求助cp2k-9.1算含锕系元素体系的BOMD

zhaoxiaoni · 发表于 Post on 2022-5-14 17:57:30

cp2k-9.1版增加的锕系元素的基组和贋势基组与其他元素不在一个文件中，在跑Ac2B7-的BOMD时，出现错误，提示路径不存在或打不开基组文件，把Ac和B的基组和贋势基组文件名都写上也报错，使用Multiwfn程序生成的输入文件去修改也报错。附件是我所用的输入文件和脚本，麻烦各位大佬帮忙看看，感谢！

cp2k.inp (4.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 43)

submit-cp2k.sh (596 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4)

haisenburg · 发表于 Post on 2022-5-16 23:13:22

本帖最后由 haisenburg 于 2022-5-16 23:17 编辑

你基组和赝势文件设置不对：
你这样设置：
BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT
POTENTIAL_FILE_NAME POTENTIAL
cp2k就在你安装的cp2k目录的 data文件夹下读取常规的基组和赝势，这里面不含阿系
正确设置如下：
将你 cp2k 安装目录的data文件夹下的AcPP1_POTENTIALS （啊系赝势）和 BASIS_MOLOPT_AcPP1（啊系基组）连通常规的 BASIS_MOLOPT（B需要的基组）和GTH_POTENTIALS（B需要的赝势）四个文件copy至你的计算文件夹下，然后使用cat命令将两个基组文件合并：cat BASIS_MOLOPT_AcPP1 BASIS_MOLOPT > ./newbasis 在于cat合并两个赝势文件：cat AcPP1_POTENTIALS GTH_POTENTIALS > ./newpotentials 这样新产生的基组和赝势文件中才同时包含你需要的 B和Ac的基组和赝势；

你在inp文件中
BASIS_SET_FILE_NAME ./newbasis
POTENTIAL_FILE_NAME ./newpotentials

同时你的这个设置中：
&KIND Ac
BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
POTENTIAL GTH-PBE
&END KIND

中的
BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
POTENTIAL GTH-PBE
改为：
BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH-q11
POTENTIAL GTH-PBE-q11

如果你的Ac 价态是+3以上，你应该用medium-core模型
即上述改为：
BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH-q21
POTENTIAL GTH-PBE-q21

biogon · 发表于 Post on 2022-5-17 10:35:33

haisenburg 发表于 2022-5-16 23:13
你基组和赝势文件设置不对：
你这样设置：
BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT

pob-tzvp-rev2算重元素要用的赝势去哪里能找到

haisenburg · 发表于 Post on 2022-5-17 12:26:37

biogon 发表于 2022-5-17 10:35
pob-tzvp-rev2算重元素要用的赝势去哪里能找到

tzvp的很多元素没有， dzvp的现在 9.1版补全了阿系

biogon · 发表于 Post on 2022-5-17 13:07:32

haisenburg 发表于 2022-5-17 12:26
tzvp的很多元素没有， dzvp的现在 9.1版补全了阿系

pob的赝势在data里面的哪个文件里？

haisenburg · 发表于 Post on 2022-5-17 19:13:07

biogon 发表于 2022-5-17 13:07
pob的赝势在data里面的哪个文件里？

里面有很多文件，你用less 打开看看，找找看吧

zhaoxiaoni · 发表于 Post on 2022-5-20 21:12:21

haisenburg 发表于 2022-5-16 23:13
你基组和赝势文件设置不对：
你这样设置：
BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT

回答得很细致，非常感谢，根据您的方法和建议现在可以正常运行了

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