公社群聊Q&A整理：2016.04.04 20 ~ 2016.04.07 21

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-4-13 12:28:06

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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2016.04.04 20:03:33
Q:
那请问有谁知道五月份什么时候怎么样报名吗？
A:
报名详情的链接就在群公告里，随时都可以看到
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2016.04.04 20:03:58
Q:
听我同学说11区农村很漂亮，很干净，人也少
A:
然
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2016.04.04 20:04:21
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
测试是指的通过计算来获得性质，即使用量化方法测试
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2016.04.04 20:05:02
A:
11区农村（富良野）
[图片]
Q:
[图片]
靠近富士山吗
A:
远着呢
Q:
京畿地区还是北海道了？
A:
后者
登别-小樽-富良野-札幌-旭山
Q:
看来真是如此，仿佛《北国之春》一般
哦
确实挺美的
最喜欢的就是这种干净整洁的感觉
是时候出这次的游记上论坛了
A:
照片2000多张，且得整理呢，最近还一堆事
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2016.04.04 20:06:57
Q:
针对分子对接和结合自由能计算，会专门讲述吗@Sobereva
A:
结合自由能的计算是gmx培训班的内容，分子对接不算
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2016.04.04 20:28:49
Q:
求
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022354916325722
谢谢！
A:
用sci-hub解决
Q:
http://www.sciencedirect.com.sci_hub.io/science/article/pii/S0022354916325722
也不行呢
A:
sci后面要有横线。参见群共享里群规的说明
Q:
有横线的，没显示出来。谢谢
[图片]已传给你，请查收
A:
是横线，不是下划线
[图片]
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2016.04.04 20:40:26
Q:
老师：您好！对于一个本身是带负电的体系，算出的紧缩福井函数的值（f+,f-,f0）都是负值，请问这个可靠吗？@Sobereva
A:
够呛，估计是算错了。
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2016.04.04 20:41:22
Q:
[图片]请求各位老师解惑，这是我看分子优化，计算过渡态的一篇文章。文章前面说用M06/6-31G（d，p）优化算频率分析，现在是用BMK/6-311++G(2D)
[图片]请求各位老师解惑，这是我看分子优化，计算过渡态的一篇文章。文章前面说用M06/6-31G（d，p）优化算频率分析，现在是用BMK/6-311++G算频率这不是肯定有虚频吗？还是我的理解错了？为啥这么做呀？
A:
说明BMK用来算单点，M06用来算热力学校正量、优化和振动分析
Q:
但是sob老师，他后面又给了这个图[图片]
这个意思是用BMK的单点加上M06的矫正和震动分析得到的热力学修正吗？
A:
y
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2016.04.04 21:00:29
Q:
sci-hub今天还好使么？
A:
好使
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2016.04.04 21:35:44
Q:
[图片]算荧光，如果我有溶剂，这里需要加吗？
A:
加
Q:
好的。谢谢您。我看您这个贴子，跟高斯官网的那个起步结果是一样的吧？看那个晕的。。。
A:
甭管高斯官网高斯手册，就看帖子就够了
Q:
两步都加吗？还是加第二步呢
A:
都加
Q:
[图片]sob老师，左边是我算的苯环，您写的说把S2，S3去掉，就是第二，第三激发态吧？
A:
y
Q:
那荧光出来，就一个激发态？
A:
了解kasha规则就明白了
Q:
额，这个还不了解，我去查查
查到了。sob老师，那您说的把S2，S3的振子强度，手动改为0，[图片]就是把我标注的改为0就可以了?
A:
y
Q:
[图片]这句是指，把所有的S2，S3改完振子强度，另存为out文件就可以出来荧光光谱？
A:
你的S1都是f=0，改完了全都是0了，就没有光谱了
Q:
谢谢sob老师，如果我换一个体系，它的第一激发f不为0，那么就可以出来荧光光谱？
A:
S1的f=0说明可能不满足kasha规则，可能从S2发射荧光
从哪个态发射就把哪个态的f保留，其它都设0
[图片]
[图片]
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2016.04.05 00:20:31
Q:
格林豪泰酒店是不是经常爆满？
A:
那倒不至于
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2016.04.05 11:48:31
Q:
老师：您好！昨天给您说过我的福井函数的所有值（f0,f+,f-)都是负值，是按照您的公式[图片]，我的体系是带-2电荷的。所以f+=p(-3)-p(-2);f-=p(-2)-p(-1).可是算出来还是负值，请问老师。您怎样看？谢谢！
老师：您好！之前看的文献中，类似的电子密度(拉普拉斯````）的单位是a.u[图片]，可是这里却出现了埃，请问这个可能是什么原因呢？(怎样计算的呢？）谢谢！[图片][图片]
A:
多一个电子的状态(-3)，电子密度即便不是每处都比原状态(-2)多，但总该有正值才对。你看看你算出来的f+加和是不是1。
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2016.04.05 11:48:31
Q:
各位，请问如果在高斯输入文件里加入水和DMSO两种溶剂，关键词怎么写
1:1加
A:
[图片]
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2016.04.05 11:48:31
Q:
请大家帮我看看，我用G09收敛的opt结构算频率，收敛标准降低了怎么还不收敛了？
OPT：[图片]
opt.log：[图片]
[图片]
freq：[图片]，泛函、基组和赝势都相同
freq.log：[图片]
#P Geom=AllCheck Guess=TCheck SCRF=Check GenChk RB3LYP/GenECP Freq
好的，谢谢。我就是觉得不可思议，第一次用guess=read, geom=check以为我哪里用错了
A:
这里写的很清楚：Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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2016.04.05 11:48:31
Q:
麻烦大家可以帮忙解惑一下：loose transition states与tight transition states是啥意思呢？
A:
前者是势垒较很低甚至没有势垒（但有自由能垒）的过渡态，后者是势垒较高，比较明确的过渡态。
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2016.04.05 11:48:31
Q:
def2tzvp对于Ca是全电子基组吗？计算含Ca元素的反应，def2tzvp好？还是SDD好？麻烦了解的老师，指点一下，谢谢！[表情]
A:
是。def2TZVP好，也贵得多
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2016.04.05 11:48:31
Q:
男神[表情]学生想弱弱地请教一个小问题：请问怎样去计算HOMO和LUMO轨道，像这样[图片]...
A:
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2016.04.05 11:55:18
Q:
跑IRC，加上DFT-D3矫正，为什么出现如下错误[图片]
在D版本里跑的
是版本不支持吗？
那高斯E版本支持吗？
跑IRC呢？
可以能量优化，但是为什么跑IRC，出现如上错误？
A:
我不太信你用的是G09 D.01，输出文件传上来看看
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2016.04.05 11:55:18
Q:
想请教下大家研究水溶液中的反应是怎么做的，反应是个典型的Proton-transfer过程？1.SCRF(隐式溶剂模型)，2.Cluster+SCRF(隐式溶剂模型+数个显式水分子)，3.Oniom（反应很多水分子包围）~~~
那有2个问题：1、如何判断水分子加入的个数，是看能量变换吗？2、水分子加入的位置？
都知道产物结构应该很容易的，最简单的把产物中反应形成的键拉伸~~~作为ts 输入构型
A:
图省事就直接隐式水模型，免得考虑显式水的位置和朝向。如果很明确水会影响质子转移，则以预期最可能参与质子转移过程的位置和朝向加进去，然后优化和过渡态搜索过程中会自发调节。
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2016.04.05 11:55:18
Q:
老师，论坛里的smutao为什么把帖子都删掉了？
A:
貌似发的一些东西被boss发现了，挨批了
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2016.04.05 11:55:18
Q:
%nprocshared=8
%mem=6GB
#p amber=(softfirst,uncharge) nosymm geom=connectivity
结果
QEq could not find charges in allowed ranges.
这，该怎么解决？
A:
大抵是QEq代码有问题，对当前情况算不出来，你可以看看输出文件里相关信息。实在不行就自己在输入文件里指定电荷吧
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2016.04.05 11:55:18
Q:
衡量分子内氢键的强度除了基于ELF的CVI指数还有什么更合适的波函数分析方法吗？
A:
BCP处V(r)/2，很常用也挺准确
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2016.04.05 11:55:18
Q:
请问，在构象分析时，有多个构象，需要用Boltzmann平衡，这时候读文献发现有用单点能，零点能，吉布斯自由能，还有全电子能，哪一种能量是最合适的呢？，谢谢
A:
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
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2016.04.05 11:56:03
Q:
可以问一下，我想找两个反应物参与的过渡态，知道产物结构，建模时两个分子片段位置，朝向有没有什么小技巧能更快的找到过渡态？
A:
PS：培训班里会通过一堆例子讲怎么初猜过渡态
Q:
啥培训？在哪呀？通知在哪里？
通知：北京科音自然科学研究中心将于2016年5月7日至11日于北京开办“第二届北京科音基础量子化学培训班”，以使得量子化学研究者以最好、最快的方式学会量子化学应用性研究所需要的几乎所有知识，并熟练掌握主流量子化学程序的使用。此培训由卢天博士（思想家公社群群主、计算化学公社论坛坛主、Multiwfn 程序开发者）讲授。本次培训详情、内容和报名方式请参见 http://www.keinsci.com/workshop/2KBQC.html。报名于5月4日截止，欢迎踊跃报名并转发消息。
A:
科音官网(www.keinsci.com)、计算化学公社论坛(bbs.keinsci.com)、本群群公告、思想家公社的门口(sobereva.com)上都能看到通知
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2016.04.05 12:00:51
Q:
谢谢Sob老师，麻烦问一下，咱们这次培训没有分子动力模拟的培训了？
A:
这次是量化班，和动力学没关系，动力学班是几个月之后
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2016.04.05 12:02:57
Q:
哦哦，谢谢老师，cc-pVTZ这个是全电子基组吗？
A:
是
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2016.04.05 13:49:25
Q:
老师，我给你转账了，预计最晚明天能到
A:
[表情]
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2016.04.05 14:33:17
Q:
这次培训好像是没有Multiwfn？
A:
会涉及一点。
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2016.04.05 14:33:17
Q:
老师，Multiwfn手册4.5.5中绘制片段密度差是时候，首先拿MN-NN的计算，那个MN-NN分子是不是事先已经优化好的结构，然后加关键词 #p b3lyp/6-31g* nosymm out=wfn，我看这个也是一个计算单点能量的，还有，绘制片段密度差，我有一个碱土金属离子（Ca2+）上吸附H2O的，这种不是中性的体系也照样可以采用手册的方法来绘制密度差吗？
A:
是
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2016.04.05 14:34:09
Q:
老师：您好！根据您的提示[图片]我算了一下，我的f+的总和是-1.000036@Sobereva
A:
显然你算反了
多一个电子减去原状态的结果，密度全空间积分必然是1
Q:
老师：您好！我再次的检查了下我的计算，输入文件，也看了对应的电荷，是正确的，算出的电荷如表所示，[图片]。体系是带（-2）电荷，所以N-1所对应的应该是-1，N+1：所对应的应该是-3. 发现算出的还是这样的，计算Hirshfeld操作在multiwfn中的操作是：7，[图片]；1，[图片]，1，[图片]
然后算出的结果。
A:
别忘了用原子电荷算简缩福井函数的时候符号要调过来，手册里强调了
Q:
恩，好的，终于弄明白了谢谢老师[表情][表情][表情][表情][图片]
老师：您好！还有一个问题，在我闭壳层的一个体系中，cyclo-Sb3, cyclo-Sb4,cyclo-Sb5,cyclo-Sb6中，我的cyclo-Sb3,,cyclo-Sb5,cyclo-Sb6的拉普拉斯密度为正，可是在cyclo-Sb4中拉普拉斯的密度确为负，请问是这个可以怎样解释呢？您帖子中说拉普拉斯密度为正表示电子发散，为负表示电子聚集。从而可以判断键的形式，可是您帖子中也特意提到了闭壳层的情况，请问您觉得我这个可能是什么原因造成的呢？其他这几个环中，其它实空函数的值都比较统一（至少说是符号一致）。您怎样看？谢谢！@Sobereva
A:
你是作图考察的还是考察的BCP的情况？
Q:
考察BCP的情况，
我这里主要是结合BCP和ELF一起考察键的性质，ELF我能解释，可是在BCP这，cyclo-Sb4的拉普拉斯密度的值出现了不一致，由于知识的浅薄，所以不知道该怎样去解释
A:
做平面图考察，此文专门说了
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
Q:
老师：您好！从平面图中，我能看出来，它能解释，可是按照进行拓扑分析后，输出的实空函数值中的拉普拉斯密度值就只有Sb4是负值，其他的Sb5,Sb3都是正值。这样，老师也是建议我做平面图吗？谢谢
A:
所以说此时只考察BCP是片面的，不合理的
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2016.04.05 15:41:23
Q:
[图片]请教下高斯计算时候遇到这个错误该怎么解决?
Sobereva 老师您好，我计算的虚频是一直是2，用服务器算一直出现core文件，请方便时帮我看看，非常感谢
[图片]
A:
core文件是啥？
Q:
core是ssh文件计算出现的错误
[图片]
A:
直接看log文件里的输出信息，甭管这些表面上的东西
Q:
log里也出现了错误
[图片]
A:
LiYuanhe(133063300) 15:18:26
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.04.05 16:29:36
Q:
请问，gaussian 用HF方法计算200个原子的单点能，能算的动吗？
A:
中、小基组可以
Q:
用了6-31g*
[图片]
计算一直停留在这里，
用了24G内存，48个核，
A:
用#P监控迭代过程省得被蒙
----------------------------------------------------
2016.04.05 16:32:43
Q:
不是，就是一个自由基C*跟氧气分子的反应，想评估一下C*有没有生成超氧的能力？
A:
算反应过程自由能变
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2016.04.05 16:35:01
Q:
[图片]老师，我想看log文件的收敛情况，改成后缀log，输入该命令为什么没反应？
A:
意义不明
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2016.04.05 16:35:01
Q:
@Sobereva老师：您上次说交换两个不可约表示相同的轨道是没有意义的，那么原理上来说我想交换两个不可约表示A'的轨道1,3,可以通过一个A''的轨道2作为媒介，交换两次？这样是否有意义？
谢谢
1-》2交换后，然后2-》3
A:
你就看交换前后，占据轨道中各种不可约表示的轨道的数目，如果和原先一致，则交换等于没有意义。
----------------------------------------------------
2016.04.05 16:36:33
Q:
[图片]老师，请问这段解释应该怎样理解呢？考察基态的电子结构，得到HOMO,LUMO轨道吗？如果要算荧光的话，我记得HOMO和LUMO轨道不是要在计算完opt td之后才有么？@Sobereva
A:
轨道在算完单点就有了
如果用的计算级别足够高，还是有说服力的
建议用M06-2X/def2-TZVP
Q:
老师，请问M06-2X/TZVP和M06-2X/def2-TZVP有区别么
A:
def2-TZVP明显大于TZVP（即def-TZVP）
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2016.04.05 16:48:06
Q:
谢谢老师，也就是说我在基态优化结束的时候，HOMO以及LUMO轨道就已经有了。那请问我要在笔者这样描述的基础上进一步研究的话，是不是可以考察它的excited state的HOMO以及LUMO，如果是的话，请问方法就是计算完opt td之后，用multiwfn查看HOMO、LUMO么？
A:
没有所谓激发态的HOMO、LUMO
----------------------------------------------------
2016.04.05 16:49:00
Q:
[图片]我想用您提供的方法看一下收敛情况，但是我的输出文件后缀名是log
A:
自行改后缀就完了
Q:
就是把文件后缀改成out，还是说把该命令的后缀改成log？
A:
都行
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2016.04.05 16:50:55
Q:
谢谢老师，您指的占据轨道应该是指活化空间的吧
这也是我的一个疑问，也就是说换轨道前后活化空间的A'和A''数目会有变化，才有意义
A:
我说的是SCF计算，不是指CASSCF计算的情况
----------------------------------------------------
2016.04.05 16:51:20
Q:
老师请看：[图片]请问它这里提到的LUMO,HOMO，指的就是算完基态结构/单点之后的HOMO，LUMO么
A:
y
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2016.04.05 16:53:00
Q:
sob,参加过去年培训，今年参加只需要1500吧
A:
对
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2016.04.05 16:53:31
Q:
ACS论文是个什么水平的啊各位老师
A:
看具体是ACS的什么期刊了，chemical review是JPCA影响因子的10倍
Q:
[图片]
A:
这个IF=4.6，还不错
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2016.04.05 16:57:15
Q:
老师，刚查到你之前说的用rwfdump提取跃迁密度矩阵提取不出来，现在有办法提取出来吗？我用Gaussian09 D.01的rwfdump提取出来的第一项为什么是个xxx-312？而且出现了84433项，根据我的基函数数目算了半天也没找出基函数是怎么分配的[图片]
A:
你就用density=transition=x iop(6/8=3)来打印出来就完了
----------------------------------------------------
2016.04.05 16:58:43
Q:
请教，VMD里图片怎么方便的移动，能否像GV里一样，拖动鼠标就可以，谢谢
A:
按t进入平移模式，然后拖动
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2016.04.05 17:06:03
Q:
sob老师，我要冻结一部分原子，并且不参与SCF迭代，作为纯刚性结构的话，命令怎么写？
A:
冻结归冻结，这是几何坐标问题，但不可能原子不参与SCF迭代。
Q:
只是4个判据，不考虑冻结的结构？
我在一个金属表面吸附了一个分子，把金属都冻结了，分子吸附在表面，怎么也达不到收敛标准，不知道为什么
A:
几何优化判据在判断的时候是忽略掉被冻结的原子的
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2016.04.05 19:48:58
Q:
老师，这次又志愿者吗
A:
本次不设志愿者
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2016.04.05 19:49:23
Q:
请问各位老师，如果我优化一个激发态，先用TD+HF优化，然后在优化出的结构上换B3LYP来做，那第二步还用不用TD？
A:
第二步想干嘛？算基态就不用TD
Q:
老师，我的意思是优化激发态分两步来做，第二步想在第一步优化出的结构上继续优化。
A:
一步就完了，何故分两步？
Q:
因为最近做一步总是优化不出来，我想着能试下先用HF来做，然后再用DFT。
A:
没这个必要
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2016.04.05 19:50:29
Q:
我是最近在实验的过程中发现晶体在100 的方向上的生长尤其受温度影响大但这个方向上的作用力也就多一个C-H..π 想从温度影响C-H...π来解释不知道合不合理
A:
你可以用aRDG方法分析，见
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186
aRDG原文里就用pi氢键的例子。可以在不同温度下跑出MD轨迹，用aRDG分析相互作用受温度的影响
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2016.04.05 19:51:23
Q:
请问sob老师，在Mayer bond 的分析中，选择Multicenter bond的-3/-4/-5对应的是three/four/five-center bonds，这个3中心、四中心和AdNDP分析中的3中心、四中心有什么联系？谢谢。
A:
有直接对应关系，此文把多中心键级和AdNDP结合进行讨论
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
字号不要超过12
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2016.04.05 19:58:05
Q:
我现在用高斯找过渡态，作业出错，想继续算，如果想restart这个出错的作业，是不是首先需要把之前出错的chk文件拖进新的作业目录下，保证新的作业名称与chk文件同名，然后需要加入opt=restart, guess=read, geom=allcheck这些关键词？
A:
看这个
http://www.gaussian.com/g_blog/faq2.htm
----------------------------------------------------
2016.04.05 20:24:40
Q:
请教一下，找过渡态，虚频在什么范围算是正常的，我算的过渡态有时候几十，有时候2000多，就是普通的质子转移，断键（C,H,0之间），成键反应？
A:
几十肯定不对，几百几千都有可能
Q:
恩恩，那这个是根据具体反应来吗?具体应该怎么判断？
比如这个，就是生成自由基的一个反应
A:
算完之后，振动方向合理，IRC走得通就对
----------------------------------------------------
2016.04.05 20:27:53
Q:
sob您好，请问在哪里能下到用于体数据转换的V3程序，谢谢
A:
http://www.stereofx.org/volume.html
----------------------------------------------------
2016.04.05 20:33:31
Q:
[图片]
想问一下，我们理论上能计算出这种类似的图吗
可以通过HOMO和LUMO，计算出来吗
谢谢
A:
HOMO、LUMO是对孤立体系而言的。对孤立体系，计算氧化还原电位应当通过计算电离能、电子亲和能来计算，HOMO、LUMO只是极为粗略的近似。
对于周期性体系，可以计算导带底和价带顶的位置来得到图中的数据
Q:
所以上面图中可以通过对周期性体系计算得到？
A:
y
Q:
还有一个问题
计算出了导带底和价带顶以后，想把计算结果插入到上述途中
是不是，还要理论计算出水的导带底和价带顶的位置
也请问一下sob老师
，刚才能带那个
计算出了导带底和价带顶以后，想把计算结果插入到上述途中
是不是，还要理论计算出水的导带底和价带顶的位置
A:
水不能说导带价带，那是孤立分子
一般以298.15K下普通氢电极(SHE)的电势4.44V作为参考值，当成零点
字号不要大于12
发言时候的字号。见群共享里的群规
----------------------------------------------------
2016.04.05 20:34:50
Q:
请问sob老师，Multiwfn例子里的[图片]两个C-C之间形成共价键，共价键和内部的壳层用蓝色的环形分开，两个C原子之间形成共价键，为什么蓝色是环状的？为什么说最里面的F有一对单独的电子？谢谢。
A:
因为原子内部壳层是球形的，壳层间隙也自然是球形的。F在非成键的区域有一块明显的高定域性区域，这明显是定域性较强的孤对电子在那里
Q:
谢谢sob老师，如果两个原子之间的共价键大，会不会让蓝色的圆形发生变形？
A:
变形是会有的，但是变形程度很小，一般图上察觉不出来
Q:
图中的两个C-C,只有它们两个院子之间在一条线上形成了共价键，我感觉，这个时候应该会变形。
[图片]
A:
价电子分布变形是明显的，最外层壳层间隙变形没那么明显
----------------------------------------------------
2016.04.05 20:46:50
Q:
sob老师写过CCD的程序没？
A:
没。相关问题你可以群里梦藏秋
----------------------------------------------------
2016.04.05 21:25:52
Q:
几个能量还是对不起来，可以说对应的英文么？因为中文每个人翻译的不一样[图片]请问SOb老师，读了你推荐的帖子后，感觉
A:
最后一个
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2016.04.05 21:39:46
Q:
请问multiwfn可以给出IRC过程相关键长的变化曲线吗？
A:
这个gview就能实现，和Multiwfn无关
[图片]
Q:
可是GV不能同时直接给出这么多键长数据
A:
挨个绘制，导出数据，在origin里一起作图
Q:
要一个个地复制粘贴太痛苦了。sob老师，怎么挨个绘制？是导出那个结构参数吗？
A:
就是幻灯片里的图，gview里显示出来后，点右键，可以把键长随IRC坐标的变化数据导出来
Q:
明白了，这个是GV09吧？
A:
gv5.0.9
----------------------------------------------------
2016.04.05 22:02:56
Q:
[图片][图片]老师，网上说加上restart，maxcycle就可以解决这样错误，但是我加了后还是出现这个错误，是不是应该把步数继续调大到200？
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
别信除了计算化学公社论坛以外的网上的讨论，>95%都是不靠谱的
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2016.04.05 22:06:53
Q:
请问一下培训班发票内容可以开会议注册费吗？
A:
可以
Q:
[图片]
导师说要开会议注册费，可以的话就好
还有就是邀请函里边能不能加上打款的银行账号
还有盖章能否不是pdf的
A:
邀请函要做哪些修改，你在报名邮件里注明就行，到时候会给你特殊的邀请函
报到时候会给你纸质版直接盖章的邀请函
----------------------------------------------------
2016.04.05 22:07:54
Q:
真想问问老师，除了我还有谁刷二周目了
A:
还有人
培训班就跟levine的书一样，每年（每一版）都有改进和扩充，二周目不亏
----------------------------------------------------
2016.04.05 22:14:12
Q:
请问一下哪里可以下载到散乱的体数据
A:
这不好找下载，自己写个程序生成就完了
----------------------------------------------------
2016.04.05 22:21:56
Q:
，请问有会议通知吗？
A:
看群公告
Q:
带章子的
A:
当然有
这些在通知里都详细说明了
Q:
报销用，现在我们单位要求必须刷卡，否则不能报
有办法刷卡不？
A:
以前也有参加者有同样的问题，这种情况我们会提供这样的证明文件
[图片]（纸质版会盖公章）
----------------------------------------------------
2016.04.05 22:23:56
Q:
老师，Multiwfn绘制密度差的时候，我对照手册，在绘制contour map的时候，我看手册上是可以选定三个原子然后绘制，我们只能选定三个原子吗？可以自由的选定自己所需要的原子吗？
A:
意义不明。三个点定义一个平面。
----------------------------------------------------
2016.04.05 22:30:54
Q:
请问，培训费是多少
A:
看群公告里的通知
----------------------------------------------------
2016.04.05 22:35:15
Q:
Sob老师能不能帮我看下，这个算BSSE的哪里错了，一算就退出
A:
你都没定义哪些原子属于哪个片段，参考此文的例子
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
Q:
老师，对不起，刚那个文件错了，改了
这样写了片段也是退出的
把离子液体看成一个片段，算其和HF的作用能
A:
还是没定义啊
看博文
Q:
你说的这个我详细看过了
老师：%chk=BmimAc-HF8-E.chk
%nprocshared=8
%mem=1000MW
# rb3lyp/6-31+g(d,p) counterpoise=2
BmimAc-HF8-E
0 1 0 1 0 1
这不是定义了吗？
A:
[图片][图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.05 22:36:04
Q:
老师：您好！我看到一篇文献中说[图片]。这里的亲电性指数有一个范围，（0.041 to 0.135).说可能发生质子袭击，也就是说，这个位点容易发生亲电袭击，请问这个范围的是怎样定义的呢？
A:
大抵是根据当前文章研究的分子已知情况和计算的数值判断的
----------------------------------------------------
2016.04.05 22:36:31
Q:
有谁有Q-Chem，给个资源吧
A:
Q-Chem和Mac地址绑定，下载了你也没法用，但可以申请试用的license
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2016.04.05 22:41:43
Q:
咨询老师一个问题，这个ECD光谱的这个cgs (10^-40 erg-esu-cm/Gauss), 数值，在高斯计算td文件中找？我看ECD光谱是multiwfn利用td 文件做的，谢谢指点。
A:
什么意思？这就在输出文件里
Q:
恩，刚刚看您的帖子看到的，就问问在哪，我找到了高斯文件，是不是在这：[图片]，谢谢老师
A:
y
----------------------------------------------------
2016.04.05 23:35:37
Q:
请教老师一个问题，用洋葱方法做蛋白计算。蛋白太大了，需要从中截掉大部分，只留小部分进行计算。但是这样截取的话，会产生一些短的肽段。这些肽段需要加头（N-H3）补尾（CO-O）吗？
A:
一般是用甲胺和乙酰来封闭
----------------------------------------------------
2016.04.06 12:44:32
Q:
请问老师，为什么要加弥散？书上说需要的情形为阴离子，电负性高的原子F、CL，计算电子亲和能和气相酸度，弱作用如氢键和范德华力。但好多人不属于上述范围的计算也加了弥散，如算均裂，自由基等。谢谢
A:
徒很多人都在乱加弥散，毫无意义白费时间。
此文没提及的情况都甭加
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
----------------------------------------------------
2016.04.06 12:44:32
Q:
请教一下sob老师
像ccpvtz(−f), lacv3p+，具体在Gaussian中怎么输入？
怎样能够对基组有进一步的认识？
A:
cc-pvtz(−f)显然就是把cc-pvtz的f极化函数给砍了。LACV3P+看此文
LACVP这类方式命名的基组的含义
http://sobereva.com/213
----------------------------------------------------
2016.04.06 12:44:32
Q:
我再做BSSE校正的时候，结果显示normal terminatioan 但是用gaussian view 查看的时候虚频没显示这算是正常结束吗？
还有就是在看了sob老师关于bsse校正的文章之后，感觉理论懂了，但是具体怎样操作算Fragment1和fragment2的相互作用能还是不太懂，具体是怎么算呢？
[图片]
A:
counterpoise任务不要和频率计算搅合在一起。counterpoise仅适合对于计算相互作用能来用
----------------------------------------------------
2016.04.06 12:44:32
Q:
请问MS里，能否从一个结构自动生成它的手性结构呢
A:
MS里忘了，在gview里做一下mirror invert就行了
----------------------------------------------------
2016.04.06 12:45:22
Q:
解析梯度不懂，求解释
A:
数值梯度和解析梯度是怎么回事http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1169
----------------------------------------------------
2016.04.06 13:02:45
Q:
各位老师好，我有一个问题，烦请老师们给一些建议，多谢多谢多谢。
我有一个蛋白，该蛋白有两种构象A，B.
构象A,B有不同的吸收谱（因为这个蛋白含有一个色素分子，类似血红素）。A构象的吸收谱是SA，B构象的吸收谱是SB.
现在我得到一种中间状态M，吸收光谱为SM.....
我想计算M状态中构象A和构象B的比例。方法是用A构象的光谱SA和B构象的光谱B拟合状态C的光谱SM:
公式为SM=a*SA+b*SB
在这里要求系数a和b，请问各位老师应该用什么办法来实现呢？
问题罗嗦，实在抱歉，还请稍稍给些启发，多谢多谢多谢.
A:
就是传统的最小二乘法。把光谱曲线要先离散化成间隔均匀的数据点，让(SM-(a*SA-b*SB))^2作为误差函数
----------------------------------------------------
2016.04.06 13:06:01
Q:
请问sob老师，我在利用bond order analysis，选择Multi-center bond order analysis,选择-3（three-center）的时候，1-4-5和5-4-1三个原子，为什么结果不一样？谢谢。[图片]
A:
这是原理本身的问题，不一样是正常的，手册里也提了。可以取平均值，或者基于NAO来计算多中心键级，此时也不会有输入顺序的依赖性。
----------------------------------------------------
2016.04.06 13:06:01
Q:
CFOUR和PSI4是什么关系，PSI4上面为何好多CFOUR的信息
A:
peace 并没有什么直接的关系，开发者也不是一路人
----------------------------------------------------
2016.04.06 13:06:01
Q:
老师您好，我现在用KisThelP，TST方法计算反应速率常数时得到的结果与实验结论相差巨大，有几十个数量级，自己也实在想不到是哪里出问题了。另计算所得的阿累尼乌斯方程中的指前系数A倒是十分吻合实验得到的速率值。请老师指点下可能出错的原因。谢谢老师！
A:
可能原因：TST此时不适用、计算的反应路径和实际不符、隧道/溶剂效应考虑不充分、势垒计算精度不够高、计算模型与实验缺乏可比性等等
----------------------------------------------------
2016.04.06 13:12:59
Q:
老师：您好!根据福井函数计算得出A点是亲电袭击的位点，是否可以说这个位点容易发生酸催化反应，但是我用CO分子与这个位点作用时，发现他们两者根本就不会发生作用，反而和那个容易发生亲核袭击的位点发生了相互作用，请问老师：这个说明什么呢？可以怎样来解释呢？谢谢！@Sobereva
[表情]
A:
没具体情况不好说。往往福井函数是用来解释的，而不是预测的。
----------------------------------------------------
2016.04.06 13:12:59
Q:
[图片]请问各位老师进行NBO计算时这部分输出信息什么意思呀？
谢谢，请问这部分信息是说明2号Au和7号C成键时，主要的贡献都是S轨道吗？
谢谢
请问各位老师NBO计算时怎样能够判断第一个中间体是共价作用还是静电作用？
A:
看这些
NBO分析资料汇总http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
里面有例子
可以说s起主要贡献，建议结合轨道图形进一步考察
靠NBO根本判断不了共价作用、静电作用，太抬举NBO了
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2016.04.06 13:12:59
Q:
重复文献上的内容，每次都是计算结果比文献上的大两倍
文献是200kJ/mol，我得到的每次都是400+kJ/mol
想请教下老师们，为什么会差别那么大啊？
A:
直接问作者，或者要他们的输入输出文件对照一下就清楚了，否则别人谁也说不清楚
----------------------------------------------------
2016.04.06 13:12:59
Q:
[图片]请教各位老师，这个分子轨道是如何跟PDOS的峰一一对应起来的？横坐标的E-Ef是什么意思，我用MS做的找不错规律，谢谢
哦哦，那轨道跟峰怎么对应呢
A:
用Multiwfn绘制出PDOS图，图上有离散的竖线对应于轨道，看不同的峰主要对应于哪个竖线，再找出对应竖线的轨道，作出图就完了
----------------------------------------------------
2016.04.06 13:12:59
Q:
IRC; this type of calculation cannot be archived. Normal termination. GaussView打开提示 Unsolvable inconsistency between charge and multiplicity and orbital occupancies. Orbital data will be ignored；不需要轨道的话，无视这个错误就行？
嗯，其它都挺正常的，只是取头尾结构保存后电荷和多重度不对。我猜测手动改了再优化就行…
A:
能看结果就行，不用管这个
----------------------------------------------------
2016.04.06 13:12:59
Q:
迭代过程中，会出现系数矩阵线性相关么？
嗯嗯，那个是初猜时候出现的，计算中出现，就难以理解了。在gamess里面好遇到迭代过程中，出现线性相关的了，很罕见
我稍微修改迭代方式，就解决这个问题了。按理说，S本征值迭代中不可能出现0啊
A:
看具体是指什么矩阵。S矩阵仅在最开始计算一次，解决线性依赖也是在迭代前就解决，除非是几何优化，否则不会在迭代中才出现0本征值。
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2016.04.06 13:17:14
Q:
[图片]sob老师，写了IOp(6/8=3) density=transition=1 out文件里的这个地方是跃迁密度矩阵吗？跃迁密度矩阵是n_occ*n_virt维的啊，但是我看这个density matrix是n*n维的，n是轨道的总数，是不是激发态或基态单独的密度矩阵啊？
A:
跃迁密度矩阵本来就是nbasis*nbasis维的
此文也是直接对这个矩阵绘图
绘制跃迁密度矩阵平面图分析电子跃迁
http://sobereva.com/136
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2016.04.06 14:08:48
Q:
Chemical Society Reviews里面竟然有：“Tutorial Review”
比chemical review更加贴近大众啊
A:
然
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2016.04.06 14:31:22
Q:
[图片]
foresman这么胖[表情]
foresman和frisch
A:
胖的是frisch
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2016.04.06 14:58:20
Q:
求一下Levine的Quantum chemistry第五版或第六版[表情]
就是文件共享里面是吧？
A:
群共享里都有
[图片]
[图片]
Q:
看Quantum chemistry第五版就够了吧？还是最近最新的第七版？
A:
第5版够用，但当然有新的推荐看新的
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2016.04.06 15:00:21
Q:
http://bbs.keinsci.com/thread-270-1-1.html这是我在论坛里找到的一段关于int=ultrafine对能量影响的问答，我想问的是，怎么才能判断一个参数如SCF=NoVarAcc，SCF=noincfock对能量有直接还是间接的影响呢？
http://bbs.keinsci.com/thread-270-1-1.html这是我在论坛里找到的一段关于int=ultrafine对能量影响的问答，我想问的是，怎么才能判断一个参数如SCF=NoVarAcc，SCF=noincfock对能量有直接还是间接的影响呢？
A:
SCF=NoVarAcc，SCF=noincfock对能量没有直接影响
只要收敛了，用不用这俩结果原理上一样
Q:
那请问，是不是只要不影响积分精度都不会直接影响到能量？@Sobereva
A:
说得不确切
----------------------------------------------------
2016.04.06 15:05:53
Q:
请教各位：高斯在做柔性势能面扫描时，可不可以同时扫描两个变量，让结果是一个势能面。
例如，扫描一个原子坐标从0 0 0变化到10 10 0，但是是x方向走10步，y方向走10步，总共100个点，其他原子是优化的。
求助写法，谢谢各位。
A:
可以同时扫，坐标后面写多个要扫的就完了
Q:
sob老师我说的是柔性扫描刚性的scan是可以同时两个坐标的柔性的就只给我优化一步了我在网上看了您的帖子柔性扫描输入文件最后给定的是 B A 或D这样的变量但我想让变量是X和y 这样可以么
我贴一下我的写法
scan
H 0 X1 Y1 0.0
X1 -8.0 80 0.2
Y1 -0.5 45 0.2
这种刚性扫描是可以的
opt=modredundant
H 0 X1 Y1 0.0
X1 -5.00 S 50 0.2
Y1 1.20 S 31 0.2
这样想柔性扫描就不好使了只给优化一步
A:
柔性扫描是在冗余内坐标下做的，没法实现这种。
Q:
我这个算例就是一个原子在一个表面上动为了考察在表面上的势能所以最直接变量就是x和y sob老师这种计算可以实现柔性势能面么
A:
没法靠柔性扫描直接实现
----------------------------------------------------
2016.04.06 15:23:37
Q:
Multiwfn_3.3.9(dev)_bin_win.rar 括号中的(dev)是什么意思?是代表测试版本吗？
A:
开发版
----------------------------------------------------
2016.04.06 15:29:02
Q:
老师，高斯中给出的偶极矩x,y,z，三个方向，请问这三个方向的定义和用gaussianView打开查看坐标轴的方向是一致的么
A:
取决于你看的是哪处的偶极矩的输出，标准朝向下的还是输入朝向下的。
反正你在gview里直接观看偶极矩箭头，和显示的笛卡尔轴的关系是正确对应的
Q:
老师，这标准朝向下的还是输入朝向下的这个是咋区分的？谢谢老师
A:
[图片]
[图片]
Q:
那在gview里直接观看偶极矩箭头是和标准朝下还是输入朝下的一致呢[表情]
A:
没用nosymm时就是标准朝向下的
----------------------------------------------------
2016.04.06 15:30:25
Q:
sob老师，ubuntu下编译multiwfn提示找不到 -lXm -lGL，需要安装哪些库
A:
编译说明里说了
----------------------------------------------------
2016.04.06 15:37:23
Q:
[图片]
问一下大神
这个过渡轨道的类型在哪里看啊
A:
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
----------------------------------------------------
2016.04.06 15:52:50
Q:
sob老师
博客里面，Gaussian电子布居输出内容的解释，这一篇文章打不开
A:
别看那个，没什么价值
布居分析用Multiwfn来做，输出信息丰富、清楚得多
----------------------------------------------------
2016.04.06 15:55:35
Q:
老师这是我的输入文件，[图片]但是结果会有[图片]错误，请问这是什么原因
A:
哪个g09版本？
Q:
老师怎么看g09的版本
Gaussian 09: EM64L-G09RevA.01
A:
用D.01
Q:
怎么换，是A.0成换成D.01
[图片]是这个吗，老师
A:
y
Q:
请问老师，我运算是在学校的服务器上，是安装到我的笔记本上，还是学校的服务器上
A:
当然是学校的。而且你得下linux版
----------------------------------------------------
2016.04.06 16:19:22
Q:
sob老师，发票可以开“技术培训费”吗？
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.04.06 16:34:08
Q:
老师您好，求问输入文件末尾wfx文件的输出路径该怎么写
您有这方面的帖子吗
A:
诸如/sob/ltwd.wfx
Q:
%wfx=/***/***/我的文件名.wfx。对吗
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.06 16:53:18
Q:
请问各位老师，高斯计算，遇到下面问题，怎么解决[图片]
A:
opt里写cartesian
----------------------------------------------------
2016.04.06 16:53:58
Q:
请问，高斯计算Hirshfeld charge的关键词是什么呀？我再G09 keyword中没有找到[表情]
A:
用multiwfn算，看手册4.7.1节的例子
----------------------------------------------------
2016.04.06 16:58:54
Q:
sob老师你好：请问：AdNDP分析中对于不同的nc-2e结果的取值，程序的阈值是1.7，我想问下，1c-2e是越接近2越好，可是，最低取到多少合适？我认为只要不小于1.9就可以？
还有，2c-2e和3c-2e的最小值取到多少最合适？是不是3个原子构成的一个三角形就肯定存在一个3c-2e？
A:
没有多少合适一说，要看具体体系，“必须”反复摸索。有时候急于取出占据数低的，哪怕是比如1.91的，也可能会漏过之后占据数更高的更多中心的AdNDP轨道。
并不一定存在3c-2e。结合ELF判断为宜
Q:
谢谢sob老师，我就是想把AdNDP的结果和LOL,ELF的结果相符合。但是，出现了一些偏差。
我也看你博文了，说是要以ELF LOL的结果为准。
A:
Hirshfeld是所有原子电荷计算方法里计算福井函数、双描述符最佳的
Q:
[图片]
A:
那不一定，也没准是四中心的
而且就算是三中心的，彼此间会有所交叠，取出一个三中心AdNDP后剩下的可能占据数变得很低了
试试便知
Q:
好的。谢谢sob老师，一切先以LOL的结果为准，然后再去考虑AdNDP的结果，这个思路对吗？
A:
综合考虑
Q:
如果两个结果有出入，肯定得有个偏重吧？
A:
先顾及多中心键级和ELF/LOL
----------------------------------------------------
2016.04.06 17:32:51
Q:
咨询一下老师，在您的这个帖子中http://sobereva.com/224 这个绘制拉曼光谱。[图片][图片]这个19，从哪找到？我没看到这个19选项？谢谢老师。
A:
用最新Multiwfn版本，老版本没有
----------------------------------------------------
2016.04.06 17:46:14
Q:
sob老师
每种角动量的弥散函数的指数小于基组中其它同等角动量函数的最小指数的数倍，这句话是什么意思
A:
高斯函数的表达式你知道吧？
指数越小，高斯函数分布范围越广，即越弥散
----------------------------------------------------
2016.04.06 18:58:35
Q:
How to associate the PCM model with the H-Bonding effect (considering the fact that PCM is a continuum models involving dielectric)
这要怎么理解？
A:
没上下文没法具体说
靠PCM模型没法表现溶质与溶剂间的氢键
----------------------------------------------------
2016.04.06 19:30:39
A:
老是有奇葩人
繁，华似锦 19:21:56
请问能不能帮忙解答一下
繁，华似锦 19:21:59
谢谢了
Sobereva 19:22:14
问题要描述清楚
注意我qq签名
繁，华似锦 19:23:01
。。。
繁，华似锦 19:23:05
知道了
繁，华似锦 19:23:10
群里活跃吗
繁，华似锦 19:23:39
。。。
繁，华似锦 19:23:41
打扰了
什么所谓的贝塔电荷，要算什么都不说清楚，提示明确写着No such file or directory也不知道看
Q:
看起来是私聊的记录
A:
是的。
一看就是浮躁不堪的人
Q:
其实老师可以设置不发起临时会话
A:
但是有个别情况需要私聊，不能全都屏蔽
----------------------------------------------------
2016.04.06 19:31:15
Q:
跑了个irc,产物和反应物的方向反了，怎么把他们掉换位置？
A:
把IRC图水平翻转一下就完了
----------------------------------------------------
2016.04.06 19:34:22
Q:
大神见谅哈，这种人应该不少。从我打过交道的老师科研人员来说。我有一个一致的印象就是我天下第一我天下无敌。哈哈，都很自傲！
A:
水平很高的人自傲无妨，最反感那些什么都不懂还自我感觉良好的人
----------------------------------------------------
2016.04.06 19:35:55
Q:
老师这是我在一篇文献练习时的输入文件，然后出现了下面的情况，这是什么原因呢？
[图片]
A:
老生常谈的不收敛，确认几何结构无误，去掉弥散再试
----------------------------------------------------
2016.04.06 19:48:11
Q:
我能力不够，我博士毕业再加入
加入科音是责任，而不是炫耀的资本
iop那些乱七八糟事什么意思，要弄懂
我想起一句不恰当的话，有能耐的人不一定能通过考试，但通不过考试的，一定不是有能力的人
A:
把评委惹毛了更通不过考试[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.06 20:02:17
Q:
[图片]老师，在计算激发态时，第二激发态和第一激发态的电子组态、能量完全相同，是相当于一个简并态，需要把两个态的f加在一起，那跃迁能也需要两个态的加和吗？@Sobereva
A:
跃迁能没法加和。f没必要手动加，在作图时已经自动体现了
Q:
还想请问老师一个问题，CIS wavefunction symmetry could not be determined这句话需要考虑吗？会对振子强度及跃迁能产生影响吗？@Sobereva
A:
不用管，只不过显示不出电子态不可约表示而已
----------------------------------------------------
2016.04.06 20:04:53
Q:
sob老师，
Def2-SVP 这个基组是不是对金属原子没有使用贋势
A:
对前四周周期都是全电子基组，对之后是赝势基组
Q:
全电子基组的水平是多少啊？
A:
什么意思？
就是2-zeta+极化，差不多6-31G**
Q:
sob老师
劈裂价键基组，如6-31G，每个价层电子轨道则会被劈裂成两个基函数，分别由3个和1个高斯型函数线性组合而成。
劈裂成两个基函数的意思，是价层轨道由这两个基函数描述，这两个基函数也是要线性组合的吗？
A:
对于收缩型基函数（31里的3），是由primitive高斯函数线性组合成的
Q:
恩
1就是一个primitive高斯函数
A:
y
Q:
3和1之怎样一起描述的价层轨道的呢？
A:
[图片]
[图片]
基组在培训班里会非常详细地讲解
----------------------------------------------------
2016.04.06 20:15:12
Q:
老师：您好！请问怎样在高斯中导入Al2O3的晶体结构数据呢？谢谢！
A:
gview打开相应的cif文件
----------------------------------------------------
2016.04.06 20:25:54
Q:
会培训VASP吗？
A:
不会开VASP培训班的，否则会被VASP代理找麻烦
----------------------------------------------------
2016.04.06 21:41:12
Q:
请问一下，思想家公社专用邮箱是多少？
想看下计算化学相关的英文电子书[表情]
[图片] 【传说】Sobereva 分享文件 21:41:10
"公社邮箱公告及内容索引.txt" 下载
A:
传群共享了
----------------------------------------------------
2016.04.06 21:49:33
Q:
[表情][表情]
老师，，，培训课程有在线报名的吗[表情]
A:
没有
填写报名表发科音邮箱里就完了，很简单，一分钟的事
Q:
其实我的意思其实是能不能在线报名观看培训视频[表情]
距离一个南一个北，所以想到了这个办法[表情]
A:
不会有培训视频的
----------------------------------------------------
2016.04.06 22:12:17
Q:
求关于Jahn-Teller effect的介绍，不是google的那些
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2818
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2016.04.06 21:41:12
Q:
请问一下，思想家公社专用邮箱是多少？
想看下计算化学相关的英文电子书[表情]
[图片] 【传说】Sobereva 分享文件 21:41:10
"公社邮箱公告及内容索引.txt" 下载
A:
传群共享了
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2016.04.06 21:49:33
Q:
[表情][表情]
老师，，，培训课程有在线报名的吗[表情]
A:
没有
填写报名表发科音邮箱里就完了，很简单，一分钟的事
Q:
其实我的意思其实是能不能在线报名观看培训视频[表情]
距离一个南一个北，所以想到了这个办法[表情]
A:
不会有培训视频的
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2016.04.06 22:12:17
Q:
求关于Jahn-Teller effect的介绍，不是google的那些
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2818
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2016.04.07 00:47:09
Q:
#p opt amber=softfirst nosymm geom=connectivity 计算
[图片]
这是log文件的最后几行，请问，有收敛的希望吗？
A:
无
Q:
[表情]怎么办呀
加loose关键词可以吗？
A:
loose是管量化优化的，对分子力场优化没用，不是同一个模块
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2016.04.07 00:47:09
Q:
#p opt amber=softfirst nosymm geom=connectivity 计算
[图片]
这是log文件的最后几行，请问，有收敛的希望吗？
A:
无
Q:
[表情]怎么办呀
加loose关键词可以吗？
A:
loose是管量化优化的，对分子力场优化没用，不是同一个模块
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2016.04.07 11:50:18
Q:
[表情]要做Sobereva的二助理
早就知道了我进群的第一天就这么说的
A:
从没这么说过
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2016.04.07 11:50:18
Q:
二助，你研究过配位化学吗？
是OH-和过渡金属配位强，还是H2O
[图片]
像这种就是二者之间配位了吧，但是正负离子之间就不会形成离子键吗
如果O上面电子云有跑到Ni上，是不是就可以理解为配位键
离子键不就是正负电荷的相互作用
而配位键肯定有电子对的转移什么的
A:
配位键属于共价键。有很多方式可以区分共价键还是离子键，比如能量密度、eta指数等等，用Multiwfn来分析
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2016.04.07 11:57:59
Q:
从定域程度上来分
定域：自然键轨道(NBO)、定域化分子轨道(NLMO)
半定域：AdNDP轨道
离域：正则分子轨道(CMO)、自然轨道(NO)
从理论方法来分
CMO、NLMO：对HF、KS-DFT而言的
NO：对后HF而言的
AdNDP、NBO：对HF、KS-DFT和后HF波函数都可产生
A:
凡是用了多行列式的，即所有后HF方法、MCSCF，都没有分子轨道的概念
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2016.04.07 11:57:59
Q:
自然轨道特征和分子轨道很相似，都是离域性比较强。分子轨道是HF/DFT计算产生的，每个轨道占据数都是整数，有相应的能量值（即Fock/KS算符的本征值）；自然轨道是后HF计算产生的，是后HF密度矩阵的本征函数，价层自然轨道的占据是分数（对于闭壳层，在0~2之间），并且没有相应的能量值。
正则轨道就是指直接求解HF或KS-DFT方程得到的轨道
自然轨道是对于后HF而言的。后HF脱离了单电子近似，本身没有HF、KS-DFT那样的轨道的，但是可以通过对角化密度矩阵来得到一套轨道，就是自然轨道。
自然轨道和正则分子轨道一样也是有高度离域特征的。
说得很详细。弱问一句：这个自然轨道，和NBO分析里面的自然轨道是一个意思吗？
那NPA呢？
好像你是对的。
NPA里面也是NAO是吧。
和这个NO不一样，是吧？
NO是对整个体系的密度矩阵对角化得到的
NBO是对密度矩阵的一个块（对应局部1~3个原子）对角化得到的，可以认为是1~3中心的自然轨道
谢谢。太完美。
A:
NBO并没有自然轨道。NO是对整个密度矩阵对角化得到的，NBO是对以NAO为基的密度矩阵当中的特定的块对角化得到的。NBO和NO的共性是占据数非整数，区别是NO离域性和MO一样强，NBO定域性和LMO一样强。
NPA是自然布居分析，是NBO中获得NAO以及其占据数的方法。
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2016.04.07 11:57:59
Q:
请问氧气分子以配位的方式存在一个体系中的时候，这个体系的基态是3重态还是单重态？
就是说可以忽略氧气的？
我的体系本来是单重态是基态的，可配位了氧气分子后就不知道了。。
5就不用了吧？@娃娃-首席卖萌官
A:
如果没有过渡金属，就考虑1、3就够了
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2016.04.07 11:58:27
Q:
sob老师
通过能量密度、eta指数怎样分析，某个键是配位键还是离子键，有什么标准吗？
其次，要得到能量密度、eta指数，在Gaussian要输入什么命令？
A:
看此文
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
用Gaussian产生wfn文件，然后用我写的Multiwfn进行分析计算
[图片]
[图片]
[图片]
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2016.04.07 12:00:22
Q:
请问现在很多方法后面写个F12这个是什么意思呢？
A:
是相应方法的显式相关版本，可以以较小的基组就得到大基组的结果从而省时间，比如cc-pVDZ-F12能得到接近cc-pVQZ的结果
Q:
请问F12只在molpro里面有么？
A:
turbomole也有
Q:
ORCA的多参考方法能达到molpro的级别么？
A:
比molpro这方面还是要弱一些
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2016.04.07 12:01:05
Q:
请问高斯计算出的HOMO轨道的本征值减去LUMO轨道本征值，就是这个体系的band gap吗？
还是LUMO-HOMO？
A:
是LUMO减HOMO
高斯算的一般是分子体系，那叫HOMO-LUMO gap，不叫band gap，后者是对周期性体系而言的（用能带概念而不用轨道概念）
Q:
老师，单纯从HOMO轨道没办法看吗
或者做激发态呢
A:
没法看
Q:
好，又学了一招
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2016.04.07 12:28:49
Q:
请问在VMD main窗口里面只显示分子结构，我显示的时候没有键的连接，就只是单独的原子，请问要怎么调参数？
A:
drawing method改成dynamic bonds，把判断成键的阈值调大点，要么mouse-add/remove bonds自己添加键
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2016.04.07 14:39:33
Q:
[图片]请问老师，图中的数值代表什么意思？正负是方向吗？
A:
[图片]
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2016.04.07 14:42:06
Q:
老师好，如何表征或者是得到一个基团电子云分布了多少
老师好pseudo-octahedral翻译成
赝势八面体对吗
谢谢
老师好，请问the manifold of singlet excited states是什么意思
A:
这个问题问得含糊不清。
可以计算基团的电荷。
Q:
老师，基团的电荷用什么方法计算
A:
算原子电荷，再加和成基团电荷
什么是原子电荷看群共享里《原子电荷计算方法的对比》
Q:
好的，谢谢sob ereva老师
A:
没上下文没法说
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2016.04.07 14:44:59
Q:
是不是，sob老师那边多彩气泡的每一个不同颜色对应不同的人
A:
不知道，我用国际版，没有气泡显示
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2016.04.07 14:56:27
Q:
想请教一下gaussian国内的代理都有哪些
宏剑？
A:
宏剑早不做了
代理商信息看官网http://www.gaussian.com/g_orders/sa.htm
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2016.04.07 15:22:38
Q:
老师我的输入文件是[图片][图片][图片][图片]，一直力没有YES，距离已经全部YES了，这种情况怎么办
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.04.07 15:45:28
Q:
老师您好， EBO(effective bond order )怎么计算
A:
[图片]
[图片]
Q:
Ebo在咱的mutiwfn 软件上可以算出来么
A:
自行挨个看轨道，找出成键和反键轨道，然后按公式去算
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2016.04.07 16:15:56
Q:
请问Cr2 dimer可以用DFT算吗？
还是一定要用多组态方法？
A:
用纯泛函勉勉强强，当然还是多参考方法好
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2016.04.07 16:16:31
Q:
它的EBO是3.5是怎么得到的？
A:
看自然轨道和占据数，算完了就是那样
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2016.04.07 16:24:06
Q:
老师跟bp86相近的泛函有哪些
A:
BPW91、BLYP等
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2016.04.07 16:53:38
Q:
各位老师，在高斯里opt过程中，一般出现力无穷大，是因为什么呢：[图片]
这是点电荷包围着几个氨基酸分子的体系，，前提已经用qm/mm优化过现在用高斯继续优化，只是点电荷固定不动了，只上分子优化，但是总是出现力无穷大，不解，体系肯定有一个极小点啊，怎么就无穷大了呢
A:
点电荷不动，只优化QM，这本身也并非合理，没有确切意义。
QMMM优化完了直接用就完了
Q:
谢谢sob老师解答
但是我想要激发态因为电荷转移发生在是
发生在S1和S3态间
所以想优化基态激发态
有别的办法么？
很不解的是尝试过很多使它收敛的方法都会出现力无穷大的情况
A:
TD也可以结合ONIOM用。把周围MM区域坐标限制死了这并不合理
Q:
直接用qm的结果做td+oniom？
A:
你要优化激发态，你就用ONIOM(TD:MM)这样优化激发态，别把MM原子当成背景电荷而把坐标限制死了。毕竟QM区域结构改变，MM也会发生响应
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2016.04.07 17:02:08
Q:
有个视频说gromacs对通信要求高，到了32核心，并行效率下降，而NAMD能够达到几千核心运行
A:
没试过那么大规模并行，不过感觉说得有水分
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2016.04.07 17:10:25
Q:
[图片]
老师，我有两个反应一个能垒高一个能垒低，想解释下原因，有什么好办法吗？例如，反应复合物稳定（RDG显示有氢键作用）、IRC的路径长这是否能作为能垒高的原因？
A:
复合物稳定这可以算。
后一张图反应前后能量差远比前一张图大，这也会间接导致势垒更高
Q:
哦，那IRC的长短跟反应的难易有关吗？
A:
没直接关系
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2016.04.07 17:40:49
Q:
请问一下sob，multiwfn中的 orbital compotision analysis 中可用求出两个片段的之间的cross term
我能不能说这个cross term越大两个片段之间的耦合越强？
A:
可以
其实就相当于他们间的Mulliken键级
Q:
哦明白了，比如我想看两个片段之间的pi 轨道的耦合，
那么这时候用用mayer键级可能不如用mulliken键级，因为mulliken可以分解成轨道的贡献。而mayer就不行
A:
Mayer键级也可以按照复合物的MO贡献来分解，但是分解不严格（加和不是总Mayer键级），另外没法通过负值体现反键特征
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2016.04.07 17:44:31
Q:
sob老师您好，请问libxc调用电子密度输入是原子单位制吗
A:
忘了，如果没注明的话应该是
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2016.04.07 17:51:23
Q:
molden的软件哪里能下到？
A:
http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html
Q:
[表情] 下哪个呢老师？
ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molgraph/molden
好像都是linux版本
在win下能安装吗？
A:
原生就是linux版
win下最好就是用虚拟机跑
虽说也能用cygwin
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2016.04.07 18:34:05
Q:
老师，请问，我的分子属于C3对称性，但是我想看看C3H的情况，这样肯定会出现虚频就是C3H应该属于鞍点，请问怎样才能强制性要求他按照C3H的对称性进行优化呢？我用Gaussianview调不出来C3H
A:
你先把结构摆成尽可能接近C3h，然后对称化成C3h，然后优化，如果优化完了没有C3h，再用搜索过渡态的方法看看是否有C3h结构的过渡态
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2016.04.07 18:50:50
Q:
请问一下用VMD画分子轨道图的时候把背景换成白色之后分子就雾蒙蒙的，这是什么原因？
A:
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
看第1点
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2016.04.07 19:08:13
Q:
[图片]求助:高斯计算这样的提示怎么解决呢?
A:
继续等
不用#P被蒙在鼓里的后果
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2016.04.07 19:49:51
Q:
我想问一下如果出现l801错误应该怎么样解决呐？
**** Fatal Problem: The smallest alpha delta epsilon is -0.19318278D+00
Error termination via Lnk1e in /home/quantum/g09/l801.exe at Thu Apr 7 17:37:57 2016.
[图片]
[图片]
这个是关键词，改了好多，还是不对
我算的是S1态
算优化和频率
A:
没必要加弥散甭加弥散
(full)完全多余
Q:
优化第一激发态的结构，算频率？
A:
没必要用qc甭用qc
Q:
那不用加QC吗？
A:
什么时候该加看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
没用、不是必需的关键词甭乱加
就用#P TD(nstates=10) opt B3LYP/cc-pVDZ，到时候有什么问题到时候再说
Q:
一切量化计算遵循Sobereva剃刀原理
A:
[图片]
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2016.04.07 20:00:42
Q:
[图片]homo->lumo 贡献超过100%了怎么回事，是不是公式错了，或者是我算错了，或者是有其他解释。
A:
哪超过了？
Q:
0.708*o708
A:
0.708*0.708自己算算得几
Q:
我看过的，以前我算的都是有lumo-》homo反过来的，我采用了相减的办法，可是这个就一条轨道贡献，还超了，我就并不知怎么办了
A:
别忘了还有去激发，博文里说了
Q:
我再看看
去激发是怎么回事？
以前也有类似情况，
201 ->202 0.72022
201 <-202 -0.18503
我是先算每条贡献，然后减去。不知道这么算对不对，亦或是先相减再进行计算贡献。
A:
博文里都有例子
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2016.04.07 20:21:30
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
量一下距离，ps就完了
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2016.04.07 21:31:02
Q:
有个问题想请教大家
目前寻找一个反应的过渡态现在反应的机理大概是这样[图片]
看到有文献说这个反应没有过渡态
不太清楚原因。如果我想试试看能不能找过渡态的话，是前后反应分别有一个过渡态么
A:
没有过渡态并不稀奇，想确认就找找试试就完了
第一个反应就是氢转移，第二个不明不白
Q:
第二个应该是电子的转移。那如果想试试的话qst2 还是qst3方法比较好。分两步进行寻找么
A:
电子转移那种写法很不确切
电子转移没有过渡态
直接用opt=TS找最省事
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2016.04.04 20 ~ 2016.04.07 21

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