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[GROMACS] 求助gromacs跑模型,加的离子聚集在一堆的问题

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最近跑分子在不同离子溶液中运动,不知道为什么2M NaCl溶液中,跑了200ns跑成了聚集状态?求助该怎么解决?





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小屁孩

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发表于 Post on 2022-7-6 19:43:52 | 只看该作者 Only view this author
显然是结晶了。你用了什么力场?AMBER系的离子参数就会这样,建议改用Merz团队开发的离子参数
- 向着虚无前进 -

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3#
发表于 Post on 2022-7-7 04:13:43 | 只看该作者 Only view this author
AMBER的离子参数不合理所致
可以用KBFF(https://kbff.chem.k-state.edu/
http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/10.3866/PKU.WHXB201506191这篇文章里涉及到高浓度情况的模拟,当年就发现了AMBER力场的这个问题,所以我刻意改用了KBFF
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-7 09:30:14 | 只看该作者 Only view this author
好的,我去试试,谢谢。

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发表于 Post on 2023-3-17 10:21:34 | 只看该作者 Only view this author
您好!请问您用KBFF力场时有没有关于spce.itp的错误提示?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-20 12:50:14 | 只看该作者 Only view this author
没有

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发表于 Post on 2024-4-2 22:42:41 | 只看该作者 Only view this author
您好,后面解决了嘛,我换成KAFF之后似乎还是不行

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发表于 Post on 2025-10-15 15:01:56 | 只看该作者 Only view this author
Free-standing 发表于 2024-4-2 22:42
您好,后面解决了嘛,我换成KAFF之后似乎还是不行

你好,你解决了吗?我用的KBFF电解质盐也团聚了,1M

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