Gromacs中DNA的pdb文件的问题

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我最近拿了1bna的dna在gromacs中模拟，使用CHARMM GUI直接生成了到生产那一步的所有文件，但是在联用plumed的时候发现结果有很大的问题。然后我打开了charmmgui生成的Step3_input.pdb文件发现它和1bna.pdb文件完全不同（DNA A链B链原子都变多了），请问我在plumed中定义距离什么的应该以1bna.pdb里的原子序号为准还是以step3_input.pdb的为准。谢谢大家的帮助！

Frozen-Penguin

以gro文件或者ndx文件为准，与pdb的编号无关。
原子变多了可能是加了H原子。