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[综合交流] 分子动力学模拟中系综体系怎么选择

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我现在在对一个小肽进行500ns的分子动力学模拟,过程中准备利用隐式水模型,那这样我应该选择NVT还是NPT系综,我是用的DS跑的分子模拟。

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发表于 Post on 2022-6-2 01:50:37 | 只看该作者 Only view this author
强烈不建议用D$
在像样的GPU上,GROMACS全原子+显式溶剂模型跑这种体系跑这个尺度都完全不费劲(用NPT跑),也就两天左右的事。而且用隐式溶剂模型跑的动力学行为很容易遭质疑,没有任何理由这么跑。
GROMACS又免费又高效又灵活用户群又极大(参看http://sobereva.com/599里的分子动力学程序用户规模的统计),参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)可以迅速上手GROMACS开始这种问题的模拟。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-2 09:35:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-2 01:50
强烈不建议用D$
在像样的GPU上,GROMACS全原子+显式溶剂模型跑这种体系跑这个尺度都完全不费劲(用NPT跑) ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-6-2 16:46:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-2 01:50
强烈不建议用D$
在像样的GPU上,GROMACS全原子+显式溶剂模型跑这种体系跑这个尺度都完全不费劲(用NPT跑) ...

就系综而言,如果能保证水密度正确,用NVT也行吧?如果要考察动态过程,似乎一般认为NVT比NPT更好,因为NPT对运动轨迹扰动更大?

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发表于 Post on 2022-6-3 03:33:00 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2022-6-2 16:46
就系综而言,如果能保证水密度正确,用NVT也行吧?如果要考察动态过程,似乎一般认为NVT比NPT更好,因为N ...



“要考察动态过程,似乎一般认为NVT比NPT更好”这个没法成立,得看具体问题,绝大多数情况刻意换NVT没必要
而且凝聚相体系达到平衡后,盒子尺寸波动通常极小,是否刻意改用NVT对结果影响可以忽略不计
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发表于 Post on 2023-6-12 14:56:52 | 只看该作者 Only view this author
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