关于用MMPBSA方法和gmx energy中计算得到的静电相互作用能的问题

曦曦弗斯 · 发表于 Post on 2022-5-18 10:15:48

本帖最后由曦曦弗斯于 2022-5-18 10:19 编辑

想请教各位老师，我使用g_mmpbsa脚本计算配体-受体结合能，所计算得到的静电相互作用能，差不多是我在GROMACS中通过设置energygrps能量组后用gmx energy命令提取的配体-受体的短程库仑相互作用能（Coul-SR）的1/2左右。但是g_mmpbsa算的的范德华相互作用能和gmx 提取的短程LJ能量(LJ-SR)基本上是一样的，请问这是什么原因呢？

k64_cc · 发表于 Post on 2022-5-18 10:43:34

重算的时候出现SR就很离谱，重算不应该开PME，应该用cutoff

曦曦弗斯 · 发表于 Post on 2022-5-18 11:07:21

k64_cc 发表于 2022-5-18 10:43
重算的时候出现SR就很离谱，重算不应该开PME，应该用cutoff

我rerun的时候的确是用的cut off，还加大了截断半径，这样的结果和g_mmpbsa算的静电项的二倍关系更准确了

曦曦弗斯 · 发表于 Post on 2022-5-18 11:28:33

问题找到了，是在MM PBSA中的溶质介电常数使用了默认的2，不好意思占用了论坛的资源

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