求助GaussView和Antechamber产生的mol2文件存在明显不同

liu129313

各位老师同学大家好，同一个log文件，我用 “antechamber -i ***.log -fi gout -o ***.mol2 -fo mol2 -rn *LZ"这个命令使用Antechamber生成的mol2文件和我用guassview直接生成的mol2文件在BOND信息上存在明显的不同（guassview的BAND信息上存在Ar但是Antechamber生成的BAND信息中不存在），这是怎么回事呢？

sobereva

连BOND、GaussView都拼不对么

不同程序产生的mol2内容不同极为正常，gview至少在Ar的标识这块不规矩，会写成小写。而且不同程序判断的Lewis结构、对局部芳香环的判断规则也有差异，诸如gview对苯产生的mol2就不会按照Kekule式对应的成键方式来记录。

OpenBabel产生的mol2文件十分规矩

当前问题和GROMACS没直接联系，不要乱选分类。这次给你改了，以后注意

liu129313

谢谢卢老师我明白了，您提到的问题我一定注意。