公社群聊Q&A整理：2016.04.07 21 ~ 2016.04.12 00

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-4-13 00:11:13

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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2016.04.07 21:37:21
Q:
我按照这个设置了。[表情]
老师好。对于混合溶液加溶剂化，上午的还有点问题。对于1：1的CH3CN:H2O，参考文献[图片],设置EPS=1.79。关键词是scrf(CPCM,solvent=generic,read)。还是出错了，请问你知道哪里有问题吗，查了好久也没检查出来。[表情]
[图片]
没有Epsinf啊
我只做基态计算
A:
瞎设一个就完了
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2016.04.07 22:18:40
Q:
计算荧光光谱，高斯l801报错，查了文献，网上也看了帖子，还是解决不了，请指点，谢谢!
A:
上传输出文件，否则没法判断
Q:
[图片]这样可以吗？
A:
用默认就完了
起码把关键词列出来
Q:
[图片]
A:
用#P B3LYP/6-31G* opt
#P B3LYP/6-31G* opt td
Q:
能给解释一下吗？
A:
去掉一切垃圾关键词
6-31G没法用
Q:
以前没加这些垃圾关键词，但是各种报错，不得已才一个一个加上去的
A:
起码先把6-31G换了再说
加什么其它的都是后话
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2016.04.07 22:20:40
Q:
! Stuttgart RSC 1997 ECP EMSL Basis Set Exchange Library 4/7/16 7:14 AM
! ELEMENTS REFERENCES
! --------- ----------
!
basis={
!
}
! Effective core Potentials
! -------------------------
ECP, ca, 10, 4 ;
1; ! g-ul potential
2,1.000000000,0.000000000;
2; ! s-ul potential
2,11.231672000,138.785174000;
2,4.671960000,16.504244000;
2; ! p-ul potential
2,11.156907000,83.123664000;
2,4.810141000,13.502272000;
2; ! d-ul potential
2,13.754728000,-16.201965000;
2,4.762470000,-1.132390000;
1; ! f-ul potential
2,12.765846000,-26.728178000;
有人用过这么赝势吗
为什么旋轨可以运行但是不分裂呢@Sobereva
有介绍Stuttgart相对论赝势的文章吗？具体有哪些赝势，能给出名字吗？@Sobereva
A:
赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
http://sobereva.com/188
Q:
谢谢
请问molpro中具体有哪些stuttgart势呢@Sobereva
A:
什么叫哪些？
stuttgart势只不过区分大核小核，以什么方式考虑相对论而已
想用哪种直接去网站上拷定义就完了
Q:
[图片]
请问这四个是的吗？@Sobereva
我不知道什么名字的才是Stuttgart赝势@Sobereva
A:
RLC=大核
RSC=小核
有的是赝势部分，有的是赝势基组+赝势部分，打开一看就知道了
Q:
可是为什么用来算旋轨能级不劈裂呢@Sobereva
A:
什么叫做用来算旋轨？
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2016.04.07 22:26:28
Q:
请问unbiased MD 怎么理解？
A:
没加偏移势之类的，直接的MD
Q:
哦哦，是不是很多跑MD，MC的，为了采样到特定结构，“夸大”一些项。这就叫比biased的吧
A:
差不多吧。
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2016.04.07 22:30:02
Q:
老师我想问一下在有机化合物种有自由基选的是default spin 还是unrestricte?
A:
什么程序？
Q:
高斯
A:
用默认就完了
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2016.04.07 22:30:02
Q:
老师，如果做这个[图片]化合物的结构优化，看他的HOMO和lomo分子轨道分布和基态激发太的能量大小，是个自由基，这个是个开壳层体系吗？
A:
有可能是开壳层体系，用对称破缺方式算算看看能否得到对称破缺态，见
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
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2016.04.07 23:02:19
Q:
计算荧光，用什么指令
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.04.08 11:33:20
Q:
做Gamess遇到这种情况，该如何解决，请大神帮忙[图片]
[图片]请问该怎么解决
A:
冻核设置问题，有你具体关键词才能说
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2016.04.08 11:33:20
Q:
请问sob老师，计算具有双自由基性质的化合物激发态（TD-DFT）时，是否也需要用 guess=mix。结构优化已经做好，从轨道分布来看确实有双自由基性质。
求大家答疑解惑：
计算具有双自由基性质的化合物激发态（TD-DFT）时，是否也需要用 guess=mix？
因为我优化结构的时候用guess=mix，所以想知道算TD的时候是否还要用，还是说结构优化好之后就用不着了？
A:
需要
----------------------------------------------------
2016.04.08 11:33:20
Q:
请教各位：对于没有过渡态的键均裂反应，如何计算反应速率？我想结合高斯输出结果计算，有什么公式？或者能在windows下使用的软件？谢谢各位！
老师好，我算的这个反应，就是键均裂反应，文献普遍认为没有过渡态啊，很困惑啊
A:
对于有自由能垒的情况，可以用变分过渡态理论。kllipenstein算没势垒的体系也发了一大堆文章可以参考
----------------------------------------------------
2016.04.08 11:33:20
Q:
老师，对照手册例子绘制的态密度，我的看起来跟你有点不相同，等值线没什么问题
我的那个额看起来好像是多了一大块，态密度在那块看起来有很大的减弱
A:
应该是角度或者等值面数值设的不一样
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2016.04.08 11:33:20
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
看你算什么体系，色散作用对结构影响越大的体系弥散函数对结构影响也越大。如果不是色散主导，通常影响不大
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2016.04.08 11:33:20
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
不错的期刊
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2016.04.08 11:35:01
Q:
老师可以把你编译PSI4时ifort、icc、MKL的环境变量给我看一下吗？我是根据您在公社留言的方法做的，实在是没办法继续下去了这是我的报错，麻烦帮忙看一下[图片]
A:
peace [图片]仅此而已，没有其它设置
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2016.04.08 11:35:14
A:
只要你用的计算级别合理，这就合理，自己连上就行
Q:
谢谢Sob老师！计算级别，b3lyp/6-31g(d)优化的
A:
此级别合理
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2016.04.08 11:37:03
Q:
各位老师，请问高斯计算出现l801错误怎么改？
[图片]
过度混合的冷冻核和共价轨道，那我应该怎么改？
谢谢各位，问题已经解决了
A:
后HF关键词里写上full不用默认的冻核
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2016.04.08 11:38:54
Q:
相位的意思，就是正负相反吗
A:
看看结构化学书
Q:
[图片][图片]
sob老师，对于正负相位问题，还是不懂
既然已经转换成实数波函数，复数没有了，那相因子也没有了
怎么还有正负相位
还是正负相位是组成的基函数的叠加时的正负啊
A:
实数也分正负啊
你看p原子轨道，明显一半正一半负
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2016.04.08 11:44:59
Q:
linux下用free查看内存，显示total为16319924，free大概15G吧。计算一个分子时显示 Two-electron integral symmetry is turned on.
655 basis functions, 1232 primitive gaussians, 655 cartesian basis functions
136 alpha electrons 136 beta electrons。最后计算不能完成显示 Out-of-memory error in routine After all major allocation (IEnd= 9423043 MxCore= 6076027)
Use %mem=36MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step. 我感觉内存够的呀。最后一句36MW是说需要多大内存呢？
A:
你得输入文件里直接写%mem定义最大用多少
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2016.04.08 11:51:36
Q:
话说%chk 后面不能写相对路径？
怎么试都是出错
A:
可以相对路径
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2016.04.08 12:52:00
Q:
请问有没有哪里可以查到DFT-D3的频率校正因子啊？
A:
没有
Q:
这。。。那么比如我可以用B3LYP/6-31G(d)的freq factor来近似B3LYP/6-31G(d) GD3BJ的么？话说D3可不可以配合double zeta的基组？
A:
可以
不过能上到6-311G*的话还是努力上上去为宜
Q:
那么如果用B3LYP-D3/6-311G(d,p)做优化和算能量与M06-2X/def2-TZVP相比哪个靠谱一些呢？或者二者差不多？因为我之前试图直接用M06-2X/def2-TZVP优化结果好像M06很难正常结束，就换了B3LYP/6-31G(d)来优化
A:
通常情况，明显M06-2X/def2-TZVP更准
Q:
那么如果我用M06-2X/def2-TZVP//B3LYP-D3/6-311G(d,p)可以么？会不会显得有点奇怪？
A:
凑合，但泛函最好统一
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2016.04.08 14:50:46
Q:
各位老师，请教一个问题，什么是虚轨道，我在看sob老师的帖子，“谈谈轨道成分的计算方法”比如下面给出的截图里，mulkiken方法计算的水分子中O原子2p轨道对所有轨道的贡献中，是指6-19是虚轨道么？
A:
虚轨道=非占据轨道
是
Q:
恩，谢谢sob老师
接着上一个问题，1.片段一是O的2p轨道，为什么片段2选择的是两个H原子，为什么不是对应选H原子的s轨道？（我的意思是两个片段选择是不是对等）是因为氢原子只有s轨道，选原子和选壳层一样么？
2.两个片段的交叉项，轨道1和5两个片段的贡献都为0，是因为被这两个片段独自占据么？
[图片]
A:
对H若添加了极化函数，也得把它的极化函数考虑进去，所以不能只选s
说明这两个轨道中这两个片段间没有相互作用
----------------------------------------------------
2016.04.08 16:16:43
Q:
亲们，GV怎么看分子偶极矩啊
我想看到箭头方向能实现么
A:
results-charge distribution
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2016.04.08 16:19:47
Q:
oniom(b3lyp/6-31+g(d):hf/GenECP)
这样子的命令行输入是对的吗
[图片]
后面的基组输入
解答一下
A:
这样用ONIOM毫无意义，既节省不了时间还大大降低了精度
Q:
老师你的意思是？
A:
直接DFT结合混合基组就完事了
Q:
参照文献的方法算的
老师那直接DFT结合混合基组输入文件应该是怎样的
[图片] 基组输入是错误的
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.04.08 16:29:21
Q:
请问我想找一个分子的Quadrupole，在log里面我搜这个关键词时，我发现有两行，第一行是Quadrupole moment，第二行是Traceless Quadrupole moment，是不是直接看第一行就可以了？谢谢。
A:
那是四极矩的两种形式，取决于你
Q:
可以给解释一下分别是什么吗？或者是给我一些资料我自己看也可以。谢谢
A:
高斯输出的Quadrupole moment就是笛卡尔形式四极矩张量的半个矩阵，此矩阵是对称的。比如XY矩阵元，就是-∫x*y*rho(r)dr+∑X_i*Y_i*Z_i其中i是原子核序号。Traceless Quadrupole moment是对Quadrupole moment变换而来的，也就是非对角元不变，而对角元XX变为(3*XX-RR)/3,YY变为(3*YY-RR)/3,ZZ变为(3*ZZ-RR)/3，其中RR=XX+YY+ZZ。实际上，这并不是一般形式的Traceless Quadrupole moment，转换到一般定义需要乘以3/2
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2016.04.08 16:41:40
Q:
不是内坐标
是符号笛卡尔
啊背景电荷不能删啊我需要这个环境啊
[图片]1101.exe 是什么错误？
A:
用了背景电荷就甭用z-matrix来优化
Q:
[图片]
sob老师红色圈起来里的话难道我理解错了？
A:
去了再试
Q:
这样也出错，sob老师，也是1101.exe的错误：[图片]
A:
输出文件传上来
x1=上头空一行
Q:
好的
[图片]
一样的错误
[图片]空了一行
A:
输入文件传上来
Q:
谢谢sob老师~
A:
d[图片]
原子后头补上0就行了
Q:
这个是必须的吗不固定说明
在符号笛卡尔的分子说明下必须有这一项是吗？
A:
y
0明确说明用的是笛卡尔坐标
Q:
另
[图片]红圈里的讲解不是很明白啊我用charge关键词时，必须用opt=z-matrix 是吗
A:
just try
Q:
gaussview里有自动生成符号笛卡尔坐标输入文件的功能吗？我只知道可以生成内坐标格式的输入文件，
A:
没有
Q:
好吧我手动改input文件
这是生成笛卡尔坐标
A:
自己写个小程序就完了，顶多30行
Q:
好的 ~
sob老师还有个疑惑：在我的input文件里有背景电荷部分那么我在用内坐标定义分子说明时，则分子其实发生了空间的平移与旋转，那么如何让我的点电荷也发生相同的平移与旋转呢？即保持分子和点电荷的相对空间位置不改变。
A:
笛卡尔坐标+nosymm
Q:
这个命令不是让高斯不进行坐标转换吗？
A:
还不灵就opt也用cartesian
Q:
好的那么内坐标+点电荷是不匹配的是吧？因为分子的空间坐标有位移，而点电荷没进行位移，是吧？
我的意思是，在有charge时，是不是不能用内坐标定义分子说明？
A:
输入文件里用内坐标显然不行，否则相对朝向根本没法确定
Q:
sob 老师昨天后来优化时，有charge关键词时，优化就不收敛了
A:
用常规解决不收敛的办法试图解决，死活解决不了那就甭用背景电荷了
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2016.04.08 17:06:35
Q:
[图片]，老师您博客里图片是这样的，我打开origin之后，[图片]是这样的，没有label这个按钮，做出的图是[图片]，您例子里的图是[图片]，这样的话，是origin版本的问题吗？
A:
[图片]
改这个
Q:
[图片]
老师，是正方形，没有长方形
A:
[图片]
Q:
哦哦，好的，谢谢老师
能量数字应该怎么写上去？没有label按钮
A:
那就是版本问题了
我的是9.0
Q:
哦哦，我的是origin8，好吧
A:
这是前提
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2016.04.08 17:13:36
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
多试
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2016.04.08 17:14:43
Q:
sob老师，我采用grimme的DFTD3程序单独计算色散作用，出现下面的问题：
[图片]
请问我应该怎么解决呢
A:
你运行时得带着命令行参数
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.08 17:26:19
Q:
Sobereva老师您好，请问V3程序中raw2pvm应该怎么转换呢？
A:
[图片]
Q:
我试了一下pvm2raw可以实现，但raw2pvm没有成功
A:
[图片]
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2016.04.08 17:38:49
Q:
老师，三元体系，离子液体_芳香烃_脂肪烃要是想研究离子液体在溶剂里的相互作用，要怎么设置呢，溶剂应该就是芳香烃和脂肪烃的混合物吧，比如庚烷和甲苯
A:
这种问题一般都是做MD研究
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2016.04.08 21:06:12
Q:
请问INDO/SCI Excited State Calculations是用什么软件做的，Gaussian吗
A:
MOPAC做
高斯里半经验算激发态只支持ZINDO
Q:
好的，非常感谢sob老师
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2016.04.08 21:08:13
Q:
谁有win版的 NBO 6 能不能发给我一个谢谢
谁有win版的 NBO 6 能不能发给我一个谢谢
为什么我从sob老师那边下的NBO 6.0 在双击 run.bat 文件后，会弹出对话框写着“丢失lifcoremd.dll” 这样的错误呢？
A:
　ミン http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1523
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2016.04.08 21:08:26
Q:
老师们你们自学看群论是怎么学的。对想象力感觉挺难得！
A:
看科顿的群论书
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2016.04.08 21:09:50
Q:
请问老师，对于UHF的体系，做CAS时，一定要用UNO来计算吗？
A:
没有什么所谓的UHF体系
双自由基的话，看这里的例子
CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计算
http://sobereva.com/264
MO也可以
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2016.04.08 21:09:50
Q:
请问老师，有没有新版SWizard(激发光谱图形化软件），我找到的是老版用不了，麻烦老师了
A:
Swizard的全部功能在Multiwfn里都能实现，而且比它好用得多，见
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2016.04.08 21:15:12
Q:
哪位老师有科顿的英文版的pdf，能给我发一份不？
记得那本《群论在化学中的应用》是 Sob 老师的完美扫描版，扉页还有 Sob 老师的照片 [表情]
A:
群专用邮箱就有那本书
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2016.04.08 21:19:02
Q:
[图片]老师，这个含附件是什么意思
A:
pdf附件里面有补充材料
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2016.04.08 21:19:48
Q:
请问sob老师低水平全部是真实的整个体系的意思吗
如果是计算一个不带电的体系 oniom分两层，计算高水平局部的最低三重激发态是要写 0 3 0 3 0 1？
A:
全部就是real，是指整个体系
局部自旋多重度用3。整体用多少根据实际情况来定
Q:
real体系是high level、low level两层局部的总和吧，high level 局部最低三重激发态 charge/spin: 0 3; low level 局部基态 charge/spin: 0 1; 此时整体体系 real charge/spin：0 3. 那么是不是 0 3 03 0 1？
高水平局部+低水平局部=real 整体？
A:
局部(model)是整体(real)的子集，说的是分子，跟水平高低无关
----------------------------------------------------
2016.04.08 21:20:23
Q:
群主，我用Multiwfn画单个原子的电子密度有问题
我得到从原子中心到12Bohr之间的一条线上的electron density和electron spin density,但是很多元素都有问题。积分出来往往不是总电子数，O的积分出来电子数是10.同样的fch文件，我用Gaussian自带的Dengen做FDensity模式的电子密度，积分出来完全没问题
A:
一条直线积分出来显然不是总电子数，必须三维空间积分才是
Q:
原子是对称的，只需要对一条半径上的rhol做如下积分：4pi*rhol*r^2dr
A:
怎么会对不上。如果你用的是主功能200里的选项5做的，这是结果，积分曲线十分正确。（波函数文件是examples\O .wfn）
[图片]
基态氧原子的电子密度分布不是对称的
你提到的Be Ne Ar Kr都是密度球对称的
Q:
老师，请问既然O不是中心对称的，那它是不是轴对称的呢？
A:
是
Q:
是因为原子核的自旋吗？
A:
3个p中，一个p双占据，2个p单占据，显然不是球对称的
----------------------------------------------------
2016.04.08 21:42:01
Q:
老师，对于noncalent interactions 有一篇2013年的文献使用的是M052X的方法，是不是那个时候M062X还没有问世？还是M052X真的比M062X好？@@Sobereva
A:
M062X更好是共识，文章作者读书少
08年就出来了
----------------------------------------------------
2016.04.08 21:43:18
Q:
请问跃迁密度到底是啥意义？[图片]这个有点太抽象，理解不了呢
比如说基态和S1的跃迁密度，就相当于基态波函数与S态波函数的重叠程度？
A:
相当于体现两个点之间在跃迁中的耦合
你那么说太含糊。
多电子波函数本身就没法确切说重叠程度
跃迁密度矩阵的讨论可参考此文
绘制跃迁密度矩阵平面图分析电子跃迁
http://sobereva.com/136
----------------------------------------------------
2016.04.08 21:47:45
Q:
sob老师，现在算电子相关能，最有效的是那种方法？
A:
DFT
----------------------------------------------------
2016.04.08 21:54:00
Q:
#p opt oniom(b3lyp/6-31g(d):amber=softfirst) nosymm geom=connectivity
output=wfn
======================
关键如上，请问老师，如何放松QM区的收敛标准？
A:
opt=loose
----------------------------------------------------
2016.04.08 22:42:09
Q:
[图片]
报错了
洋葱优化的时候，是不是不需要电子嵌入？
A:
原理上还是用了好，包括优化
Q:
嗯，谢谢老师。
又报错了
纯amber优化报错
[图片]
这个时候，我是不是应该手动调整一下1108 1原子之间的距离？
A:
看看当前步的结构
----------------------------------------------------
2016.04.08 22:55:38
Q:
请问老师Multiwfn输出电子密度可以用指数坐标吗？
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.04.08 22:59:22
Q:
请问各位老师一个MD的问题。
我得到一个尿素的amber力场文件，此力场文件不仅仅定义了常规的尿素的力场参数，还给出了尿素与水作用的参数，以及尿素与尿素作用的参数。
我准备把尿素与水作用的参数，以及尿素与尿素作用的参数写到amber力场文件下的ffnonbonded.itp文件中，格式如下：[图片]
请问各位老师，这样定义的尿素和水分子的相互作用参数会起作用吗？
A:
[图片]
只要实际体系的拓扑文件里用到了这两种原子就会起作用
Q:
多谢多谢多谢Sob前辈.
我看了下gmx下的ffnonbonded.itp文件，里边没有[nonbond_params]这一项...
但是在gromos力场下有这一项，所以不确定在amber力场文件中加入[nonbond_params]是否会被程序识别并调用。
我其实需要做一个test...
多谢多谢多谢Sob前辈，多谢多谢多谢ruanyang老师.
gmx的amber力场文件ffnonbonded.itp文件中没有[nonbond_params]
不好意思，漏了一点信息。
A:
要算两个原子间LJ势的时候，[nonbond_params]里有对应的会优先使用，没有对应的再根据组合规则利用[atomtypes]里的原子参数产生
----------------------------------------------------
2016.04.09 00:51:30
Q:
请问，DFT+U是否可以在大体系里面近似替代多参考方法？毕竟大体系用post-HF算不动
A:
大体系多参考的考虑就用纯泛函，M06L等
----------------------------------------------------
2016.04.09 00:51:30
Q:
有（能用的）MR-post-HF的程序？
Gaussian的MCSCF似乎十分渣
A:
多参考方法和post-HF是并列关系
----------------------------------------------------
2016.04.09 13:42:17
Q:
请问G09输入wfn文件时，在计算输入文件最后要写出路径，在linux下是这样写的吗：
……
Lanl2dz
空一行
/home/user/tasks/test1.wfn
空一行
空一行
就是说路径不用写，在route里直接写out=wfn?
不行，没写路径，没发现有wfn文件
好，谢谢
你好，请问G09输入wfn文件时，在计算输入文件最后要写出路径，在linux下是这样写的吗：
……
Lanl2dz
空一行
/home/user/tasks/test1.wfn
空一行
空一行
A:
是，必须写路径
Q:
请问linux下怎么写呢》
A:
就这么写啊
Q:
但是报错了
A:
什么报错说出
Q:
[图片]
[图片]
A:
去掉垃圾关键词，(PDB...这些都删掉
看输出文件，甭看这个提示
#P B3LYP/6-31G** out=wfn scrf=solvent=THF就完事了
连接关系也都删了
Q:
我要做密度差，所以加了nosymm
报错就是log文件后几行
输入文件是实验得到的数据，没有做优化
A:
留着nosymm，其它烂七八糟都删了
有什么报错直接贴出来
说不清楚就把输入输出文件上传
如果只是两个电子态求差，诸如算福井函数，也用不着nosymm
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2016.04.09 13:43:55
Q:
算化学键的离子性百分比，有哪个程序？
A:
NBO的NRT分析可以给出
Q:
不算NRT直接从波函数是不是能得到离子性百分比？，
A:
直接从波函数上分析得到那得做价键计算
Q:
哪个程序可以做
A:
VB2000、XMVB
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2016.04.09 13:43:55
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
看群共享里原子电荷计算方法的对比，一般不用Mulliken电荷
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2016.04.09 13:51:24
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
晶体测的结构依然需要优化一下氢的位置
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2016.04.09 14:17:55
Q:
求助，已有fchk和log文件，用gaussian 09 win能导cube文件吗？可以的话怎么导？
A:
cube只是个容器，没有所谓“转换”转换这么一说
看此文
Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用
http://sobereva.com/125
你得用Multiwfn等程序基于fchk文件计算指定的实空间函数，才能存为cube文件
cube文件是计算出来的，不是转换出来的
Q:
cube文件类型是不是一个通用的文件类型啊，其他行业的软件也用它可视化？
A:
是，但主要用在计算化学领域
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2016.04.09 14:32:15
Q:
老师问一下怎么在multiwfn做它的自旋密度和电荷密度啊
跪求
A:
具体看你要做成什么样的，平面图还是等值面图还是曲线图
分别用主功能3、4、5做
Q:
恩
http://sobereva.com/179 在这个里边有例子吗
老师
A:
手册4.3、4.4、4.5节有相应的例子
Q:
恩好的谢谢老师
A:
这和盆分析没关系
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2016.04.09 14:52:19
Q:
你好，sob老师，我生成wfn文件时出了点问题，输入文件和输出文件我已经上传，请帮忙看看，谢谢。
A:
%chk=wpd.chk
%mem=24GB
%nprocshared=6
# b3lyp/6-31g(d,p) out=wfn nosymm scrf=solvent=thf
sp GS DPFOTL wfn
0 1
[坐标]
[空行]
/home/george/tasks/wpd.wfn
[空行]
[空行]
用这个，到时候若出错再上传输出文件
直接用fch文件作为Multiwfn输入文件也可以
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2016.04.09 14:59:27
Q:
为啥培训的是gaussian
A:
为啥不是？
讲计算机操作能不讲windows么
Q:
我以为是培训你开发的软件
A:
我写的Multiwfn有专门的培训班
03年、去年已经办过两届
上一届回顾：http://www.keinsci.com/workshop/2WFN_success.html
基础量化班会涉及一小部分Multiwfn的功能，包括看轨道、绘制自旋密度、绘制光谱图、计算轨道成份等
Q:
坐前面长发帅哥是群主？
你关注的点不对
说好的搞科研呢
我只觉得群主这造型好像搞摇滚的
A:
以搞艺术的心态搞科研
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2016.04.09 15:10:18
Q:
[图片]
VMD稀里糊涂的把play.tv调出来了，怎么回事
[图片]
我的问题没你的紧急
A:
把那录制程序关了呗
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2016.04.09 15:26:03
Q:
能不能帮忙下篇文献
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0162013415001075
这是网址，谢谢了
A:
求sci-hub.io能下文献一次，违规已记录，扣6分，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
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2016.04.09 16:34:20
Q:
请问有谁知道如何计算脂水分配系数呢？DS软件可以不
A:
很多在线程序都可以经验性地预测，量化上可以直接计算两种溶剂下自由能的差值根据deltaG=-RTlnK来算，也可以做MD来研究
Q:
分别知道两种溶液中质子的溶剂化能了。
A:
质子的溶剂化能跟这没关系，得得到你当前分子的溶剂化能
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2016.04.09 16:58:41
Q:
如果想描述弱相互作用的电荷转移，如CF4和苯环，那么怎样表征？NPA电荷分析吗？如果用NPA，除了使用NBO没有其它方式么（假设用ORCA算的话）？
A:
看第7节
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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2016.04.09 18:29:39
Q:
在amber程序中,gaff小分子力场参数文件中的原子类型,全部是小写的；而amber程序中的parm10蛋白力场参数文件中，原子类型全部是大写的。因此，在amber程序中，大分子和小分子的原子类型是不会混淆的，因为amber程序本身，是区分大小写的，比如：OW和ow，就是不同的原子类型，和它们相关键伸缩和键角参数也不一样。
不过，在gaussian程序里使用amber力场方法，情况就有所不同了。gaussian是不区分大小写的，在gaussian里，OW和ow，是一样的原子类型，和它们相关键伸缩和键角参数，如果定义了外部参数优先的话，那么大分子和小分子中涉及到OW（ow）的参数，都会统一使用外部参数；如果定义内部参数优先的话，那么大分子和小分子中涉及到OW（ow）的参数，都会统一使用内部参数，这显然不合理。
请问，如何解决这个问题？
我的办法是：把gaff小分子力场参数文件中的原子类型，通通改名，改成与amber程序中的parm10蛋白力场参数文件中原子类型不同的大写名称。然后做为外部参数优先输入。然而，我的运行结果是：用纯amber力场（#p opt amber=softfirst nosymm geom=connectivity）优化，能得到收敛的结果；但是，一旦分层用洋葱优化（#p opt oniom(b3lyp/6-31g(d):amber=softfirst) nosymm geom=connectivity），优化到第二圈，高层就收敛失败了。我猜想，是不是跟原子类型改名有关？
A:
你是指DFT计算局部(model)部分SCF收敛失败？
Q:
是呀
A:
这纯粹是量化计算，跟原子类型没关系
Q:
那是不是QM选取不当？
A:
可以调整下划分试试，或者换换泛函、基组
Q:
换成PM6可以吗？
A:
试试吧
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2016.04.09 19:27:26
Q:
哪位老师知道在单机g03上生成个wfn文件怎么生成呢，，
[图片]
我编写的提示错误
A:
[图片]
Multiwfn手册第四章开头有例子
Q:
[图片]
恩好的谢谢老师
A:
出错原因已经提示得很明确了：
[图片]
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2016.04.09 20:07:00
Q:
[图片] 老师这是从multiwfn里边导出来的density.cub 怎么计算电子密度之和呢
A:
什么叫做计算电子密度之和？你的目的是什么？
Q:
我的目的就是怎么显示出电子密度的数值是多少呢
A:
你要显示哪个位置的？
Q:
还有通过multiwfn 就是我做的NO2的，我想知道它的自旋密度和电子密度是多少
我想通过multiwfn能显示出它的自旋密度与电荷密度的数值，
A:
"电子密度是多少"具体是指什么？电子密度是个三维函数，你想具体怎么研究？怎么展现？
你问的很不确切
Q:
[图片]
A:
算三维空间中某一个点的数值，绘制一条曲线、一个平面、或者三维空间中的分布（等值面图），或是算原子电荷、算原子自旋布居，到底考察哪种？
Q:
我从这上边看的电子密度和怎么求出来的呢老师
恩
A:
不要看那个文章，早就过时了
三维空间中电子密度积分就是体系总电子数，这都不用算，体系中有多少电子自己直接就知道了
NO2显然是7+8+8=23个电子
Q:
还有一个问题就是怎么样从 gaussview 查看它的自旋密度和电子密度呢， [图片]
A:
你这没法看什么“电子密度”
如果你想知道每个原子带多少净电荷，去计算原子电荷，看群共享里《原子电荷计算方法的对比》里面的讨论，高斯和Multiwfn都能算许多种原子电荷
如果你要考察自旋密度，最简单直接的办法是绘制自旋密度等值面图，最基本的步骤如下：
[图片]
要搞清楚三维函数怎么可视化，怎么定量分析
你的思路还不够清楚
电子密度作成图来观看，几乎什么用也没有
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2016.04.09 20:12:45
Q:
，能给我寄一份纸质的参会通知书吗？要盖红章的。
A:
报到时候会给
Q:
我是初学者，适合参加这个回忆么
会议
A:
很适合
Q:
有给初学者开的讲座啊？
麻烦大神给我个理由，我老师说我是初学者，去也没用，我不知道情况，没法回答。
A:
基础量化班的对象的主要组成之一就是量化初学者
Q:
我个人特想去
没有这个通知，学校财物处不给邮会议费啊
A:
如果是先有纸质盖章通知学校才能转账付款，你把邮寄地址发到keinsci@sina.com，会用快递寄给你
初学者才最需要这种培训班，是给初学者定制的最快、最佳的学习的捷径，学完了赶上老鸟，秒杀中鸟，少走起码2年弯路。
还是发到keinsci邮箱吧，这样便于信息统计管理，免得乱了，之后也不好查
Q:
嗯，好吧
A:
这种培训绝不是一般学校里讲量化那种，幻灯片一堆公式，几十年前的东西照本宣科，都是陈芝麻烂谷子那种，那种课根本没必要上
Q:
不许说好吧
A:
算啦，不是句子开头
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2016.04.09 20:30:31
Q:
sob老师您好，关于您在DFT交换相关泛函库的使用方法一文中由Maple生成的泛函程序中，输入也是原子单位制下的吗
A:
记不清了，应该是。量化程序里，凡是没注明单位的，一律都是原子单位
Q:
十分感谢老师
老师您好，这些程序的返回值是势还是能量
问题比较低级，老师见谅
A:
能量
Q:
那要得到势能还要对密度做变分
不对
A:
对
Q:
好的，谢谢老师
A:
交换相关泛函对密度的变分
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2016.04.09 20:47:50
Q:
各位老师好，请问把一个分子结构用DFT优化很多次后，能量，结构都不会变化，这是不是就是它的最优结构？
A:
red rose 那必然优化后几步就收敛了，是这种情况的话说明输入结构就是当前计算机别的极小点
Q:
输入结构就是当前计算机别的极小点，输入的结构是用chemdraw画的，不精确
输入结构就是当前计算机别的极小点，我不太明白这句话
A:
chemdraw只能画2维结构，你肯定是用chem3D转成了三维结构，但这种结构只是粗糙的初猜，必须先优化。如果初猜结构本身恰好已经比较准了，在经过量化优化也不会改变多少
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2016.04.09 20:51:29
Q:
请问，用UDFT以及用TD OPT 方法计算的三态能相近吗？
A:
会有一点差别
Q:
老师我用TD OPT 方法算到的和UDFT差了挺多的，我在怀疑是TD OPT方法读取激发态能量找错了还是别的原因呢
A:
T1的话就用UDFT就行了，原理上更准确一点
Q:
老师TD OPT 方法算得的这个能量值可以在GaussView 中读取吗
老师，我想计算算S1态，同样T S都用TD OPT方法
A:
直接看输出文件最省事
T1优化用UDFT就行了，快、准，如果为了和S1的跃迁能有可比性，再用TD计算T1的跃迁能
Q:
老师，如果用TD OPT 方法计算后在UE 里怎么找这个值呢？是TOTAL ENERGY
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.04.09 21:11:56
Q:
[图片]老师，运行TS出现这种错误，网上查的有说优化达到步数上限，取出结构继续优化，请问还需要其它的改动吗？谢谢老师@Sobereva
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
看能量、受力曲线分析还有无继续优化的必要，通常继续优化只是白费时间，会继续震荡。
所以“网上”害人呐
Q:
能量最初是一直降低的，后面的在小数点第三四位出现了波动，这种情况正常吗？
A:
常有
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2016.04.09 21:52:15
Q:
谁有CFOUR的安装包，官网需要注册后发license，时间紧，来不及，先谢过
A:
CFOUR程序的编译和使用方法简介
http://sobereva.com/150
里面有下载
Q:
老师里面的链接/usr/uploads/file/20150609/20150609182404_74068.gz是不是有问题，下载解压之后就是个20150609182404_74068名的文件
A:
我这里能正常下载
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.09 22:13:49
Q:
下载没问题，用gunzip解压之后就是个文件，而不是文件夹
像这样[图片]
A:
改成.tar.gz再解压即可
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2016.04.09 23:08:42
Q:
对了，有没有批处理把自己账号下的文件权限都改了啊？改成--- --- rwx这种
A:
chmod带着-R参数就行
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2016.04.10 10:40:55
Q:
请问，BSSE算出来的是负值怎么回事啊？GAMESS
真空的
弱相互作用体系
我计算了几十个结构，有两个是负的
对啊
我重新结构优化，重新算
还有一个把dispersion energy算出正值了
[图片]
对对，必须在平衡结构上做
[图片]这两个能量是在虚原子下做的
嗯嗯，我只算BSSE
结构稳稳的收敛了，能不能是gamess的SCF出问题了。给我迭代错了
aug-cc-pvdz的基组
嗯嗯，我用这个公式算了很多结构了
A:
你先直接用高斯的counterpoise关键词算，和GAMESS的对照
气相、结构一致的情况下，考虑了临近单体的基组时体系能量一定会更低，一定会对应于正的BSSE校正值
Q:
好办法，我用gaussian跟gamess一起做
A:
所以先看是否考虑了临近单体基组时能量下降了，如果不是，那计算肯定有问题，比如没收敛到真正基态波函数之类
Q:
[表情]
谢谢。
以前gamess的SCF出现过没收敛到极小值点的情况。不过是UHF的
在算错的情况下？就是有时候色散能算出正值，Pauli排斥算出负值？
请问，我MP2水平下优化的结构，在HF级别计算的BSSE。是不是有可能出现正值啊
A:
这倒不会造成负的BSSE能量。
----------------------------------------------------
2016.04.10 18:00:43
Q:
请问今年的分子动力学培训班大概啥时候开班？
A:
没定呢，可能8月
----------------------------------------------------
2016.04.10 18:01:42
Q:
[图片]
各位这个怎么解决啊
A:
尝试增加nstates，或减少步长上限
----------------------------------------------------
2016.04.10 18:05:14
Q:
请问怎么用multiwfn利用cubgen生成的potential .cub文件显示出某个面上的静电势呢？
用multiwfn读入cub文件后，选4平面，可是然后呢，没有看到ESP的选项啊
A:
把Multiwfn的settings.ini里的iuserfunc设为-1，然后作图时在主功能4里选100号函数（用户自定义函数，此时对应于格点数据插值产生的函数）
Q:
基本上……就是因为用了ECP后BCP不和金属之间有键径，所以千方百计寻找可以对重原子用全电子基组的方法，而且……确实应该更准确。然后计算起来也挺快，一天内算完一个模型……所以，就用全电子基组做相对论计算啦！！！……
A:
能直接选静电势的时候仅在载入的文件里有波函数信息的情况下（如.wfn、.fch）
----------------------------------------------------
2016.04.10 18:38:18
Q:
老师，有没有什么软件可以自动生成复合物的初猜结构呢？（比如小分子和离子液体形成的复合物）一个一个的画出猜结构能画出的个数有限啊，有没有一次生成几十个的？ @剑宗学徒
A:
molclus是理想的选择
----------------------------------------------------
2016.04.10 21:56:04
Q:
请问用Gaussian计算结构相似两个分子激发态，怎么能保证两个分子的坐标轴方向一致？
A:
gview里调整好（显示出笛卡尔坐标轴便于定位），然后计算时nosymm
Q:
谢谢老师
我刚才没说完整，是结构已经优化好了，实验测得的，只是计算激发态，怎么修改坐标轴呢
不好意思
A:
“结构已经优化好了，实验测得的”矛盾啊
Q:
我的意思是，实验没得的结构计算激发态，不需要优化
实验测的的结构
A:
gview里你想怎么旋转就怎么旋转
up to you
----------------------------------------------------
2016.04.10 22:01:42
Q:
请问有没有人会做DFT-SAPT
A:
molpro手册里有例子
----------------------------------------------------
2016.04.10 22:01:42
Q:
请教，在非Multiwfn安装目录下运行Multiwfn出现这个问题怎么回事呢:
error while loading shared libraries: libiomp5.so: cannot open shared object file: No such file or directory
之前用的好着, ~/.bashrc中是这样写的
export PATH=$PATH:/home/abcabc/Softwares/multiwfn
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/abcabc/Softwares/multiwfn
P.S.： Multiwfn安装目录中可以运行，把libiomp5.so复制到目标目录也不行。
A:
你用echo $LD_LIBRARY_PATH看看到底包含libiomp5.so的multiwfn目录是否确实已经加入到这个环境变凉了
----------------------------------------------------
2016.04.10 22:01:42
Q:
老师b3p86和bp86相差的大吗
A:
大
----------------------------------------------------
2016.04.10 22:03:11
Q:
大家好～请教一个问题，最近在做弱相互作用方面的研究，发现通过AIM做弱键鞍点处的电子密度拓扑分析时，由电子密度大小判断出的相互作用能变化规律与由高斯09计算出的相互作用能变化规律不一致，为什么呢？
A:
电子密度根本判断不出相互作用能，而且只有同类弱相互作用才可能密度与弱相互作用强度有正比关系
----------------------------------------------------
2016.04.10 22:03:51
Q:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0022285269903476求文献
A:
求sci-hub.io能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
----------------------------------------------------
2016.04.10 22:58:01
Q:
[图片]
请问，amber程序中prmtop文件里的这个信息怎么理解？
A:
你得去看官网上对prmtop格式的说明，不好读
或者用rdparm来修改、分析拓扑文件
----------------------------------------------------
2016.04.10 22:58:30
Q:
麻烦老师，密度泛函中的SVWN方法是怎样的啊？
A:
一般说的LSDA方法就是指这个
不了解看看基础量化书
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2016.04.10 23:22:53
Q:
[图片]12分制度和驾照一样，不知道有没有1年清零[表情]。
A:
没有1年清零
----------------------------------------------------
2016.04.11 12:55:00
Q:
老师，我想问一下，我在计算一个任务时，优化正常结束，进行频率计算时，电脑突然关机了，我想继续前面的算，应该怎么做？
A:
重新做频率计算就完了
----------------------------------------------------
2016.04.11 12:55:00
Q:
老师我想问一下，我用高斯的hf，sto-3g优化了一个含有8个过渡金属，共134个原子的晶胞结构，4个CPU运算了三天还没有结构，这是不是意味着计算的结构不正确，需要终止结构，重新搭结构呢
老师，过渡金属用的是lanl2dz，其他原子用的是sto-3g
A:
高斯做三维周期性计算慢到吐血，而且这么烂的基组算完了也没意义，还是改用别的程序吧，比如Dmol3做周期性计算就挺快挺好用
----------------------------------------------------
2016.04.11 12:55:00
Q:
Sob老师;您好。请教一个问题。我的高斯输出文件一直算不完。搜索converged关键词也会出现4个YES，但是就是一直在算。能量在小数点后6位震荡。也没法再加关键词了。
tight是一直都有的
中间算得过程中可能会加各种关键词
int关键字怎么加呢？
A:
四个YES肯定会判断为收敛而正常结束。如果确实没正常结束，输出文件传上来看看。
震荡导致不收敛看此文
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2016.04.11 13:00:21
Q:
较大体系用Multiwfn做RDG分析后产生了很大的cub文件，每次用VMD打开观察时都要好几分钟loading，有没有什么技巧保存加载完的3D状态，加速第二次打开时的loading过程？或直接做一个“3D截图”，不再需要加载cube，只加载一个表面就可以了？
A:
(整理Q&A) file-save visualization state，下次再载入就行了
----------------------------------------------------
2016.04.11 13:00:21
Q:
[图片][图片]老师这个收敛失败是否因为命令这样连用不合适？算得是C54H18取的石墨烯团簇，是参照Sobereva老师的片段组合的帖子做的 @山坡下、有棵树
A:
加上nosymm再看。加上#P便于监控迭代
----------------------------------------------------
2016.04.11 13:00:21
Q:
请教各位老师，TD-DFT优化激发态结构，除了调整初始结构、换用gediis、gdiis，还有什么消虚频办法，计算的是弱相互作用体系
A:
gediis本身就是默认的，换成gdiis也不会解决虚频问题。换方法、基组、减小步长等等，实在没辙就用慢得吐血的calcall，要么就改用有解析hessian的CIS
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2016.04.11 13:00:21
Q:
[图片]通过看文献知道氢键的形成条件是当两原子间距离大于共价键键长且小于各原子范德华半径之和,同时形成的键角大于等于90°时,可以确定形成了氧键那如果我算出来的分子结构如图是不是应该把符合条件的都标出来还是只选择其中具有代表性的标出来就可以了（因为觉着都标出来可能会显得有点乱）
A:
判断氢键最好用RDG方法直接作图
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
----------------------------------------------------
2016.04.11 13:03:55
Q:
哪位大致介绍一下 screened hybrid functional ？
或推荐一下好的文献。谢谢！
A:
就是像MN12-SX、N12-SX、HSE、CAM-B3LYP这样的泛函，近程HF成分高，远程低或者为0。
----------------------------------------------------
2016.04.11 13:20:41
Q:
求问multiwfn看rdg等值面的时候如何只保留两部分之间的部分，离子上的不要啊
[图片]
我弄出来是这样的
上次sob老师给了一个教程
A:
把settings.ini里的RDG_maxrho还原成默认值
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
----------------------------------------------------
2016.04.11 13:21:16
Q:
[图片]
老师，B3LYP优化收敛的结构继续用MP2优化，为什么能量曲线显示当前步的能量都超高(左图)，但其实优化完每步的能量实际上还是逐渐降低的（右图），这是为什么呢？
A:
因为还没算MP2相关能，加到HF能量上自然就低了
----------------------------------------------------
2016.04.11 18:06:29
Q:
这个构型经历了较多的变化、最开始是l103错误、接近收敛，但是找不到频率，后来给高斯的技术支持写信，他建议加上freq=numer这个关键词再算。中间经历了5-6位震荡，加上了关键词gdiis，之后就是这个输出文件一直结束不了。
之前别的构型也出现过类似情况，有试过，但是不行。
但是这个体系所有的构型都是频率和优化在一起算的。
其他都正常结束了。
说是高斯09的一个bug导致的会收敛但是找不到频率，当时回信也提到了会算得非常慢。
A:
绝对不要用=numer，去掉，否则慢得吐血！你又不是用BJ阻尼的D3
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2016.04.11 18:07:04
Q:
请教各位一个问题，这边我根据这样一个机理做一个过渡态的寻找，找到了过渡态。但是无法判断产物是FO-还是FO. 怎么办呢？因为这个负电荷我不知道怎么通过gauss view的输出文件查看。是再做一个IRC的寻找还是做NBO判断产物呢。[表情]高斯和量化小白。可能问题很白痴，请教各位老师了。
不好意思。可能我表述不是很清楚
这里我不知道我生成的产物是FO-和hoo还是FO.和hoo- 。它们两个的电荷总数都为-1。
做自旋密度的话是要开壳层计算吗？
A:
显然需要。闭壳层计算不可能有自旋密度
Q:
我的过渡态是闭壳层，可以在这个基础上继续计算么？还是需要重新计算？
A:
本来就是闭壳层的体系，你用开壳层算完了还是没有自旋密度
你的体系电子是奇数个，默认就是开壳层计算
Q:
不好意思老师，我对于开壳层和闭壳层的定义不是很清楚。可以理解为单电子是开壳层双电子是闭壳层吗？还有现在的高斯是不是会默认开壳层还是闭壳层计算？
A:
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.11 18:08:00
Q:
Sobereva老师，请问，在算一个多重态体系的过渡态时，只有5重态的过渡态存在而7重态过渡态不存在，是什么原因？（体系基态是7重态），，谢谢了
A:
说明就是5重态势能面上才有TS，正常
----------------------------------------------------
2016.04.11 19:00:02
Q:
sobereva老师，是不是自旋极化或自旋污染的情况下虽然体系为单重态但仍为开壳层。
A:
y
但自旋污染这个词放这里这么说不合适。应该说单重态开壳层体系用UHF/UDFT计算表面上看有自旋污染
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2016.04.11 19:00:11
Q:
[图片]
[图片]老师，黄色的那部分怎么理解，我有点儿没太弄懂
A:
是
Q:
老师，一个轨道上只有一个电子，怎么转移部分电子呢？
老师，HOMO轨道上只有一个电子的话，怎么转移部分电子呢？
----------------------------------------------------
2016.04.11 19:00:11
Q:
老师，通过VMD量取两个分子的范德华穿透半径的时候怎么才能把定位的两个点放到里面实际量取距离因为从第一张图看上去是量的距离但是实际转一下就看到选的点是在外表面上是斜的了[图片] [图片] 谢谢您
A:
你得反复旋转、放大视角来找
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2016.04.11 19:00:11
Q:
各位老师好，请教一下。我的体系是用开壳层计算的，在研究分子轨道相互作用的时候，会分别出现α轨道和β轨道。我发现分子的α轨道的HOMO和β的HOMO的成分几乎是一样的，那它们本身就应该是一样的吗？还有就是，在我表述片段间的轨道相互作用时，仅需要说明α轨道的HOMO或者β的HOMO就可以了吗？还是要分别探讨？
那α和β是一样的吗
A:
并非总一样，视体系而定。至于讨论轨道相互作用，要看体系和你具体打算怎么讨论
----------------------------------------------------
2016.04.11 19:00:11
Q:
各位老师 vmd 里可以删除原子吗仅仅靠index信息。因为我是xyz文件只有index信息
A:
删除不了，但你可以保存新结构文件的时候排除掉它
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2016.04.11 19:00:11
Q:
[图片] 老师，绘制密度差的时候这种横坐标和纵坐标的数值是否可以调节呢？让他显得好看点，这样的小数看起来不好看
A:
你可以在绘图的后处理界面中自己设坐标轴，给定间隔值
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2016.04.11 19:05:43
Q:
群主，你画图用的是什么绘图板？是和冠的吗
A:
友基的Rainbow3
Q:
群主你的rainbow3是在天猫上买的吗
A:
忘了，可能是淘宝吧
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2016.04.11 19:05:43
Q:
请问，能用高斯计算化合物中某一个化学键的键能吗，是将分子劈裂成两个自由基的体系分别优化，然后算△H吗
A:
是
----------------------------------------------------
2016.04.11 19:05:43
Q:
现在cfour升级到v2版本了，您在网上挂的是v1，本来也想申请个但是我发现签字扫描的协议通过email发过去不行非得直接寄到德国去，老师可以用之前的帐号下一份最新的code挂到网上吗?
A:
peace cfour账号我这里也没有，以前我记得也是通过别的什么渠道下载的。你可以找论坛里的beefly要他可能有
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2016.04.11 19:05:43
Q:
老师您好，用高斯算出NBO怎么看轨道成分
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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2016.04.11 19:06:16
Q:
[图片]@Sobereva
这个该怎么解决
A:
输入文件有毛病，末尾部分不完整
Q:
这个算某个单点的时候会出现这个错误
会不会是内存或者硬盘的问题
A:
问开发者
不是
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2016.04.11 19:08:19
Q:
那自旋污染是不是本来应该用开壳层的方法来算却用闭壳层的方法导致了自旋污染呢？
A:
双自由基、自旋多重度>1的情况，只能用开壳层算，此时自旋极化程度越大，自旋污染越大
Q:
老师，自旋极化与自旋污染概念类似的是吧
A:
不一码事。
自旋极化是物理上的概念，是中性词；自旋污染是“贬义词”，专门骂UHF等开壳层方法计算得到的波函数偏离S**2算符本征函数的情况。自旋极化越强烈的情况，UHF的自旋污染就会越大。
[图片]
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2016.04.11 20:35:07
Q:
请问我再使用multiwfn时，需要转换波函数文件。我将经过优化得到的结果这样写后能转成wfn格式的吗，文件已上传
A:
能得到。PDBName那些都删掉。如果结构是已经优化过的不要再opt
----------------------------------------------------
2016.04.11 20:35:41
Q:
请问用Multiwfn 算电子转移距离时是看Distance between centroid of hole and electron 还是看Dr index呢？
A:
都可以，前者物理意义更清晰一些
Q:
是做的密度差分对吧老师
A:
不建议用“密度差分”这个词，要用“密度差”这个词
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2016.04.11 20:36:46
Q:
老师您好，我需要计算石墨烯的静电势分部，使用gaussian计算的话一般会在边缘碳上面加上H，那么这样计算出来的静电势分部就会跟实际有所区别，请问老师，我可以在加H算出得到结构后，去掉H，然后再进行单点能计算，然后再进行静电势分析，这样做合理吗？或者，我应该如何处理呢？谢谢老师
A:
不合理，即便去掉H边界特征也和实际明显不符。只能把石墨烯延展得大一些，考察中间部分
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2016.04.11 20:39:42
Q:
multiwfn有两个功能，一个是charge density difference等值面图（S0和S1）另一个是electron density difference，请问这两个有什么区别？另外，Variation of dipole moment with respect to ground state，中Z方向的值很大，但Z方向Distance between centroid of hole and electron又比较小，请问这是因为电荷集中的量多吗？用什么办法算出数值来？
A:
我不清楚你具体说的是哪两个功能。如果是用两个波函数文件做密度差，以及electron-hole分析功能做密度差，区别是前者通常用的是弛豫密度获得的密度差，后者只能对应于非弛豫密度的密度差。
看hole、electron的等值面图考察
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2016.04.11 20:42:09
Q:
我们知道色散校正是由于传统DFT方法中的交换相关势对长程行为不对，对长程作用空缺。
但是，为什么在没有D校正的时候：
（1）小分子烯烃放入分子筛，吸附能为负，说明分子与分子筛骨架有稳定作用，请问这种稳定作用不是长程作用吗？因为分子与骨架没有成键；
（2）高聚甲苯放入分子筛，吸附能为正（并且孔尺寸越小，吸附能越正），说明分子与分子筛骨架有排斥作用，请问这种稳定作用不是长程作用吗？因为分子与骨架没有成键。
A:
1 不是所有不加D的泛函都一点色散作用都描述不了，比如PBE、LDA也能描述一丁点色散作用，能得到负值
2 这是位阻作用，所有泛函都能描述
不要说什么传统DFT对长程作用描述不对，这种说法是绝对不确切的。只能说传统泛函大多数对色散作用描述不理想。
PS：字号小点
Q:
" 不是所有不加D的泛函都一点色散作用都描述不了，比如PBE、LDA也能描述一丁点色散作用，能得到负值." 加D以后会不会导致部分色散作用重复？
A:
不会重复，DFT-D3的阻尼形式考虑了这一点
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2016.04.11 20:43:45
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
这和electron、hole没关系
应当计算密度差，看正值或负值部分全空间积分值
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2016.04.11 20:44:54
Q:
请问 O3分子形成大π键后，中间原子的电子排布情况是怎样的
是 10个电子对吗
A:
怎么会10个电子对？
中间的O的电子结构可以用Multiwfn做Mulliken分析获得，或者用NBO做NPA分析获得，可以知道它每个原子轨道的电子布居数
Q:
嗯嗯，谢谢老师。老师可以用它计算电子转移数量吗
A:
y
----------------------------------------------------
2016.04.11 20:45:28
Q:
[图片]
有会日语的老师吗
能帮我看看这篇文献用的什么水模型？
但是不知道是什么力场
不好意思啊，新人
A:
这里没说水模型的事
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2016.04.11 20:48:11
Q:
[图片]sob老师优化玩的结构是不是只用energy就可以，然后pdbname要挨个手动删除，还是有快捷键呢？谢谢
A:
是
用ultraedit列模式直接删
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2016.04.11 20:48:19
Q:
就是说传统DFT对静电作用都可以描述得比较好？
A:
对
毕竟库仑作用是精确计算的
Q:
PBE0也可以很好描述静电作用力？
A:
对
Q:
如果一个超分子模型用M06-2X优化出的分子间距离比PBE0的近很多，能否说明这个超分子的形成是色散力主导的？谢谢。
A:
很有可能。但最好也用PBE0-D3和PBE0对比，这样更直接
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2016.04.11 20:57:09
Q:
请问各位老师，结构优化时，出现这样的情况，是不是也是发生震荡了？[图片]
A:
把末端放大，再跑20步，还震荡就停止任务
Q:
把末端放大？老师这个是什么意思？
A:
图上末端拉个框放大视图
Q:
奥
好的
这样的作业，我是不是现在就可以停掉，然后从最后一个点继续优化？
A:
可，继续优化时用帮助收敛的关键词
----------------------------------------------------
2016.04.11 21:01:16
Q:
请问计算化合物的激发态用什么泛函，b3lyp好像不太好。
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
----------------------------------------------------
2016.04.11 21:03:54
Q:
老师我用gamess做能量分解为什么out文件没有能量那部分值？
[图片]
A:
什么叫没有能量那部分值？
Q:
就是没有这样的内容[图片]
A:
仔细从头到尾看输出文件看有无什么提示
----------------------------------------------------
2016.04.11 21:11:00
Q:
老师，您好！请教一个问题。[图片]我用Multiwfn已经做出分子轨道图，但是我现在需要量化，比如说具体的fragm1的91号轨道的能量，应该怎么做？我在书上没有找到，谢谢！
A:
载入fragment1对应的fch文件，进主功能0，右下角点91号轨道，文本界面上就会显示
或者直接从高斯输出文件中读取
----------------------------------------------------
2016.04.11 21:12:15
Q:
谢谢老师，但是石墨烯延展得大一些以后，再进行计算，中间的静电势也会出现负值或者较小的正值，这样我在解释的时候能直接说是由于H的影响吗？谢谢老师
A:
本来就应该会出现负值
出现一点正值也不意外
边缘的氢只影响边缘区域
Q:
[表情]本来就应该出现负值？额，谢谢老师，看来是我自己理解出问题了，谢谢老师
A:
pi电子云显然会导致负值静电势的出现
----------------------------------------------------
2016.04.11 21:16:01
Q:
[图片]老师，这次动力学是以这个为基础的吗
A:
显然不是
Q:
[表情]
看这个可以入门吗
我什么基础都没有
A:
可以入一点门
----------------------------------------------------
2016.04.11 21:24:18
Q:
有人说，在没有金属元素和不常见非金属元素的情况下，PM6也不错。有人说，不管什么情况，b3lyp/6-31g(d)是底线。
唉，哪个说的对呀。。
从不被拒稿的角度上来看呢/
A:
b3lyp/6-31g(d)是以从头算的精度为参考标准来说的，前提是能给出比较合理的结果
而PM6是拉低了参考标准，只要能定性正确就不错
Q:
我算过渡态，PM6会被拒稿吗/
A:
拿PM6算过渡态很有可能，除非是很大体系用DFT确实算不动。
----------------------------------------------------
2016.04.11 21:26:59
Q:
请教一下 Sob 老师，我在 Gaussian09 手册上没有查到 HCTH 泛函对应的 GD3 矫正。是不是 HCTH 泛函没有对应的参数呢？
A:
去dftd3的网页上看看吧，也许没有
Q:
谢谢！
dftd3 网页上只有 HCTH 120 的参数：
HCTH120 1.0 1.221 1.206
但是 Gaussian09 没有 HCTH120……
[图片]
A:
这泛函没什么意思，甭用了
----------------------------------------------------
2016.04.11 21:30:04
Q:
如何翻呢？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.11 21:32:34
Q:
一直搞不清楚关于ROHF方法，为啥既然是限制性的怎么还会是开壳层呢
sob老师
限制性开壳层alpha和beta是用的同一轨道算的，所以能量相同
而非限制性是用的不同轨道计算的，所以alpha和beta的能量可能不同
是这样
A:
姑且这么理解吧
U是alpha和beta部分独立求解的
Q:
那alpha和beta的能量可能不同会不会是自旋极化呢
A:
是
----------------------------------------------------
2016.04.11 21:48:23
Q:
请教一下……初始找过渡态的话，如果不想一上来直接用DFT，选择什么方法比较合适？
看了之前的一些帖子，有人说用INDO，我试了试PM6感觉不是太好……
呃？G09.D01下，PM6和EmpiricalDispersion关键词不能共用
那个……MOPAC可以用，但是Gaussian好像没这个关键词吧？
A:
INDO只会比PM6更差。你也可以试试RM1。另外OM系列也可以用，不过程序不公开
----------------------------------------------------
2016.04.11 21:48:23
Q:
群主，高斯09里面对M062X的开壳层怎么表示？ UM062X麼？
感觉默认是闭壳层吧
如果0 1就是闭壳层，0 3是开壳层，那还要用ub3lyp干嘛？我感觉还是要加个u来确定开壳层。
A:
是UM062X
自旋极化单重态体系你不加U会默认当成闭壳层来算，结果不对
----------------------------------------------------
2016.04.11 21:48:33
Q:
PM7，半经验最先进的
高斯最新版本可以PM7
A:
新版本也没有PM7
----------------------------------------------------
2016.04.11 21:58:04
Q:
请教一个问题，研究发射光谱，用gaussian来做，tddft计算频率没有解析频率，这种情况下获得校正系数很难，这个怎么处理。
A:
校正系数指什么？
Q:
零点校正
A:
用CIS，或者Q-Chem，或者等高斯下个大版本
CIS的ZPE加到TDDFT能量上
Q:
优化还是用td优化，cis只是获得一个zpe吗
A:
CIS opt freq
Q:
我明白您的意思了
谢谢
Qchem好像也非免费
A:
y
----------------------------------------------------
2016.04.11 22:22:25
Q:
请问老师,与反应实验结果的吸热（放热），是比较guassian上的反应的吉布斯自由能吗?
A:
焓
----------------------------------------------------
2016.04.11 22:25:52
Q:
sob老师，不知道为什么我按照您说的修改之后再算并没有输出wfn文件，只有.CHK 以及 .LOG文件，不知道是什么原因？文件已上传文件名为 wfn no result
A:
你把.wfn文件的输出路径写完整，包含目录，省得找不着
----------------------------------------------------
2016.04.11 22:35:04
Q:
[图片]老师请教一个问题，上述计算的中心P的正电性，用mulliken电荷和hirshfeld 电荷计算数据恰好相反啊，以哪一个为准啊@Sobereva
A:
也算算NPA电荷，如果和Hirshfeld趋势一致，就说明Cat.2更正了
Lowdin电荷没必要算
Q:
哦，好的，谢谢老师
请教老师讲义提及NBO模块也会计算NPA电荷。那么我的命令行是# b3pw91/6-311g(d,p) pop=NPA还是需要b3pw91/6-311g(d,p) pop=nboread 并加上输出路径，生成NBO 文件再查看NPA电荷呢？
A:
前者足矣
Q:
老师计算的NPA与mulliken电荷一致啊，与理论推测不符啊 [图片]
A:
理论推测指什么？
Q:
理论推测是我认为的1中含有多个苯氧基给电子会很强，降低磷的正电性，1的正电性应2低才对吧，老师
A:
-OCH3也没有能够经由苯环产生sigma给电子的效果
Q:
也就是说计算的NAP电荷合理啊，老师？
A:
至少没明确依据说是不合理的
----------------------------------------------------
2016.04.11 23:10:37
Q:
找到的激发态结构，要算单点，关键词1.wb97xd/6-311+g(d,p)、关键词2.td=singlets wb97xd/6-31+g(d)，为什么算出来的能量（数值为输出文件末尾HF=）是一样的？
A:
不可能一样，基组都不一样
Q:
关键词1.wb97xd/6-311+g(d,p)、关键词2.td=singlets wb97xd/6-311+g(d，p)
A:
HF=后面是基态能量，当然一致
Q:
额 sob老师那激发态的能量是？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.11 23:56:13
Q:
[图片]
请问图中规律是否具有普适性
A:
对氢键是有的
Q:
对于闭壳层接触，随着接触距离变大，动能密度与解离能指数型下降，势能密度指数型上升
嗯嗯，那除了电子密度，还有AIM中什么是可以用来衡量闭壳层作用强度的？
我记得势能密度可以，但还没找到文献
A:
势能密度可以啊，V_BCP/2可以用来估算氢键强度
还有
[图片]
Q:
哦哦，我想把势能密度用上，只是还没找到文献
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.12 00:07:14
Q:
说到这里，接着问个问题啊，这里做QTAIM氢键分析对方法基组的依赖性有多大啊
用b3lyp/6-31++g**得到波函数做QTAIM分析得到的氢键信息可信吗@Sobereva
A:
可信
----------------------------------------------------
2016.04.12 00:29:50
Q:
PKWRT: NODE 2 ENCOUNTERED I/O ERROR WRITING UNIT 16
这是硬盘不够吗？
A:
有可能
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