求助: slrum集群用sbatch提交速度慢一倍

djjj148

自建的slurm集群，偶然发现用sbatch后台提交cp2k计算，耗时相比于直接sh提交脚本多了整整一倍，不知哪里出了问题，向大家求助。具体情况如下：为了控制变量，所有的情况都是用一个脚本cp2k.sh提交任务的：

1. #!/bin/sh
   
2. #SBATCH -J cp2k_m
   
3. #SBATCH -n 20
   
4. #SBATCH -p c20
   
5. #SBATCH --nodes=1
   
6. 
   
7. let TotalCore=20
   
8. 
   
9. export EXE="singularity exec /opt/cp2k91_avx2.sif"
   
10. 
    
11. source /opt/intel2018/parallel_studio_xe_2018/psxevars.sh
    
12. 
    
13. time mpirun -np ${TotalCore} ${EXE} cp2k.popt cp2k.inp 1>cp2k.out 2>cp2k.err

复制代码

情况1：sbatch cp2k.sh
情况2：nohup sh cp2k.sh &
情况3：先salloc -n 20，通过slurm得到对应节点资源，再ssh到对应节点，最后nohup sh cp2k.sh &
发现情况2和3的运行速度都是1的两倍，但是top查看到的cpu负载都是一样的。

abin

显然是有搞错的地方了…
和脚本有啥关系…

独孤天血

你只使用20个线程跑么？？ 情况1使用了多少个

djjj148

三种情况都是一个脚本运行的，用的核数自然都一样。


问题已解决，是slurm的配置出了问题

dongdong

您好，我尝试用第三种方式在集群中后台提交任务，我发现scancel取消Job ID后，CP2K还在跑，所以在此向您请教，您是如何停止运行任务的。

921927965

djjj148 发表于 2022-6-9 20:52
三种情况都是一个脚本运行的，用的核数自然都一样。

您好，我最近也在自建的slurm集群上遇到了同样的问题，请问一下具体修改哪些配置可以解决这个问题呢？