用gromacs做完分子模拟，然后做脂膜deuterium order parameters分析，结果好坏如何看

free3hao · 发表于 Post on 2022-7-25 10:14:49

各位大佬，我用genmixmem构建出混合脂膜，然后做了分子模拟，之后又对其中一种脂质的sn1和sn2做了deuterium order parameters分析，结果如下图，“KALP15 in DPPC“的分析如第二幅图，感觉我自己做的波动很大，请问结果可信吗？

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CruiseBend · 发表于 Post on 2022-7-26 13:54:22

注意Scd的定义，如果定义seta角是CH和z轴的夹角的话，正常的Scd应该也就是0-0.4之间，你这种图形很有可能是lipid还没有平衡，或者是平衡了取了没平衡段算的

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[GROMACS] 用gromacs做完分子模拟，然后做脂膜deuterium order parameters分析，结果好坏如何看

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