计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 10340|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[波函数分析求助] 常见原子电荷方法的结果有冲突,该信谁?

[复制链接 Copy URL]

729

帖子

21

威望

5233

eV
积分
6382

Level 6 (一方通行)

以下笼状分子C2B10H12,想定性分析B上的H原子带正电还是负电,正、负号算对即可。理论级别:B3LYP/cc-pVDZ,并且已证明结果对基组依赖性不大。
直角坐标:

  1.   B        0.00000000   -0.88932600    1.46044600
  2.   B        0.00000000    0.88932600    1.46044600
  3.   B        1.44851900    0.00000000    0.91189000
  4.   B       -1.44851900    0.00000000    0.91189000
  5.   B        0.89059100   -1.43720700    0.02499900
  6.   B        0.89059100    1.43720700    0.02499900
  7.   B       -0.89059100    1.43720700    0.02499900
  8.   B       -0.89059100   -1.43720700    0.02499900
  9.   B        1.45637000    0.00000000   -0.85205100
  10.   B       -1.45637000    0.00000000   -0.85205100
  11.   C        0.00000000   -0.80817200   -1.27268400
  12.   C        0.00000000    0.80817200   -1.27268400
  13.   H        0.00000000   -1.53589500    2.45716700
  14.   H        0.00000000    1.53589500    2.45716700
  15.   H        2.47836800    0.00000000    1.50344700
  16.   H       -2.47836800    0.00000000    1.50344700
  17.   H        1.47781800   -2.45292600   -0.14366600
  18.   H        1.47781800    2.45292600   -0.14366600
  19.   H       -1.47781800    2.45292600   -0.14366600
  20.   H       -1.47781800   -2.45292600   -0.14366600
  21.   H        2.33407100    0.00000000   -1.64522300
  22.   H       -2.33407100    0.00000000   -1.64522300
  23.   H        0.00000000   -1.28660900   -2.24337200
  24.   H        0.00000000    1.28660900   -2.24337200
复制代码


结果:
NPA电荷,10个H都带正电;
Hirshfeld电荷,10个H都带负电,但是Sob老师推荐的包含校正的ADCH电荷,都带正电;
然而,各种基于ESP的电荷(MK,HLY,CHELPG,RESP),10个H都带负电;

如今,有长期做分子力学的人声称唯有RESP结果可靠,而我们做量化的人常用的NPA电荷错了(ADCH也躺枪)。但我个人怀疑各种ESP方法(尤其是做分子力学的人最喜欢用的RESP)并不是普适的方法。如何解释?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2016-4-11 12:46:55 | 只看该作者 Only view this author
声称唯有RESP可靠,是明显错误的观点。不同原子电荷特点不同,要论适用性。只能说RESP对于分子动力学来说一般是比较可靠的。
拟合静电势方法虽然原理上普适,但是由于拟合格点分布原因,对于靠外侧的可靠性高一些,靠内侧低一些。
当前问题还是得看看不同原子电荷的具体数值,综合分析一下,Mulliken电荷虽然不推荐使用但最好也参考一下。如果各种方法算出来的数值都较小,那么方法的一点差异就会导致符号正负变化,倒也能理解。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

729

帖子

21

威望

5233

eV
积分
6382

Level 6 (一方通行)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-11 13:44:16 | 只看该作者 Only view this author
谢谢!结果如下:



第一列是与给定序号B相连接的H原子
MK:结果有问题,原子电荷不满足对称性
RESP:分别使用了UFF和MK两种不同的半径


因为电荷太小,受否说明各种方法不足以判断H电荷的正负?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2016-4-11 18:22:44 | 只看该作者 Only view this author
beefly 发表于 2016-4-11 13:44
谢谢!结果如下:


是的,数值太小,本身就有不确定性,不用太纠结
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

296

帖子

1

威望

2588

eV
积分
2904

科音成员

5#
发表于 Post on 2016-4-11 20:15:03 | 只看该作者 Only view this author
画个差分电荷看看? 看看人的直觉如何。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +2 收起 理由
Reason
卡开发发 + 2 我很赞同

查看全部评分 View all ratings

华北电力大学数理学院,理论与计算化学,团簇、表面的结构与反应机理。(招第一性原理计算,量子化学计算方向的教师、硕士/博士研究生)

346

帖子

2

威望

4645

eV
积分
5031

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2016-4-13 08:12:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-11 18:22
是的,数值太小,本身就有不确定性,不用太纠结

感觉这是微观与宏观的矛盾

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-13 05:20 , Processed in 0.202617 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list