用gromacs的-select指令中的-of选项，输出文件的第二列值怎么算出的？

灵芝5 · 发表于 Post on 2022-6-17 16:10:27

你好！我跑了一个离子通道蛋白的MD轨迹，盒子中加入钠离子和氯离子，之后用gromacs的-select指令分析离子，指令是
gmx_mpi select -s ../../full.tpr -f ../../full_fit.xtc -of 300-2-NA-of.xvg -b 1000000 -e 2000000 -select 'name NA and within 0.5 of residue 6'，选中6号氨基酸0.5埃以内的所有钠离子，-of选项输出一个.xvg文件，内容如下：

想问一下300-2-NA-of.xvg文件中的第一、二列数据是什么意思？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-6-17 18:52:22

第一列是有可能被选中的原子(Na)的编号，第二列是该原子被选中的帧数占总帧数的比例

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-4-12 20:01:30

请问老师如果计算体系中某一个离子在某一个位置的停留时间，应该用什么指令？

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[GROMACS] 用gromacs的-select指令中的-of选项，输出文件的第二列值怎么算出的？