请教VASP计算的坐标系重建

乘风万里 · 发表于 Post on 2022-7-22 10:47:09

本帖最后由乘风万里于 2022-7-22 10:56 编辑

12342234 发表于 2022-7-21 11:03
请教一下您这样改坐标的好处或者意义有哪些呢

你看他的截图，TM周围6个O，很明显他要算晶体场相关的PDOS。但是VASP的轨道投影方向是由原胞决定的，原胞的z方向就是投影的z方向。很多时候，TM-O键不是跟坐标轴平行的，PDOS不好分析，把TM-O键旋转到原胞坐标轴方向就好分析了。你可以看看VASP论坛上这个回答：https://www.vasp.at/forum/viewtopic.php?t=18114。

乘风万里 · 发表于 Post on 2022-7-23 19:04:21

lora2021 发表于 2022-7-22 09:46
谢谢您！我今天发现昨天用的VESTA有问题，做出来的晶胞原子数多了4个，今天重新用了一个VESTA，做出来的 ...

体积增大但原子数不变么？我觉得 atoms / volume 在变换过程中是不变的，你自己检查下新的晶胞看有没有问题。具体论文相关的我没有好的建议。

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-28 10:33:57

乘风万里发表于 2022-7-23 19:04
体积增大但原子数不变么？我觉得 atoms / volume 在变换过程中是不变的，你自己检查下新的晶胞看有没有问 ...

谢谢您！我知道要重建坐标系是最好的选择，也认真读了VESTA的使用说明书，但做出来的新晶胞总是不对，感觉体积变化应该影响不大，关键是原子排列不能变，可我新的坐标轴明明也是三轴相互垂直的，可做出来就变了，我感觉错了，找不出问题所在，只好又来请教您了！十分感谢！

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-28 10:36:59

这是我想建的坐标系，扁八面体的最短轴，作为Z轴，原z轴作为Y轴，新的x轴是[-110]方向，刚好平分两个O原子的夹角

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-28 10:39:57

这是vest变换的矩阵

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-28 10:45:45

接下去，do nothing ，得到下面这个结构：（我做成超胞显示）
x和y的夹角变成了120°，感觉结构变了，我想要的八面体的短轴也不是Z轴，不知道哪里出错，我反反复复试了好几天，还是没办法，只好来请教您了！

CJW · 发表于 Post on 2022-7-28 11:09:38

请问这一篇文献可以分享一下吗，谢谢！

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-29 09:30:00

本帖最后由 lora2021 于 2022-7-29 09:33 编辑

CJW 发表于 2022-7-28 11:09
请问这一篇文献可以分享一下吗，谢谢！

10.1021/acs.jpcc.5b00861J. Phys. Chem. C 2015, 119, 21, 11570–11577

get-it · 发表于 Post on 2022-7-29 22:13:23

试试这个矩阵
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lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-30 08:42:57

get-it 发表于 2022-7-29 22:13
试试这个矩阵
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貌似对了，嘿嘿，十分感谢！您是怎么算出来的哦？我是这样做的：转换矩阵乘以原矩阵，得到想要的结果矩阵。因为原矩阵是单位矩阵，所以转换矩阵就是想要的结果矩阵，然后就怎么都搞不出来，应该是我的方法有问题，您太厉害了，有没有相关文献啊？我得好好学一下！

get-it · 发表于 Post on 2022-7-30 17:54:59

本帖最后由 get-it 于 2022-7-31 01:03 编辑

lora2021 发表于 2022-7-30 08:42
貌似对了，嘿嘿，十分感谢！您是怎么算出来的哦？我是这样做的：转换矩阵乘以原矩阵，得到想要的结果矩阵 ...

其实你的思路没错，但是vesta中的转换矩阵应该看列矢量而不是行矢量

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-31 08:43:50

get-it 发表于 2022-7-30 17:54
其实你的思路没错，但是vesta中的转换矩阵应该看列矢量而不是行矢量

啊，我的天啊，原来如此，有点丢脸

lora2021 · 发表于 Post on 2022-7-31 08:48:12

get-it 发表于 2022-7-30 17:54
其实你的思路没错，但是vesta中的转换矩阵应该看列矢量而不是行矢量

不管怎样，十分感谢！很多时候，自己琢磨真的是很辛苦，一个小细节没注意到，就出大问题，还好有你，还好有大家，这个论坛感觉很温暖，加油！！！

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