已解决：请问Gromacs的模拟速度怎么看？

wyfgg · 发表于 Post on 2022-5-21 18:30:57

本帖最后由 wyfgg 于 2022-5-24 11:38 编辑

我今天跑了一个九万原子的体系，时长是1ns，这里显示的104.982（ns/day）是我这台机器的运行速度吗？我怎么感觉跑了不止一个小时

妙角不脆 · 发表于 Post on 2022-5-21 19:21:10

是这台机器跑这个任务的速度。按照显示应该是0.23*60=13.8分钟能跑完。

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2022-5-21 21:42:44

九万原子的体系不大不小，不过一天也能跑一百多纳秒，想知道楼主机器什么配置？

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-22 01:48:55

Wall t明确显示了任务花了823 s跑完
8成是你的感觉有问题

HZW · 发表于 Post on 2022-5-22 11:50:21

社会主义小战士发表于 2022-5-21 21:42
九万原子的体系不大不小，不过一天也能跑一百多纳秒，想知道楼主机器什么配置？

同问楼主配置，还想问下您用的gmx版本以及溶质原子数。

wyfgg · 发表于 Post on 2022-5-23 15:21:22

社会主义小战士发表于 2022-5-21 21:42
九万原子的体系不大不小，不过一天也能跑一百多纳秒，想知道楼主机器什么配置？

i7-10875H+RTX2060

wyfgg · 发表于 Post on 2022-5-23 15:24:02

HZW 发表于 2022-5-22 11:50
同问楼主配置，还想问下您用的gmx版本以及溶质原子数。

用笔记本跑的，i7-10875H+RTX2060
gmx用的是Sob老师的GPU编译版本（2020.6 CUDA GPU加速版，AVX2指令集（88 MB）http://sobereva.com/458），溶质是AKT蛋白，大约6000个原子左右

HZW · 发表于 Post on 2022-5-23 18:38:17

wyfgg 发表于 2022-5-23 15:24
用笔记本跑的，i7-10875H+RTX2060
gmx用的是Sob老师的GPU编译版本（2020.6 CUDA GPU加速版，AVX2指令集 ...

笔记本跑MD，可以的

，CPU用的6核吗？

wyfgg · 发表于 Post on 2022-5-24 10:57:59

HZW 发表于 2022-5-23 18:38
笔记本跑MD，可以的，CPU用的6核吗？

我不记得设定过

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[GROMACS] 已解决：请问Gromacs的模拟速度怎么看？