求助：使用-pbc cluster处理轨迹时报错not atom in it

wujz · 发表于 Post on 2022-7-27 21:07:43

各位老师好，我在用gromacs 4.5.4版本的trjconv -pbc cluster处理蛋白质自组装的轨迹时，输入以下命令：
trjconv -s simul0.tpr -f simul0.xtc -o testerror.xtc -pbc cluster -center，组全部选择protein（含36700个atom）
提示以下报错且无输出：
Molecule 1 marked for clustering but not atom 36701 in it - check your index!
尝试了以下方案，组仍然全部选择protein：
trjconv -s simul0.tpr -f simul0.xtc -o testerror.xtc -pbc mol -ur compact -center
trjconv -s simul0.tpr -f testerror.xtc -o testerror-pbc.xtc -pbc cluster
仍然报相同错误，使用make_ndx -f simul0.tpr，选择protein的组，检查了生成的.ndx文件，确实只含36700个原子
请问这是什么原因？该如何解决？感谢。

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-28 20:54:10

注意检查组里的原子序号，不是组里的原子总数

wujz · 发表于 Post on 2022-7-28 21:17:23

sobereva 发表于 2022-7-28 20:54
注意检查组里的原子序号，不是组里的原子总数

谢谢老师回复，我去查看了组里的原子序号，是从1到36700的序号，并不包含36701

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-29 01:41:09

wujz 发表于 2022-7-28 21:17
谢谢老师回复，我去查看了组里的原子序号，是从1到36700的序号，并不包含36701

如果你确认没搞错，试试gmx新版本

yangzaia · 发表于 Post on 2022-10-7 10:23:54

你好，请问你的问题后来怎么解决的呢，我也出现了一样的问题，我用了trjconv组合cluster命令后，选组第一个是蛋白+配体，第二个选组试过了系统和蛋白+配体，也出现了报错：Molecule 12 marked for clustering but not atom 8202 in it - check your index!

skysy · 发表于 Post on 4 day ago

yangzaia 发表于 2022-10-7 10:23
你好，请问你的问题后来怎么解决的呢，我也出现了一样的问题，我用了trjconv组合cluster命令后，选组第一个 ...

我最近也遇到了类似的问题，可能的原因是使用的蛋白结构中包含离子，导致最终的索引文件序号确实。手动补充之后可以正常运行。

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