atom会把所有原子放入盒子中，这会导致跨越盒子边界的原子被放到盒子另一边，计算rmsd的时候不应该用这个，-pbc mol会保证每一个分子都是完整的，不会跳到盒子另一边，但是有多个分子时不能保证都在同一个盒子里，所以可能出现配体分离，-pbc nojump会消除在盒子边界跳动的情况。

aeroblues

Frozen-Penguin 发表于 2022-5-6 15:11
只用trjconv -pbc nojump应该就行了，处理周期性边界条件只需要一步。-pbc atom会把所有原子放入盒子中， ...

谢谢老师