求助，蛋白-蛋白相互作用计算结合自由能

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2022-7-13 21:57:52

最近跑了一个蛋白蛋白体系的轨迹，想看一下结合自由能，用的是g_mmpbsa脚本，受体和配体蛋白都是多条链的，分别在index.ndx中建立了受体、配体的组，但是不能整个蛋白计算（会报错：print energy 1 (mol1) - 2 (mol2) end 段错误），只能选择受体和配体的某一条链来计算。想问一下出现这个是因为体系太大吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-14 06:34:32

考虑用https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/，明确支持蛋白质-蛋白质的结合自由能计算

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2022-7-14 18:15:11

sobereva 发表于 2022-7-14 06:34
考虑用https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/，明确支持蛋白质-蛋白质的结合自由能计算

谢谢老师回复，我去学习学习。

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2022-7-15 16:24:19

本帖最后由 5撇到3撇于 2022-7-15 16:26 编辑

sobereva 发表于 2022-7-14 06:34
考虑用https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/，明确支持蛋白质-蛋白质的结合自由能计算

老师，我的轨迹使用gromos力场跑出来的，在网上查阅之后发现好像gmx_MMPBSA好像不支持gromos力场的轨迹，难道意味着要换个力场重新跑一下吗

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-16 09:16:38

5撇到3撇发表于 2022-7-15 16:24
老师，我的轨迹使用gromos力场跑出来的，在网上查阅之后发现好像gmx_MMPBSA好像不支持gromos力场的轨迹， ...

本身跑蛋白质、蛋白质-配体类型的问题，用GROMOS相对于用AMBER+GAFF就一点好处都没有。GROMOS还没法结合隐式溶剂模型。

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2022-7-17 14:10:21

sobereva 发表于 2022-7-16 09:16
本身跑蛋白质、蛋白质-配体类型的问题，用GROMOS相对于用AMBER+GAFF就一点好处都没有。GROMOS还没法结合 ...

谢谢老师我去学习学习

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