可否对过渡态结构进行构象搜索？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-4-11 23:46:17

计算中对较为复杂的分子做构象搜索（或动力学退火，etc）经常十分必要，自己画的初猜最后常被验证并非全局最优。但不知如何对过渡态结构做构象搜索，有无成熟的方法？例如可否锁定反应中发生改变的化学键键长，对其他部分进行一般的构象搜索？

sobereva · 发表于 Post on 2016-4-12 12:19:22

一般的构象搜索中原子间拓扑关系是确定的，做全面搜索好办，过渡态的话拓扑关系不确切，不好全面搜索。
不过GRRM方法自动搜索应该可以一定程序上实现你的目的。另外一种做法就是做常规构象搜索，但是过渡态发生反应的那几个原子的结构保持冻结不在构象搜索中改变（自己给定初猜结构后视为刚性），这个基于molclus也是可以实现的。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-4-12 14:16:40

sobereva 发表于 2016-4-12 12:19
一般的构象搜索中原子间拓扑关系是确定的，做全面搜索好办，过渡态的话拓扑关系不确切，不好全面搜索。
不 ...

我明白了，十分感谢~~

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