求助：在只有原子坐标的情况下怎么得到这个超胞的晶格常数？

Dragonmk3 · 发表于 Post on 2022-7-19 13:25:49

我目前的情况是我只有这64个碳原子的坐标，他们本应当也的确是一个2x2x2的空间群为227的超胞。
现在问题是这些坐标里并没有正常数据里所具有的边界上一些坐标为0的因为周期性结构而出现的重复的原子。
这些坐标是我在分子动力学里加压得到的。
我想用这些坐标得到这个超胞再正常周期性结构下的晶格常数等数据怎么办？

Dragonmk3 · 发表于 Post on 2022-7-19 13:26:58

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-19 14:37:49

当前的原子坐标和盒子关系并不具备正确的周期性，平移复制晶胞后明显会在晶胞之间存在显著空隙。仔细检查计算过程和文件处理过程

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

Dragonmk3 · 发表于 Post on 2022-7-19 21:37:11

sobereva 发表于 2022-7-19 14:37
当前的原子坐标和盒子关系并不具备正确的周期性，平移复制晶胞后明显会在晶胞之间存在显著空隙。仔细检查计 ...

老师好，当前我这64个原子应该是有周期性的。在这些原始数据导入到vesta里后，本来是没有这个边界的，而且明显是有一个原子是（0,0,0）的原点。但vesta导出poscar或者cif后，好像会处理成一个孤立的体系，盒子边界同时在六个方向扩展了一些。
另外我用的这个动力学软件叫PIMD code，这些数据在这个程序内部处理时没问题，但输出的64个原子就是没有原本应该出现的另一条边界上重复编号的原子。
关于编辑原贴，这个是我的疏忽，抱歉，一开始我准备了两张图，第二张图太大了，于是删掉了第二张图发了主楼，后来发现回复帖里只有第二张图也让帖子过大，才换了一个图回复上来了。

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-21 11:32:46

Dragonmk3 发表于 2022-7-19 21:37
老师好，当前我这64个原子应该是有周期性的。在这些原始数据导入到vesta里后，本来是没有这个边界的，而 ...

我不知道你的结构具体怎么跑出来的，如果跑的程序支持周期性，肯定也知道真实的盒子尺寸，自然也就知道晶格常数了

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