Amber生成frcmod文件时缺少重原子信息应该怎么改进？

Abandon-fmt · 发表于 Post on 2022-7-14 09:05:46

各位老师，你们好！
最近我在做Amber模拟计算的时候，发现我的体系中有硅、氯两种重原子，在pdb和mol2文件中都存在（图1和2），但是生成frcmod文件（图3）的时候，没有显示氯原子的信息，这是为什么呢？应该怎么改进呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-14 09:41:09

frcmod用于提供补充的参数，原本力场里就有的就没给出

Abandon-fmt · 发表于 Post on 2022-7-14 10:56:51

sobereva 发表于 2022-7-14 09:41
frcmod用于提供补充的参数，原本力场里就有的就没给出

好的，谢谢老师！我之前试过用这个frcmod继续跑的话，后续会出现缺少原子信息的报错，请问是不是需要换个力场？还是说可以手动补加这个原子信息？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-14 12:27:36

Abandon-fmt 发表于 2022-7-14 10:56
好的，谢谢老师！我之前试过用这个frcmod继续跑的话，后续会出现缺少原子信息的报错，请问是不是需要换个 ...

如果你用parmchk生成frcmod，那么运行时需要提供一个力场作为参考，frcmod会保留参考力场中没有的参数，frcmod里面没有的话，选取的参考力场里应该是有的

Abandon-fmt · 发表于 Post on 2022-7-14 14:37:29

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-14 12:27
如果你用parmchk生成frcmod，那么运行时需要提供一个力场作为参考，frcmod会保留参考力场中没有的参数，f ...

好的，谢谢老师，我用生成好的frcmod在leap中生成好水盒子，然后跑接下来的Min，出现的报错是Box parameters not found in inpcrd file!这个是为什么呢？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-14 19:59:55

Abandon-fmt 发表于 2022-7-14 14:37
好的，谢谢老师，我用生成好的frcmod在leap中生成好水盒子，然后跑接下来的Min，出现的报错是Box paramet ...

检查leap.log文件中是否有Error，尤其是solvatebox这一步

Abandon-fmt · 发表于 Post on 2022-7-14 20:42:23

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-14 19:59
检查leap.log文件中是否有Error，尤其是solvatebox这一步

leap.log中
> solvateBox m TIP3PBOX 12.0
solvateBox: Argument #2 is type String must be of type: [unit]
usage:  solvateBox <solute> <solvent> <buffer> [iso] [closeness]
这是不是没有报错？
但是有很多警告
> saveamberparm m 27C8_solv.parm7 27C8_solv.crd
Checking Unit.
WARNING: There is a bond of 3.107358 angstroms between:
-------  .R<MOL 1>.A<C27 132> and .R<MOL 1>.A<H133 133>
WARNING: There is a bond of 3.922276 angstroms between:
-------  .R<MOL 1>.A<C27 132> and .R<MOL 1>.A<H134 134>
WARNING: There is a bond of 4.370541 angstroms between:
-------  .R<MOL 1>.A<C19 126> and .R<MOL 1>.A<H127 127>
WARNING: There is a bond of 4.439733 angstroms between:
-------  .R<MOL 1>.A<C19 126> and .R<MOL 1>.A<H128 128>
WARNING: There is a bond of 3.580457 angstroms between:
-------  .R<MOL 1>.A<C17 123> and .R<MOL 1>.A<H124 124>
WARNING: There is a bond of 4.019521 angstroms between:
-------  .R<MOL 1>.A<C17 123> and .R<MOL 1>.A<H125 125>

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-16 10:52:24

Abandon-fmt 发表于 2022-7-14 20:42
leap.log中
> solvateBox m TIP3PBOX 12.0
solvateBox: Argument #2 is type String must be of type: ...

出现usage的提示就是出错了，程序认为#2，也就是该命令的第二个参数TIP3PBOX不是unit，可能是因为你没有加载水模型的参数或者加载失败了，在这一步之前，source leaprc.water.tip3p，可能可以解决

Abandon-fmt · 发表于 Post on 2022-7-16 14:28:37

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-16 10:52
出现usage的提示就是出错了，程序认为#2，也就是该命令的第二个参数TIP3PBOX不是unit，可能是因为你没有 ...

好的呢，我试试看，谢谢啦

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