电中性分子在tleap中报错电荷不为0

Abandon-fmt · 发表于 Post on 2022-7-27 09:11:00

本帖最后由 Abandon-fmt 于 2022-7-27 09:23 编辑

各位老师好，最近在Amber跑小分子的动力学模拟，用来研究分子团聚的问题。单个分子不带电，但是生成多个分子后，tleap就报错：
ERROR: The unperturbed charge of the unit: 0.054162 is not integral.

因为不是整数，所以氯离子、钠离子也平衡不了电荷，请问应该在哪里调整一下电荷？

用bcc模拟电荷后的mol2文件：
@<TRIPOS>MOLECULE
MOL
137 141 1 0 0
SMALL
bcc

@<TRIPOS>ATOM

……
@<TRIPOS>BOND

……
@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE
1 MOL 1 TEMP 0 **** **** 0 ROOT

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-27 10:06:31

@<TRIPOS>ATOM，这个后面最后一列就是电荷。
用antechamber算电荷的结果一般都是整数，可能会有小数点后6位左右的误差，这个累加起来也不会很大，重新算一次可能可以解决问题。

Abandon-fmt · 发表于 Post on 2022-7-27 10:30:27

本帖最后由 Abandon-fmt 于 2022-7-27 10:44 编辑

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-27 10:06
@ATOM，这个后面最后一列就是电荷。
用antechamber算电荷的结果一般都是整数，可能会有小数点后6位左右的 ...

好的，谢谢老师，我重新用bcc算了一下，电荷还是0.05

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-27 15:12:43

Abandon-fmt 发表于 2022-7-27 10:30
好的，谢谢老师，我重新用bcc算了一下，电荷还是0.05

是mol2文件中总电荷不是整数还是加载到tleap中不是整数

Abandon-fmt · 发表于 Post on 2022-7-27 16:21:00

本帖最后由 Abandon-fmt 于 2022-7-27 16:22 编辑

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-27 15:12
是mol2文件中总电荷不是整数还是加载到tleap中不是整数

我把mol2文件中总电荷加起来了，不是整数，是0.002006

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-29 15:57:52

Abandon-fmt 发表于 2022-7-27 16:21
我把mol2文件中总电荷加起来了，不是整数，是0.002006

可以考虑手动改一下让总电荷是整数，不过最好还是试试其他方法，比如resp，算出来不是整数说明有可能算错了(?）

Abandon-fmt · 发表于 Post on 2022-7-29 20:21:40

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-29 15:57
可以考虑手动改一下让总电荷是整数，不过最好还是试试其他方法，比如resp，算出来不是整数说明有可能算错 ...

嗯嗯，我正在试resp电荷，谢谢老师

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[Amber] 电中性分子在tleap中报错电荷不为0

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